StringTie 参考链接: https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input https://www.cnblogs.com/adawong/articles/7977314.html 参数简介 StringTie的基本用法: stringtie <aligned_reads.bam> [options]* 其中,aligned_reads.bam 是输入文件,该输入文件要求必须按其基因组位置排序, HISA

NGS ngs(hisat,stringtie,ballgown) #HISAT (hierarchical indexing for spliced alignment of transcripts) is a highly efficient system for aligning reads from RNA sequencing experiments. HISAT uses an indexing scheme based on the Burrows-Wheeler transfor

转录组分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用 (2016-10-10 08:14:45) 转载▼ 标签: 生物信息学 转录组   1.Hisat2建立基因组索引: First, using the python scripts included in the HISAT2 package, extract splice-site and exon information from the gene annotation file:   $ extract_splice_

hisat2+stringtie+ballgown Posted on 2016年11月25日 早在去年九月,我就写个博文说 RNA-seq流程需要进化啦!http://www.bio-info-trainee.com/1022.html ,主要就是进化成hisat2+stringtie+ballgown的流程,但是我一直没有系统性的讲这个流程,因为我觉真心木有用.我只用了里面的hisat来做比对而已!但是群里的小伙伴问得特别多,我还是勉为其难的写一个教程吧,你们之间拷贝我的代码就可以安装这些软

HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程 2015年Nature Methods上面发表了一款快速比对工具hisat,作为接替tophat和bowtie的比对工具,它具有更快的比对速度和更高的比对率,最近把这个流程走完一遍,感觉优势还是很明显的. 一.HISAT2: 1.下载安装: hisat2下载地址:ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip his

HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据 本文总阅读量次2017-05-26 HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据思路如下: 数据质控 将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对 samtools将sam文件转成bam,并且排序,为下游分析做准备 stringtie对每个样本进行转录本组装 stringtie 将所有样本的转录本进行合并 注意:此处的mergelist.txt是自己创建的 计算表达量并且为Ballgown包提供输入文件

HISAT,sTRINGTIE,ballgown三款RNA-seq信息分析软件 2015年04月02日 11:35:47 夜丘 阅读数:8940 标签: 生物 更多 个人分类: 论文笔记   Bowtie 里的FM-index 简介 原文链接:http://m.blog.csdn.net/blog/stormlovetao/7048481 最近看新发表的几篇RNA-seq比对,组装的软件,发现HISAT里面也用到了FM-index这个算法,所以就找了一下,原博文链接如上所示,说的很是透彻 另外S

PS:本文PDF版在这里(格式更好看一些).最新的源代码请在本页面文末下载,PDF中的链接不是最新的. 用C表达面向对象语言的机制——C#版 我一直认为,面向对象语言是对面向过程语言的封装.如果是这样,那么就应该能够用C来模拟C#的代码风格,写出面向对象形式的代码.本文逐步展示了与C#对应的C代码是如何实现的. 1. 目标 面向对象语言的三大特性(封装.继承.多态)中,封装和继承的C版写法需要研究,而多态似乎不关乎新的写法. 所以本文就展示如何用C来模拟C#的封装.继承.虚方法.关键字as和in

情节故事得有情节,不喜欢情节的朋友可看第1版代码,然后直接跳至“三.想要链式写法” 一.起缘 故事缘于一位朋友的一道题: 朋友四人玩LOL游戏.第一局,分别选择位置:中单,上单,ADC,辅助:第二局新加入的伙伴要选上单,四人可选位置变为:中单,打野,ADC,辅助:要求,第二局四人每人不得选择和第一局相同的位置,请问两局综合考虑有多少种位置选择方式? 对于像我这边不懂游戏的人来讲,看不懂.于是有了这个版本: 有4个人,4只椅子,第一局每人坐一只椅子,第二局去掉第2只椅子,增加第5只椅子,每人坐一只

本文不讨论正则表达式入门,即如何使用正则匹配.讨论的是两种创建正则表达式的优劣和一些细节,最后给出一些常用正则匹配表达式. Javascript中的正则表达式也是对象,我们可以使用两种方法创建正则表达式: 使用new RegExp()构造函数 使用正则表达字面量 先说结果,使用正则表达字面量的效率更高. 下面的示例代码演示了两种可用于创建正则表达式以匹配反斜杠的方法: //正则表达字面量 var re = /\\/gm; //正则构造函数 var reg = new RegExp("\\\\&q

一对多实现 1. 实现类 package com.alice.hibernate02.vo; import java.util.HashSet; import java.util.Set; public class Customer { private Integer id; private String name; // 一对多:一个客户(当前客户) 拥有 [多个订单] // * 需要容器存放多个值,一般建议Set (不重复.无序) // * 参考集合:List.Map.Array等 // *

用C表达面向对象语言的机制2——颠覆你对方法调用的看法! 源代码在文末.推荐阅读本文PDF版,格式更好看. 在上一篇<用C表达面向对象语言的机制——C#版>中,我们获知了如何用C表达面向对象语言的机制,证明了面向对象语言是对面向过程语言的封装.今天有幸看到<颠覆你对方法调用的看法!>,于是继续用C来模拟此文中的代码,看看“颠覆”的背后是什么. 1. 目标 本文展示用C的union来模拟C#的一些代码的写法. 2. 用union代替FieldOffset 例如如下的C#代码. Man

css3拓展: <display:none>  将某个元素隐藏       <visibility:hidden>  也是将某个元素隐藏 <display:block>  显示                     <visibility:visible>  显示 <display>与<visibility>的区别在于:<display>隐藏后不占位置   <visibility>隐藏后位置还在 当两个<

昨天在审核资讯翻译的时候遇到这两个单词,文章里讲的也不清楚,感觉翻译的也不到位.今天就单独拿出来比较一下吧.尽管这两个单词相似,它们的具体实现方法还是有很大区别的. Distributional word representation主要是基于Distributional假说:"linguistic items with similar distributions have similar meanings" ,翻译过来差不多是“语言项若有像是的分布,则他们的语义也接近”.它一般是根据

大家都能达成的两个共识是: 概念模型中,聚合之间充满着关系(双向). 对象模型中,根据有用性.性能和成本等因素考虑,保留某些必须的关系. 备注:读写分离有利于更好的表达关系,因为某些关系在读取的时候需要,而且模型需要扁平化,某些关系在写入的时候需要,模型需要立体化.

转摘网址为:http://www.cnblogs.com/slysky/archive/2011/10/14/2212227.html 虽然Canny之类的边缘检测算法可以根据像素间的差异检测出轮廓边界的像素,但是它并没有将轮廓作为一个整体.下一步是要将这些边缘像素组装成轮廓. 轮廓是构成任何一个形状的边界或外形线.直方图对比和模板匹配根据色彩及色彩的分布来进行匹配,以下包括:轮廓的查找.表达方式.组织方式.绘制.特性.匹配. 首先回忆下几个结构体: 首先是图像本身的结构体:typedef st

在Python中怎么表达True   为False的几种情况 0为False,其他所有数值皆为True 空串("")为False,其他所有字符串皆为True 空list([])为False,其他所有list皆为True 空tuple(())为False,其他所有tuple皆为True 空dict({})为False,其他所有dcit皆为True 杜绝的几种写法 if i==0: if str==“”: if list == None: if set is None: if dict =

最近在看sparse and redundant representations这本书,进度比较慢,不过力争看过的都懂,不把时间浪费掉.才看完了不到3页吧,书上基本给出了稀疏表达的概念以及传统的求法.我也用书中的例子来引入吧. 1:矩阵A(n*m),其中n远远小于m,一副图片经过缩小或者模糊处理导致该图片所占用的空间变小了,此时用向量b来表示,A表示图片所经过的处理,X代表原图片,那么这个就可以表示成为: Ax=b 2:因为A是欠定的,一般情况下x的解有很多种,而我们要的是那种最稀疏的x.个人理

1.通过解析方法名创建查询 框架在进行方法名解析时,会先把方法名多余的前缀截取掉,比如 find.findBy.read.readBy.get.getBy,然后对剩下部分进行解析.并且如果方法的最后一个参数是 Sort 或者 Pageable 类型,也会提取相关的信息,以便按规则进行排序或者分页查询. 在创建查询时,我们通过在方法名中使用属性名称来表达,比如 findByUserAddressZip ().框架在解析该方法时,首先剔除 findBy,然后对剩下的属性进行解析,详细规则如下(此处假

在写一个网站的样式表的时候,都会不可避免地用到一些中文字体,比如说微软雅黑.黑体等,除非是做英文站,或者说你乐意整站都用浏览器默认的字体,那我也算服了U.在 CSS 中写入中文字体的方法一般采用 font-family:"微软雅黑","黑体";这样类似的表达方式,但是对于像 WordPress 这样需要 UTF8 编码平台来说,一个不注意没有转换编码就会导致中文字体无法按照希望的字体表形出来.所以我们可以通过英文.unicode 这种形式来表达中文,比如说刚才的 f