在上一篇中,我已经讲解了展示marker基因的前两种图形,分别是tsne/umap图.热图,感兴趣的读者可以回顾一下.这一节我们继续学习堆叠小提琴图和气泡图. 3. 堆叠小提琴图展示marker基因 相比于其他可视化形式,小提琴图可以更直观地展示某一类亚群的某一个基因的表达分布情况.我的marker基因一共选了12个,下面来画图: Seurat内置的VlnPlot函数可以直接画, library(xlsx) markerdf2=read.xlsx("ref_marker2.xlsx",

今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图:tsne/umap图.热图.堆叠小提琴图.气泡图,每个图我都会用两种方法绘制. 使用的数据来自文献:Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma. 去年7月发表在Cell Re

个人的一些碎碎念: 聚类,直觉就能想到kmeans聚类,另外还有一个hierarchical clustering,但是单细胞里面都用得不多,为什么?印象中只有一个scoring model是用kmean进行粗聚类.(10x就是先做PCA,再用kmeans聚类的) 鉴于单细胞的教程很多,也有不下于10种针对单细胞的聚类方法了. 降维往往是和聚类在一起的,所以似乎有点难以区分. PCA到底是降维.聚类还是可视化的方法,t-SNE呢? 其实稍微思考一下,PCA.t-SNE还有下面的diffusion

The single-cell transcriptional landscape of mammalian organogenesis 老板已经提了无数遍的文章,确实很nb,这个工作是之前我们无法想象得,想想如何把我们的数据和他们的数据整合到一起. 文献阅读 | Molecular Architecture of the Mouse Nervous System 这篇侧重强调的是神经系统的单细胞发育过程测序. Mouse Organogenesis Cell Atlas (MOCA) - 所有

最近Cell Systems杂志发表了一篇针对现有几种检测单细胞测序doublet的工具的评估文章,系统比较了常见的例如Scrublet.DoubletFinder等工具在检测准确性.计算效率等方面的优劣,以及比较了使用不同方法去除doublet后对下游DE分析.轨迹分析的影响. 现有的检测方法,基本都会先构造出虚拟doublet,然后将候选droplet与这些虚拟doublet比较,很相似的那些就定义为doublet.这里的虚拟doublet是通过随机组合两个(类)细胞的表达值得到的虚拟的do

前面我们已经学习了单细胞转录组分析的:使用Cell Ranger得到表达矩阵和doublet检测,今天我们开始Seurat标准流程的学习.这一部分的内容,网上有很多帖子,基本上都是把Seurat官网PBMC的例子重复一遍,这回我换一个数据集,细胞类型更多,同时也会加入一些实际分析中很有用的技巧. 1. 导入数据,创建Seurat对象 library(Seurat) library(tidyverse) testdf=read.table("test_20210105.txt",head

下午花了两个小时回答读者的疑问,觉得可以记录下来,也许能帮到一部分人. 第一位读者做的是非模式物种的单细胞. 一开始以为是想问我非模式物种的marker基因在哪儿找,读者朋友也提到了blast 研究的主要细胞类型的marker是有的 让读者朋友困惑的是一张表,cluster乘样本的表,每一个值表示表达这个marker基因的细胞数目.这个表其实没有多少信息,且容易给人误导.应该直接从小提琴图看. 解答完了这个问题,另一个问题还是回到"非模式物种如何找marker".找同源基因是一个思路,

0x00 - 前言 看过example后,就会想自己动动手,这里改改那里修修.我们先试着添加自己喜欢的marker/nft进行识别. 比如我做了一个法拉利的marker: 还有网上找了一个法拉利logo的图片用于NFT(Natural Feature Tracking): 对应显示的模型是这样的(仅供参考^_^!) 0x01 - marker制作流程 1.制作marker图片 首先我们找到doc/patterns/Blank pattern.png,使用这个空白的marker图片制作出自己想要的

之所以写这篇文章,源自于组内的一些技术讨论.实际上,Effective Java的Item 37已经详细地讨论了Marker Interface.但是从整个Item的角度来看,其对于Marker Interface所提供的一系列优点及特殊特性实际上是持肯定态度的.因此很多人,包括我的同事,都将该条目中的一些结论当作是准则来去执行,却忽略了得到这些结论时的前提,进而导致了一定程度的误用. 当然,我并不是在反对Effective Java的Item 37.说实话,我也没有这个资本.只是我个人在技术上

等了好久,终于等到了 X230 的 SLIC 2.1 的 Marker !特发帖备份... 基本情况 笔记本:Lenovo X230(i5+8G+500G) 操作系统:Windows 7 Pro x64 BIOS版本:v2.55[打开下载页面]如下图所示 --------------------------------------------------------------------- 更新BIOS(本步骤可根据实际情况看是否需要升级) 1.从联想官网下载最新的BIOS 2.桌面直接双击运

转自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_4cdc44df0100u80h.html Google Map API Version3 教程:在地图 通过代添加和删除mark标记       lat = 23.14746;       lng = 113.34175376;       var myLatLng = new google.maps.LatLng(lat, lng);       var myOptions = {           zoom: 15,  

功能一里面有marker点后台的代码 根据地图的缩放等级显示不同marker点的坐标JSP代码 <%@ page language="java" contentType="text/html; charset=UTF-8" pageEncoding="UTF-8"%> <%@ taglib prefix="c" uri="http://java.sun.com/jsp/jstl/core"

项目背景: 一个项目bug,项目中用到高德地图,默认打开页面会生成一个marker(下图红色icon),然后用户拖动marker到想要的位置,并且保存. 用户反映定位不准确,在当前页面编辑的位置,到后台打开位置就会有偏移. 因为后台打开时候是根据经纬度生成的marker,经过检查最终确定是前台页面,拖动marker定位 获取经纬度 那里出的问题. 这里不得不说下个人情况,此项目是他人开发,而开发人员已经不在公司,bug转发给我了.自己之前也没怎么使用过高德,主要使用的是谷歌地图和mapbox.

最近写了百度地图的Demo,所以总结下遇到的问题: 1.首先在百度地图中创建应用时用到 发布版SHA1是在Preferences下的Android下的Build中;2.在使用百度地图时,先要创建一个Application的类,中间引用 SDKInitializer.initialize(this)// 在使用 SDK 各组间之前初始化 context 信息,传入 ApplicationContext: 3.在清单文件中配置应用的权限及配置com.baidu.lbsapi.API_KEY: 4.使

本人建了一个Leaflet交流群:Leaflet&WebGIS  331437754 接着上篇我们在地图中添加一个marker,非常简单只需添加如下代码即可: var marker = L.marker([30, 118]) .addTo(map); Demo:http://jsfiddle.net/shitao1988/KDr4B/1/ 给这个marker添加一个弹出框 var marker = L.marker([30, 118]) .addTo(map) .bindPopup("&

在找leaflet和wfs的相关知识中  看到了这一效果 感觉不错: 这个效果的实现主要使用了JqueryUI的draggable和leaflet的containerPointToLatLng(可由屏幕坐标返回地理坐标)方法 // Drag & Drop $(".drag").draggable({ helper: 'clone', containment: 'map', start: function(evt, ui) { $('#box').fadeTo('fast', 0

上一篇文章介绍了如何在WinForm和WPF中使用GMap控件,这篇介绍下GMap中Marker的使用. 自定义Marker,可以理解为在地图上自定义图标(Custom Marker),先看看GMap的地图和图标的显示方式: Map控件上可以添加Overlay(图层),可以添加多个图层,先添加的图层在下面显示. 图层上可以添加GMapMarker,当然也可以添加GMapPolygon和GMapRoute,后续介绍. 在地图的使用中常要求的功能就是添加自定义图标,可以点击图标.删除图标.拖动图标.

初始化百度地图: private void initViews() { mMapView = (MapView) findViewById(R.id.bmapView); mBaiduMap = mMapView.getMap(); // 初始化地图范围级别 MapStatusUpdate msu = MapStatusUpdateFactory.zoomTo(14.0f); mBaiduMap.setMapStatus(msu); } --------------------华丽分割线----

昨天画了圆形,判marker是否存在圆形内.今天来画多边形,判断marker在多边形内. 需要引入一个js      <script type="text/javascript" src="http://api.map.baidu.com/library/GeoUtils/1.2/src/GeoUtils.js"></script> 百度地图API覆盖物多边形类 http://developer.baidu.com/map/reference

一些朋友在往地图上添加标注的时候,往往会发现,图片的尖尖角对不上具体的点.比如,我要在上海东方明珠上扎一个点. 首先,我使用取点工具http://lbs.amap.com/console/show/picker 拾取到东方明珠的经纬度,为121.499809,31.239666. 然后写一个自定义图片标注的代码,代码片段: var marker = new AMap.Marker({ //添加自定义点标记 map: map, position: [121.499809,31.239666], /