生物信息原理作业第三弹:DNA序列局部比对,利用Smith–Waterman算法,python3.6代码实现. 实例以及原理均来自https://en.wikipedia.org/wiki/Smith%E2%80%93Waterman_algorithm. DNA序列局部比对 转载请保留出处! import numpy as np import pandas as pd sequence1 = 'TGTTACGG' sequence2 = 'GGTTGACTA' s1 = '' s2 = ''

Smith–Waterman algorithm 首先需要澄清一个事实,Smith–Waterman algorithm是求两个序列的最佳subsequence匹配,与之对应的算法但是求两个序列整体匹配的算法是Needleman-Wusch algorithm,即 Smith–Waterman algorithm:Local Needleman-Wusch algorithm: Global Needleman-Wusch algorithm与longest common subsequence

http://www.360doc.com/content/14/0106/00/14641369_342933143.shtml

本系列介绍几种序列对齐方法,包括Dynamic time warping (DTW),Smith–Waterman algorithm,Cross-recurrence plot Dynamic time warping (DTW) is a well-known technique to find an optimal alignment between two given (time-dependent) sequences under certain restrictions. ——Mei

前言 这几天想基于 .NET Core 搞一个自己的博客网站,于是在网上搜刮各种博客引擎,找到了这些候选:Blogifier.Miniblog 以及 edi 写的 Moonglate. Blogifier:这是前端是个 Angular SPA 应用,不利于 SEO,同时首屏加载速度慢,因此排除. Miniblog:顾名思义 Mini,可以完美承载内容但是主题实在是过于简单,没有可自定义性,因此排除. Moonglate:总体感觉不错,界面设计得也很好,功能全面,然而需要 SQL Server 作

1.多态 方法的多态 //方法重载体现多态 A a = new A(); //这里我们传入不同的参数,就会调用不同sum方法 System.out.println(a.sum(10,20)); System.out.println(a.sum(10,20,30)); //方法重写体现多态 对象的多态 一个对象的编译类型和运行类型可以不一致 编译类型在定义对象时,就确定了,不能改变 运行类型是可以变化的 编译类型看定义时 = 号 的左边,运行类型看 = 号的右边 Animal animal = n

一.多shard场景下relevance score不准确问题 1.问题描述: 多个shard下,如果每个shard包含指定搜索条件的document数量不均匀的情况下,会导致在某个shard上document数量少的时候,计算该指定搜索条件的document的相关性评分要虚高.导致该document比实际真正想要返回的document的评分要高. 2.解决 (1)生产环境下,数据量大,尽可能实现均匀分配 数据量很大的话,其实一般情况下,在概率学的背景下,es都是在多个shard中均匀路由数据的

数据库表定义为SalesOrder,用LLBL Gen Pro生成的实体定义是SalesOrderEntity,再用Code Smith生成的数据读写接口是ISalesOrderManager,最后是生成接口实现类型SalesOrderManager. 命名规范如下: SalesOrder => SalesOrderEntity => ISalesOrderManager => SalesOrderManager 这个过程高度机械化,接口与实现类型生成完成,被框架调用即可完成数据读写.接

首先,需要学习Lucene的评分计算公式—— 分值计算方式为查询语句q中每个项t与文档d的匹配分值之和,当然还有权重的因素.其中每一项的意思如下表所示: 表3.5 评分公式中的因子 评分因子 描 述 tf(t in d) 项频率因子——文档(d)中出现项(t)的频率 idf(t) 项在倒排文档中出现的频率:它被用来衡量项的“唯一”性.出现频率较高的term具有较低的idf,出现较少的term具有较高的idf boost(t.field in d) 域和文档的加权,在索引期间设置.你可以用该方法

一.            设有一数据库,包括四个表:学生表(Student).课程表(Course).成绩表(Score)以及教师信息表(Teacher).四个表的结构分别如表1-1的表(一)~表(四)所示,数据如表1-2的表(一)~表(四)所示.用SQL语句创建四个表并完成相关题目. 表1-1数据库的表结构 表(一)Student (学生表) 字段名 数据类型 可否为空 含 义 Sno Varchar2(3) 否 学号(主键) Sname Varchar2(8) 否 学生姓名 Ssex Va

本人大二学子.近段时间在做数据库复习题的时候遇到一道题,如下. 有关系SC(S_ID,C_ID,AGE,SCORE),查找年龄大于22岁的学生的学号和分数,正确的关系代数表达式是( ) . ⅰ. πS_ID,SCORE (σ age>22 (SC) ) ⅱ. σ age>22 (πS_ID,SCORE (SC) ) ⅲ. πS_ID,SCORE (σage>22 (πS_ID,SCORE,AGE (SC) ) ) 答案是 i和iii,当时我自己做的结果是三个都正确.看了答案后,总是觉得

最近遇到一个单元测试的问题,本周正好学个了一个SCORE法则,这里正好练练手应用此法则将问题的前因后果分享给大家. S:背景  代码要有单元测试,检测的标准就是统计代码的单元测试覆盖率,程序员需要达到指定的最低覆盖率要求.   C:冲突,或者叫问题吧 项目结构与代码扫描工具的特殊关系导致需要额外写更多的单元测试,因为目前开发管理部门的代码描述配置的是按JAVA工程来扫描,并不能将多个工程当成一个整体来扫描. 我的一个项目将接口以及实体对象单独成立为一个JAVA工程,整个项目分成两个JAVA工程:

五维偏序..一开始被吓到了,后来知道了一种BITSET分块的方法,感觉非常不错. 呆马: #include <iostream> #include <cstdio> #include <algorithm> #include <cstring> #include <cmath> #include <vector> #include <bitset> #define inf 1000000007 #define maxn 5

第三题 有如下Student 对象, private String name; private int age; private int score; private String classNum; 其中,classNum 表示学生的班号,例如“class05”. 有如下List List list = new ArrayList(); list.add(new Student(“Tom”, 18, 100, “class05”)); list.add(new Student(“Jerry”,

list.add(new Student("Tom", 18, 100, "class05")); list.add(new Student("Jerry", 22, 70, "class04")); list.add(new Student("Owen", 25, 90, "class05")); list.add(new Student("Jim", 30,80 

不管多么经典的射频教程,为什么都做成黑白的呢?让想理解史密斯原图的同学一脸懵逼. 这是什么东东? 今天解答三个问题: 1.是什么? 2.为什么? 3.干什么? 1.是什么? 该图表是由菲利普·史密斯(Phillip Smith)于1939年发明的,当时他在美国的RCA公司工作.史密斯曾说过,“在我能够使用计算尺的时候,我对以图表方式来表达数学上的关联很有兴趣”. 史密斯图表的基本在于以下的算式. 当中的Γ代表其线路的反射系数(reflection coefficient) 即S参数(S-para

1.Information publication:sigir 2011 author:Jing Liu Harbin Institute of TechnologyMicrosoft Research Asia 2.What 在CQA(community of question and answer)中衡量user 的experise score,给出了两种衡量模型:1, TrueSkill;  2, SVM Model 3.Dataset NTCIR-8 CQA 数据地址: arch.nii

从Out of memory来看是内存超出了,后面的 Kill process[PID] [process name] score好像和进程有关了,下面我们就一起来看看linux 终端报错 Out of memory: Kill process[PID] [process name] score问题分析 看到屏幕上都是 Out of memory: Kill process[PID] [process name] score,虽然知道这是linux自我保护进行内存清理动作,但是为了知道更多的细节

Average Score Time Limit: 2 Seconds      Memory Limit: 65536 KB Bob is a freshman in Marjar University. He is clever and diligent. However, he is not good at math, especially in Mathematical Analysis. After a mid-term exam, Bob was anxious about his

Smith Number Time Limit: 1 Sec  Memory Limit: 64 MB Submit: 825  Solved: 366 Description While skimming his phone directory in 1982, Albert Wilansky, a mathematician of Lehigh University,noticed that the telephone number of his brother-in-law H. Smit