关于RNA-Seq数据去接头(Adapter)这事需要讲一讲 RNA-Seq adapter barcode cutadapt 首先来了解一下三个概念: 1.adapter是一段短的序列已知的核酸链,用于链接序列未知的目标测序片段. 2.barcode,也称为index,是一段很短的寡居核酸链,用于在多个样品混合测序时,标记不同的样品. 3.insert是用于测序的目标片段,因为是包括在两个adapter之间,所以被称为“插入”片段. 首先来了解一下三个概念: 1.adapter是一段短的序列已

1.adapter是一段短的序列已知的核酸链,用于链接序列未知的目标测序片段. 2.barcode,也称为index,是一段很短的寡居核酸链,用于在多个样品混合测序时,标记不同的样品. 3.insert是用于测序的目标片段,因为是包括在两个adapter之间,所以被称为“插入”片段. 一个常见测序片段类似与adapter--barcode--insert--adapter.测序开始时前几个碱基无法测得,第一个adapter在数据输出时被去除:由于测序仪读长限制,第二个adapter通常无法测得.

两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比RPKM更有优势.anyway,原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM,现在不需要了~:)

RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异 等 在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞

RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? RNA-Seq和基因表达芯片相比,哪种方法更有优势?关键看适用不适用.那么RNA-Seq适用哪些研究方向?是否您的研究?来跟随本文了解一下RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? 无假设的研究设计和更高的发现能力RNA-Seq是一种基于测序的强大方法,让研究人员能够打破传统技术的低效和花费,如实时定量PCR(RT-PCR)和芯片.无论是将RNA-Seq添加到现有的研究方法中,还是从一种方法彻底转换到另一种,RNA-Seq都带来了许多显而易见的优势.这种方法不

之前讲过预测植物miRNA的一款软件miR-PREFER, 今天在介绍一款软件miRDeep-p2, 也叫miRDP2 安装 在此之前,应安装一下软件 Bowite, Bowtie2, Vienna (RNA二级结构预测软件大礼包) 安装以上软件以后,在mirdp2下载最新版的miRDP2,以及ncRNA_rfam.tar.g 1 tar -xf miRDP2-v1.1.4.tar 2mv 1.1.4 miRDP2-v1.1.4 在TestData下载测试数据集--TestData.tar.gz

Although adapter and other technical sequences can potentially occur in any location within reads, by far the most common cause of adapter contamination is sequencing of a DNA fragment which is shorter than the read length. In this scenario, the begi

MariaDB数据库管理系统是MySQL的一个分支,主要由开源社区在维护,采用GPL授权许可MariaDB的目的是完全兼容MySQL,包括API和命令行,MySQL由于现在闭源了,而能轻松成为MySQL的代替品.在存储引擎方面,使用XtraDB来代替MySQL的InnoDB,MariaDB由MySQL的创始人Michael Widenius主导开发,他早前曾以10亿美元的价格,将自己创建的公司MySQL AB卖给了SUN,此后,随着SUN被甲骨文收购MySQL的所有权也落入Oracle的手中.M

最近在看postgresql的查询计划,在查询中对表的扫描计划大概有如下几种: Seq Scan Index Scan Bitmap Heap Scan Index Only Scan 这里就把自己的理解写下来,欢迎大家批评指正: 1)对于Seq Scan很好理解,就是按照表的记录的排列顺序从头到尾依次检索扫描,每次扫描要取到所有的记录.这也是最简单最基础的扫表方式,扫描的代价比较大: 2)对于Index Scan,我们也很熟悉,对于给定的查询,我们先扫描一遍索引,从索引中找到符合要求的记录的位

本篇主要内容: 1.str元素的访问 2.str内置43个方法使用示例 str就是储存各种东西的字符串. 他的方法也是最多的...有各种各样的神奇魔法. 1.str的访问,str可以想列表那样访问每一个元素. a='i love albert' print(a) for i in a: print(i) print(a[-:]) 输出 i l o v e a l b e r t albert 这就不多复习了. 2.str类型中自带的方法 (1) capitalize(self):让第一个字母大写

 人类全基因组测序06 SNP(single nucleotide polymorphism):有了10倍以上的覆盖深度以后,来确认SNP信息,就相当可靠了. 一个普通黄种人的基因组,与hg19这个参考基因组序列相比,会有350万个左右的SNP.又有大概2万个是落在外显子上的,而非同义的SNP有大概9千个. 所谓非同义的SNP,就是这些SNP是会引起蛋白质的序列变化的. indel:(insertion & deletion)是指小于50个bp以内的微小的插入.和缺失突变.一个普通黄种人的基因组

介绍 Spork是Pig on Spark的highly experimental版本号,依赖的版本号也比較久,如之前文章里所说.眼下我把Spork维护在自己的github上:flare-spork. 本文分析的是Spork的实现方式和详细内容. Spark Launcher 在hadoop executionengine包路径下,写了一个Spark启动器,同MapReduceLauncher类似,会在launchPig的时候,把传入的物理运行计划进行翻译. MR启动器翻译的是MR的操作,以及进

一行一行源码分析清楚 AbstractQueuedSynchronizer (三) 转自:https://javadoop.com/post/AbstractQueuedSynchronizer-3 这篇文章是 AQS 系列的最后一篇,第一篇,我们通过 ReentrantLock 公平锁分析了 AQS 的核心,第二篇的重点是把 Condition 说明白,同时也说清楚了对于线程中断的使用. 这篇,我们的关注点是 AQS 最后的部分,共享模式的使用.有前两篇文章的铺垫,剩下的源码分析将会简单很多.

spark-初阶①(介绍+RDD) Spark是什么? Apache Spark 是一个快速的, 多用途的集群计算系统, 相对于 Hadoop MapReduce 将中间结果保存在磁盘中, Spark 使用了内存保存中间结果, 能在数据尚未写入硬盘时在内存中进行运算. Spark的特点(优点) 速度快 Spark 的在内存时的运行速度是 Hadoop MapReduce 的100倍 基于硬盘的运算速度大概是 Hadoop MapReduce 的10倍 Spark 实现了一种叫做 RDDs 的 D

Contest 111 (题号941-944)(2019年1月19日,补充题解,主要是943题) 链接:https://leetcode.com/contest/weekly-contest-111 [941]Valid Mountain Array(第一题 3分)(google tag) 判断一个数组是不是 Mountain 数组. Mountain 数组的定义是 A.length >= 3There exists some i with 0 < i < A.length - 1 su

短网址(Short URL),顾名思义就是在形式上比较短的网址.通常用的是asp或者php转向,在Web 2.0的今天,不得不说,这是一个潮流.目前已经有许多类似服务,借助短网址您可以用简短的网址替代原来冗长的网址,让使用者可以更容易的分享链接. 例如:http://t.cn/SzjPjA 短网址服务,可能很多朋友都已经不再陌生,现在大部分微博.手机邮件提醒等地方已经有很多应用模式了,并占据了一定的市场.估计很多朋友现在也正在使用.         看过新浪的短连接服务,发现后面主要有6个字符串

生物信息学 Sanger采用链终止法进行测序 带有荧光基团的ddXTP+其他四种普通的脱氧核苷酸放入同一个培养皿中,例如带有荧光基团的ddATP+普通的脱氧核苷酸A.T.C.G放入同一个培养皿,以此类推,存在4种不同类型碱基的识别机制,同时,该ddXTP一旦结合在互补链上则会迫使复制停止. 高通量测序是二代测序,先建库后测序: 建库方法: 单末端测序:将DNA双链打碎并接上接头序列,通过改变条件使双链变单链,将待测的单链固定在flowcell上,再加入游离的脱氧核苷酸,采用边合成边测序方法比配并

本系列研究总结高并发下的几种同步锁的使用以及之间的区别,分别是:ReentrantLock.CountDownLatch.CyclicBarrier.Phaser.ReadWriteLock.StampedLock.Semaphore.Exchanger.LockSupport.由于博客园对博客字数的要求限制,会分为三个篇幅: 高并发之ReentrantLock.CountDownLatch.CyclicBarrier 高并发之Phaser.ReadWriteLock.StampedLock 高

可以做到类似于某度网盘的样式吗? 文件夹的命名, 可以用单数, 也可以用复数, 在同一个项目中, 只要统一就好了. 毕竟项目开发不同于英语写作. 建议使用缩写, 不管是不是缩写都用单数, 这样简洁,容易一致. 关于模板中的 常量替换? 配置文件名, 函数名文件等,都是严格大小写的, 所以这里创建了一个 Common/Conf/Config.php (里面的config写成了Config)文件,里面的 TMPL_PARSE_STRING就不能被解析. **虽然在模板中, 可以认识 __PUBLIC

用Unity制作小游戏 - 暗影惊吓 最近玩了一个小游戏,叫做暗影惊吓,虽然是一个十分简单的小游戏,但是感觉还是十分有趣的.这里就用Unity来实现一个类似的游戏. 项目源码:DarkFollow 主要工作分析 主角的控制(重点):左右移动.跳跃.动画播放等 场景的设计:地板.空中平台.背景等 影子跟随(重点):跟随着主角的有害影子 奖励:可以加分,部分奖励会导致产生影子 震动:主角根据降落高度,碰到地面会使界面有一个震动效果 主角控制 左右移动 根据键盘输入,来为刚体设置速度即可,同时设置Sp