plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf 生成

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr

VCFtools can convert VCF files into formats convenient for use in other programs. One such example is the ability to convert into PLINK format. The following function will output the variants in .ped and .map files. ./vcftools --vcf input_data.vcf --

计算等位基因频率有两种方式,第一种用vcftool计算: /path/to/vcftools --vcf file.vcf --freq --chr 1 --out filefreq 很简单的一个命令行,file.vcf指的是你要输入的vcf文件,--freq表示计算等位基因频率,--chr后面的1表示你要计算的区域在1号染色体,当然,你也可以选择你想计算的染色体区域,filefreq指的是输出的文件名. 结果如下图所示: 第二种用plink计算: /path/to/plink-1.07-x86

一般来说有两种解决方案. 第一种:添加“--plink-tped”参数: 用vcftools的“--plink”参数生成plink格式文件时,小样本量测试可以正常生成plink格式,用大样本量时产生Writing PLINK PED and MAP files ... Error:  Could not open temporary file.报错,于是尝试将“--plink"参数修改为”--plink-tped“参数,成功运行,具体如下: /bin/vcftools --vcf 1000Gen

首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,见如下命令: java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T VariantsToBinaryPed -R GRCh37.fa -V file.vcf --metaData sampleID.fam -mgq 0 -bed

目录 前言 原因 解决方法 方法一:修改样本名 方法二:修改--id-delim 方法三:加入--double_id或--const-fid参数 前言 将vcf转化为plink格式时,命令如下: plink --vcf snp.vcf --recode --allow-extra-chr --out test 出现错误: Error: Multiple instances of '_' in sample ID. If you do not want '_' to be treated as a

目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f

当我们进行群体遗传分析时,得到vcf后,可利用plink进行主成分(PCA)分析: 一.软件安装 1 conda install plink 二.使用流程 第一步:将vcf转换为plink格式 1 plink --vcf F_M_trans.recode.vcf.gz --recode --out testacc --const-fid --allow-extra-chr 2 3 4 # --vcf vcf 或者vcf.gz 5 # --recode 输出格式 6 # --out 输入前缀 7

最近有需求,对WGS测序获得SNP信息进行筛减,可问题是测序个体少,call rate,maf,hwe,等条件过滤后,snp数量还是千万级别,所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大量SNP标记. 工具版本:PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一.格式转换 首先将准备好的vcf文件转换下格式,map和ped格式: 1 plink --allow-extra-chr --recode --chr-set 18 --vcf test.gz --out s_

Variant Call Format(VCF)是一个用于存储基因序列突变信息的文本格式.表示单碱基突变, 插入/缺失, 拷贝数变异和结构变异等.BCF格式文件是VCF格式的二进制文件. CHROM [chromosome]: 染色体名称. POS [position]: 参考基因组突变碱基位置,如果是INDEL(插入缺失),位置是INDEL的第一个碱基位置. ID [identifier]: 突变的名称.若没有,则用'.'表示其为一个新变种. REF [reference base(s)]:

最近做了一个关于基因开发的项目,要求最终输出的文件可以在专门的基因浏览器上边显示,类似统计图的东西.废话不说上图(表示表达不出来0.0)! 先说下Jbrowse这个东西吧,一句话:一个简单的,便携式依靠javascript的基因组浏览器.没用过觉得挺高大上的,难度挺高.实际上用过之后觉得也就是那回事,没多少难度,很容易上手.因为我是在虚拟机上边访问,用的是linux系统,所以这里我以linux为版本简述一遍: 1.安装 与其说是安装我还是觉得下载比较好.为什么?实际上也就是下载一个文件,文件夹里

文章来源:http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4562064.html VCF文件示例(VCFv4.2) ##fileformat=VCFv4.2 ##fileDate=20090805 ##source=myImputationProgramV3.1 ##reference=file:///seq/references/1000GenomesPilot-NCBI36.fasta ##contig=<ID=20,length=62435964,assembly=B3

脚本命令: echo y|D:\remote_link\plink  -l  user  -pw password  172.16.0.101 "export LANG=en_US;cd /home/%1/source;make %2 TARGET=x86 CC=g++"

前面几篇发布了一些有关五子棋的基本算法,其中有一些BUG也有很多值得再次思考的问题,在框架和效果上基本达到了一个简单的AI的水平,当然,我也是初学并没有掌握太多的高级技术.对于这个程序现在还在优化当中,主要是完善所使用的启发方式.编写多线程搜索代码.加入开局库等一些工作.开局库和多线程还没有实现,仅在棋盘表示.模板表示上修改较多,而启发方式上有一些改进,主要是修改了置换表为双置换表(深度和实时),内部迭代加深启发和我们接下来要说明的VCT和VCF代码.其中棋盘表示采用了一组15个32位表示,每一

2014-01-13 16:53:55 1. 在Phonebook中导出联系人到内部存储,SD卡或者通过蓝牙.彩信.邮件等分享联系人时,通常会先将选择的联系人打包生成.vcf文件,然后将.vcf文件分享出去或者导出到存储设备上.以Phonebook中导出联系人到SD卡为例,前戏部分跳过,直奔主题. 2. 当用户选择导出联系人到SD卡时,会提示用户具体导出的路径等,然后需要用户点击“确定”button,此时启动ExportVcardThread线程执行具体的导出操作.代码的调用流程如下: 启动Ex

用--recode命令,--out表示转化的文件的名字,本例已经命名为“filter” /plink-1.07-x86_64/plink --bfile filter --recode --out filter --noweb

在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此类工具集成的大多是标准功能,在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活. 本文介绍的是一个处理基因组数据的python模块,它打包了htslib-1.3.samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能,能在编程时非常灵活的处理bam和bcf文件. 以下主要介绍pysam的安装和使用方

2014-01-11 17:29:22 1. 当用户选择Phonebook中从SD卡导入联系人的操作后,程序回调转到ImportVCardActivity,然后用户选择好要导入的.vcf文件,并点击“确定”button,调用ImportVCardActivity中的importMultipleVCardFromExternalStorage()方法: private void importMultipleVCardFromExternalStorage( final List<VCardFile

1,jbrowse 是什么东西 ? JBrowse is a genome browser with a fully dynamic AJAX interface, being developed as the eventual successor to GBrowse. It is very fast and scales well to large datasets. JBrowse is javascript-based and does almost all of its work di