Trim Galore 无法输出

2024-09-04

使用trim_galore软件遇到的问题

我的原始测序数据是双端测序,在用trim_galore软件去接头的这一步,使用的命令行是 time nohup trim_galore R17002628-SKOV3-m6A_combined_R1.fastq.gz R17002628-SKOV3-m6A_combined_R2.fastq.gz & 相当然的以为软件会默认为双端测序,结果接下来一步用tophat软件mapping到参考基因组上的时候,发现mapping率只用10%,低的惊人.后来排除建库失败的可能,我去查看了trim_galo

Trim Galore用法及参数考量

Trim Galore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件,用于处理高通量测序得到的原始数据.通常我们从测序公司拿到数据后,第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理.公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件,我自己重新实现了一下trim的过程.参数都是根据公司的说明文件来设定的. 软件说明版本信息 Trim Galore version: 0.4.1 Cutadapt version: 1.11 FastQC version:0.11.3 依赖环境

Javascript函数式编程要掌握的知识点讲解

一:理解call和apply 及arguments.callee ECMAScript3给Function的原型定义了两个方法,他们是Function.prototype.call 和 Function.prototype.apply. 其实他们的作用是一样的,只是传递的参数不一样而已: 1. apply; 接受2个参数,第一个参数指定了函数体内this对象的指向,第二个参数为一个类似数组的集合,比如如下代码: var yunxi = function(a,b){ console.log([a,

我的第一个jsp程序-实现注册登录留言功能

1,注册功能,包括两个页面 zhuce.jsp注册页面 <%@ page language="java" contentType="text/html; charset=UTF-8" pageEncoding="UTF-8"%> <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/h

Java 中文字符判断中文标点符号判断

Java Character 实现Unicode字符集介绍 CJK中文字符和中文标点判断主要内容: 1. Java Character类介绍: 2. Unicode 简介及 UnicodeBlock 与 UnicodeScript区别和联系 3. 如何判断汉字及中文标点符号做中文信息处理,经常会遇到如何判断一个字是否是中文,或者是否是中文的标点符号等. 在Java中,主要使用 Character类处理字符有关功能,而JDK 1.7中Character是按照Unicode 6.0版本实现的,

SparkSQL基础应用(1.3.1)

一.概述从1.3版本开始Spark SQL不再是测试版本,之前使用的SchemaRDD重命名为DataFrame,统一了Java和ScalaAPI. SparkSQL是Spark框架中处理结构化数据的部分,提供了一种DataFrames的概念,同时允许在Spark中执行以SQL,HiveQL或Scala表示的关系型查询语句. 就易用性而言,对比传统的MapReduceAPI,说Spark的RDD API有了数量级的飞跃并不为过.然而,对于没有MapReduce和函数式编程经验的新手来说,RDD

javascript之String

一.构造函数 new String(value) //构造函数 function String(value) //转换函数二.属性 length 该字符串中的字符数 var str = new String("abcdefg"); document.write(str.length); //输出 7 三.方法 1.chatAt() 取出一个字符串中指定位置的字符. var str = new String("abcdefg"); document.write(st

20151210--MVC

package com.hanqi; import java.io.IOException; import java.sql.*; import java.text.SimpleDateFormat; import javax.servlet.ServletException; import javax.servlet.http.HttpServlet; import javax.servlet.http.HttpServletRequest; import javax.servlet.http

20151205--JDBC-2

<%@ page language="java" contentType="text/html; charset=UTF-8" pageEncoding="UTF-8"%> <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd"> <

同步 VS 异步

同步请求资源请求msdn上的一个页面计算页面大小 static void Main(string[] args) { string url = "https://docs.microsoft.com/zh-cn/dotnet/core/api/system"; try { WebRequest request = WebRequest.Create(url); WebResponse response = request.GetResponse(); using (var reade

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【JavaScript】underscore

例: 'use strict'; _.map([1, 2, 3], (x) => x * x); // [1, 4, 9] No1: [every/some] 当集合的所有元素都满足条件时,_.every()函数返回true,当集合的至少一个元素满足条件时,_.some()函数返回true: 'use strict'; // 所有元素都大于0? _.every([1, 4, 7, -3, -9], (x) => x > 0); // false // 至少一个元素大于0? _.some(

Web开发——jQuery基础

参考: 参考W3School:jQuery 教程参考:jQuery 参考手册参考(常用):jQuery API 测试 JavaScript 框架库 - jQuery 测试 JavaScript 框架库 - Prototype jQuery库下载:https://jquery.com/ Prototype库下载:http://prototypejs.org/ 目录: 1.引用 jQuery.Prototype 1.1 引用jQuery 1.2 引用Prototype 1.3 jQuery描述

如何使用List<HashMap<String, String>>详细讲解

场景:要循环界面Table数据源与导出Excel数据源作对比. 说明: List<HashMap<String,String>> List中每一项都是一个HashMap HashMap<String,String> map中 key是一个String,value也是一个String 一: 如何定位界面Table 一整行的定位. XPath写法示例://table[contains(@class,'condensed')][contains(@style,'margin

Java常用API-高级

---恢复内容开始--- Object类是Java语言中的根类,即所有类的父类.它中描述的所有方法子类都可以使用.所有类在创建对象的时候,最终找的父类就是Object. * String toString() : 返回该对象的字符串表示 * return getClass().getName() + "@" + Integer.toHexString(hashCode()); * getClass():返回一个字节码对象 * Integer.toHexString():返回指定

C# 高效率创建字符串类(StringBuilder)

1.为什么需要StringBuilder类? 因为String类型代表不可变字符串,所以无法对当前String类型实例进行处理.所以FCL提供了System.Text.StringBuilder类型,它可以接受字符串和字符作为参数,并对其进行高效动态处理,最终返回String对象.so,你可以将StringBuilder想象成对String字符串进行各种骚操作的特殊的构造器.通过Copy On Write技术实现的可变字符串的代理类,关于Copy On Wirte请参考Proxy代理模式(结构型

mybatis常用标签

1. 定义sql语句 1.1 select 标签属性介绍: id :唯一的标识符. parameterType:传给此语句的参数的全路径名或别名例:com.test.poso.User或user resultType :语句返回值类型或别名.注意,如果是集合,那么这里填写的是集合的泛型,而不是集合本身(resultType 与resultMap 不能并用) <select id="selectByPrimaryKey" resultMap="BaseResultMa

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Sox语音转换的相关知识

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