snp注释 TBTOOLS

2024-09-07

SNP功能注释网站合集

这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖. 软件排名不分先后,优先顺序可以看推荐指数. 彩蛋在最后,请坚持看完 1.GWAS4D, 推荐指数:**** 网址:http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持输入格式 1) Variants Coordinates: Chr, Pos, [P-value] 支持输入格式 2) VCF-like Map: Chr, Pos, SNPID, Ref, Alt, [P-value] 支持输入格式 3) Single SN

SNPEFF snp注释 (添加自己基因组)

之间介绍过annovar进行对snp注释,今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes 详细的说明请阅读: http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html 一.安装 1 wget http://sourceforge.net/projec

【GWAS文献】基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆相关基因

Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean 中文名:基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因发表期刊杂志:nature biotechnology影响因子:41.514发表时间:2015年2月发表单位:中科院遗传与发育生物学研究所一. 研究取材62株野生大豆.130株地方种和110个

22、IDP-ASE

IDPASE https://github.com/bdeonovic/IDPASE.jl Prepare necessary input files (1)FASTQ file of your hybrid-Seq data ##cat fq1 fq2 cat fq1 fq2 >fq (2) PSL alignment file of your hybrid-Seq data ##对bam 文

annovar 注释除人类以外的SNP

1. 准备文件: ref.fa ref.gtf或者gff3,最好是gtf3,可将gff3转化为gtf sample.vcf 2. 用gff3ToGenePred与gtfToGenePred工具将gtf或gff3文件转化为reference_refGene.txt (软件来自http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/) gtfToGenePred.dms -genePredExt ref.gtf SP_refGene.txt &

突变注释工具SnpEff,Annovar,VEP,oncotator比较分析--转载

https://www.jianshu.com/p/6284f57664b9 目前对于variant进行注释的软件主要有4个: Annovar, SnpEff, VEP(variant Effect Predictor), Oncotator, 选择合适的软件注释variants对于下游分析是很关键的, 今天我们来比较下这4种软件在variants 注释上的差异,进而帮助我们选择更合适的注释软件. 首先简要介绍下这4个软件的一些特点: Oncotator: 主要用于癌症特异性突变位点的注释,下面

NGS检测SNP

1,Fastq数据质控 2,Fastq转化成bam,包含头文件 bwa aln ref.fa test_1.fq > test_1.sai bwa aln ref.fa test_2.fq > test_2.sai bwa sampe ref.fa -r "@RG\tID:<ID>\tLB:<LIBRARY_NAME>\tSM:<SAMPLE_NAME>\tPL:ILLUMINA" test_1.sai test_2.sai test_1

Pooled genome sequence strategies |representative genome assembly approaches|Domestication|GERP|selective sweep|Hybridization|Introgression|iHS|SNP genotyping arrays|haplotype

Design based on biology 通过比较基因组学的方法,将脊椎动物基因组的数据,解决生物学各方面问题.新的调控注释(在脊椎动物的进化过程中的出现的)可以丰富物种树(比如不同功能蛋白质进化速度上的差异(因为编码蛋白质基因和早期进化基因的发现)). Sequencing 需要以下两种策略叠加: 1.Pooled genome sequence strategies :测同一物种的不同个体,不同个体叠加. 2.representative genome assembly approac

植物基因组|注释版本问题|重测序vs泛基因组

生命组学: 细菌和其他物种比,容易发生基因漂移,duplication和重排. 泛基因组学研究的一般思路是通过comparison找到特殊基因区域orspecific gene,研究其调控机制(即通过一维发现特殊三维结构,再利用一维结构解释特殊结构的形成机制eg:基因保守与保守空间结构vs非保守空间结构,同时找两种不同结构的物理位置分布),并向应用上扩展. 重测序与泛基因组的差异在于,重测序是将新测得的genome与referencegenome比较,辨别其中的差异,而泛基因组是将同一个物种中不

snpEff注释结果各区域统计之和大于变异总数？

目录问题一:各区域注释之和大于变异总数? 问题二:注释Region出现Gene和transcript等区域? 问题一:各区域注释之和大于变异总数? snpEff的结果很简单,但常常遇到如下问题. 我的SNP总数: 但是,注释的exon.intron和intergenic之和2,278,570就已经大于了总SNP数. 我大概能知道是什么原因.一个snp会落在多个基因上,所以既有可能落在exon,又有可能落在intron区,最后会大于总snp.同样,一个gene有多个转录本也会出现这样的情况.如果

SR4R数据库：水稻4个SNP集的筛选及其应用

目录前言四个SNP集 hapmapSNPs tagSNPs fixedSNPs barcodeSNPs hapmapSNPs的指标统计 tagSNPs的群体结构验证 tagSNPs的遗传多样性 tagSNPs用于GS fixedSNPs验证 barcodeSNPs指纹图谱 barcodeIndel SR4R数据库前言王向峰老师2020年发表在<Genomics Proteomics Bioinformatics>(IF=6.597)上的文章.对于做数据分析的人来说,如何挖掘公共数据,如

SNP 过滤（二）

本文转载于https://www.jianshu.com/p/e6d5dd774c6e SNP位点过滤 SNP过滤有两种情况,一种是仅根据位点质量信息(测序深度,回帖质量等)对SNP进行粗过滤.如果使用GATK对重测序结果进行SNP calling,那么可以考虑下面的标准 QD< 2.0 || FS> 60.0 || MQ< 40.0 || MQRankSum <−12.5 || ReadPosRankSum <−8.0 QUAL<30.0||QD<2.0||FS

shell注释

sh里没有多行注释,只能每一行加一个#号.只能像这样: #-------------------------------------------- # 这是一个自动打ipa的脚本,基于webfrogs的ipa-build书写: # https://github.com/webfrogs/xcode_shell/blob/master/ipa-build # 功能:自动为etao ios app打包,产出物为14个渠道的ipa包 # 特色:全自动打包,不需要输入任何参数 #------------

浅谈JSP注释

HTML注释 JSP文件是由HTML尿急和嵌入的Java程序片段组成的,所以在HTML中的注释同样可以在JSP文件中使用.注释格式:  <table><tr><td>欢迎访问!</td></tr></table> 使用该方法注释的内容在客户端浏览器中是看不到的,但是可以通过查看页面源代码看到注释内容.查看源代码如下: <head> <met

注释生成Api文档

1.开发背景最近一直在写dubbo接口,以前总是用word文档写接口描述然后发给别人.现在太多了,而且跟别人对接联调的人家急着用,根本没时间去写word文档.那就想想怎么用doc文档注释自动生成接口文档了.本来以前对这一块有点印象,但是并不熟悉,加上没有很强烈的要去使用的意图,所以一直没有弄.今天要感谢公司的大神,大家都叫他欧神,神一样的男人.让我用文档注释.然后就知道怎么弄了,以下是生成的流程. 2.生成方法先说生成的方法吧,免得一开始将注释规范可能读者觉得比较繁琐,而且注释规范基本上

grep 查找bash脚本中的注释代码

出于安全性的考虑,不建议在bash脚本中注释掉不使用的代码.也就是说如果某段代码不使用了,那么应该删除掉,而不是简单地注释掉.假如你突然意识到这一点,而以前并没有遵从这个原则,现在需要找出脚本中的注释性代码,这可能是一个不小的工作量,让我们写一个脚本来帮助你吧,准确性无法达到百分之百,但是能够提升效率. 1.找出注释性代码的特点. 因为是bash脚本,注释行必然包含# grep "#" 2.判断其是普通注释还是代码注释这是重点,也是难点,如何判断一个注释行是普通注释还是对代码的注释呢

在C#里面给PPT添加注释

平常开会或者做总结报告的时候我们通常都会用到PowerPoint演示文稿,我们可以在单个幻灯片或者全部幻灯片里面添加注释,这样观众可以从注释内容里面获取更多的相关信息. 有些朋友不清楚如何在幻灯片里面添加注释,下面我跟大家分享一下如何在C#里面为幻灯片添加注释. 在这里我使用了一个免费控件——Free Spire.Presentation,有兴趣的朋友可以下载使用. 需要添加的命名空间: using Spire.Presentation; using System.Drawing; 详细步骤和代

设置eclipse中自动添加get,set的注释为字段属性的注释

一:说明首先具体来看一下是什么效果,上图可能会更清楚一点就是在get/set中自动加上属性的注释,那我们要怎么配置呢? 二:配置 2.1:下载附件下载附件 2.2:替换class 原生的eclipse是无法达到这个效果的,需要我们去修改里面的jar包才行. 我们找到eclipse的目录,然后用windows自带的搜索工具,搜索org.eclipse.jdt.ui_*.jar,*代表的是版本号. 我们先复制一份,备份出来,避免修改失败. 关闭eclipse. 用压缩软件打开这个jar,找到o

go语言注释

Go语言注释实例代码教程 - Go支持C语言风格的/* */块注释,也支持C++风格的//行注释. 当然,行注释更通用,块注释主要用于针对包的详细说明或者屏蔽大块的代码. 每个包都应有一个包注解,即 package 前的块注解.对多个文件的包,包注解只需出现在一个文件中,随便哪个.包注解应该介绍此包,并作为一个整体提供此包的对应信息.它首先出现在 godoc 页面,来安排好后续的详细文档. 注解不需多余排版如星星横幅等.生成的结果呈现时可能不是等宽字体,所以不要靠空格对齐, godoc,类似 g

代码的坏味道（13）——过多的注释(Comments)

坏味道--过多的注释(Comments) 特征注释本身并不是坏事.但是常常有这样的情况:一段代码中出现长长的注释,而它之所以存在,是因为代码很糟糕. 问题原因注释的作者意识到自己的代码不直观或不明显,所以想使用注释来说明自己的意图.这种情况下,注释就像是烂代码的除臭剂. 最好的注释是为函数或类起一个恰当的名字. 如果你觉得一个代码片段没有注释就无法理解,请先尝试重构,试着让所有注释都变得多余. 解决方法如果一个注释是为了解释一个复杂的表达式,可以运用提炼变量(Extract Variab

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