UPARSE 嵌合体

利用USearch去除嵌合体(chimeras)

嵌合体序列指在pcr过程中,两条不同的序列产生杂交扩增的序列,属于人工污染,在ITS和16S分析中,应该首先去除,USearch提供去除嵌合体的功能 usearch -uchime_ref reads.fna -db reference.fna -strand plus -nonchimeras nonchimeras.fna usearch 链接:http://drive5.com/usearch/manual/uparse_cmds.html 同时usearch提供更加可靠的聚类方案(未详考

24、嵌合体序列Chimeras

转载:http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/6497465.html 嵌合体序列:由来自两条或者多条模板链的序列组成,示意图如下: 在PCR反应中,在延伸阶段,由于不完全延伸,就会导致嵌合体序列的出现,以上图为例, 在扩增序列X的过程中,在序列延伸阶段,只产生了部分X序列延伸阶段就结束了,在下一轮的PCR反应中,这部分序列作为其相似序列Y的引物接着延伸,扩增就会形成X和Y的嵌合体序列: 在放一张具体一点的示意图,不完全延伸产生的序列作为下一轮PCR反应的产物,

扩增子分析解读4去嵌合体非细菌序列生成代表性序列和OTU表

本节课程,需要先完成扩增子分析解读1质控实验设计双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分切除扩增引物 3格式转换去冗余聚类先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们制作了Usearch要求格式的Fasta文件,对所有序列进行去冗余和低丰度过滤,并聚类生成了OTU. 接下来我们对OTU进一步去除嵌合体,并生成代表性序列和OTU表. 什么是chimeras(嵌合体)? 嵌合体序列

扩增子分析QIIME2-4分析实战Moving Pictures

本示例的的数据来自文章<Moving pictures of the human microbiome>,Genome Biology 2011,取样来自两个人身体四个部位五个时间点进入环境 source activate qiime2-2017.8 退出环境 source deactivate 准备数据 # 创建并进入工作目录 mkdir -p qiime2-moving-pictures-tutorialcd qiime2-moving-pictures-tutorial # 下

三代PacBio reads纠错 - 专题

三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是为了组装,单纯的为了纠错而纠错是没有意义的. 目前的算法大致可以分为三种:1.三代数据自纠:2.二代对三代纠:3.二代三代混合纠错. 目前已有的三代纠错程序: PacBioToCA 自纠(falcon也是用MHAP,SMRT的HGAP使用的是另一种速度慢的自纠算法,自纠的核心是多重序列比对) CCS

BWA MEM算法

现在BWA大家基本上只用其mem算法了,无论是二代还是三代比对到参考基因组上,BWA应用得最多的就是在重测序方面. Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM - arXiv:1303.3997v2 摘要 BWA-MEM is a new alignment algorithm for aligning sequence reads or assembly contigs against a

metagenome 简介

宏基因组 ( Metagenome)(也称微生物环境基因组 Microbial Environmental Genome, 或元基因组) .是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词, 其定义为"the genomes of the total microbiota found in nature" , 即生境中全部微小生物遗传物质的总和.它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因, 目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和.而所谓宏基因组学 (或元基因组学, meta

halcon算子

halcon的算子列表 Chapter 1 :Classification 1.1 Gaussian-Mixture-Models 1.add_sample_class_gmm 功能:把一个训练样本添加到一个高斯混合模型的训练数据上. 2.classify_class_gmm 功能:通过一个高斯混合模型来计算一个特征向量的类. 3. clear_all_class_gmm 功能:清除所有高斯混合模型. 4. clear_class_gmm 功能:清除一个高斯混合模型. 5. clear_sa

《zw版·Halcon-delphi系列原创教程》 Halcon分类函数006, image，影像处理（像素图）

<zw版·Halcon-delphi系列原创教程> Halcon分类函数006, image,影像处理(像素图) 为方便阅读,在不影响说明的前提下,笔者对函数进行了简化: :: 用符号“**”,替换:“procedure” :: 用大写字母“X”,替换:“IHUntypedObjectX” :: 省略了字符:“const”.“OleVariant” [示例] 说明函数: procedure AddNoiseWhiteContourXld( const Contours: IHUntypedO

PBcR - 纠错及组装算法

单分子测序reads(PB)的混合纠错和denovo组装我们广泛使用的PBcR的原始文章就是这一篇原文链接:Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing reads 简介:PBcR里面有一种自纠算法(PacBioToCA),纠错的核心本质就是多重序列比对,为了加快比对速度使用了MHAP算法(MinHash).三代的错误分布不是完全随机的,不要以为错误是均匀分布的!!! 摘要: PB技术可以

百度Ueditor

最近用到了百度Ueditor,也来写一写百度Ueditor的使用教程: 一.从官网下载百度Ueditor,http://ueditor.baidu.com/website/download.html,根据自己的语言选择压缩包: 二.使用百度Ueditor: 1)简单的demo如下[更多的配置请阅读官方文档:http://fex.baidu.com/ueditor/#server-php]: <!doctype html> <html lang="zh_CN">

halcon的算子列表

Chapter 1 :Classification 1.1 Gaussian-Mixture-Models 1.add_sample_class_gmm 功能:把一个训练样本添加到一个高斯混合模型的训练数据上. 2.classify_class_gmm 功能:通过一个高斯混合模型来计算一个特征向量的类. 3. clear_all_class_gmm 功能:清除所有高斯混合模型. 4. clear_class_gmm 功能:清除一个高斯混合模型. 5. clear_samples_class_gm

《zw版·delphi与halcon系列原创教程》zw版_THOperatorSetX控件函数列表 v11中文增强版

<zw版·delphi与halcon系列原创教程>zw版_THOperatorSetX控件函数列表v11中文增强版 Halcon虽然庞大,光HALCONXLib_TLB.pas文件,源码就要7w多行,但核心控件就是两个: THImagex,图像数据控件,v11版,包括488个函数和子程序 THOperatorSetX,操作主接口控件,v11版,包括1929个子程序以上两大核心控件,已经删除个别delphi内部属性函数,不影响日常使用. 其他控件,基本上,都是为配合两个控件,提供数据类型支持.

Difference between Hard Clip（H） and Soft Clip（S） in Samtools CIGAR string

一般人都知道 H 和 S 的表面上的区别,即 S 就是 soft, H 就是 hard,S 后,序列里还是会保留序列的信息,而 H 则不会. -------------------------------------------后面都不用看了,H和S没有区别,比对软件不能发现嵌合体-------------------------------------- 但这只是表面上的,在深层次的意义上, H 和 S 又有什么本质的不同呢? 首先要了解嵌合体的概念: 嵌合体就是两个不同的序列错误的拼接到了一

Textarea - 百度富文本编辑器插件UEditor

UEditor各种实例演示 Ueditor 是百度推出的一款开源在线 HTML 编辑器. 主要特点: 轻量级:代码精简,加载迅速. 定制化:全新的分层理念,满足多元化的需求.采用三层架构:1. 核心层: 为命令层提供底层API,如range/selection/domUtils类.2. 命令插件层: 基于核心层开发command命令,命令之间相互独立.3. 界面层: 为命令层提供用户使用界面.满足不同层次用户的需求. 浏览器兼容兼容Mozilla, MSIE, FireFox, Maxthon,

js文件中调用另一个js文件：

document.write("<script language='javascript' src='/UEditor/uparse.js'></script");

纳税服务系统【信息发布管理、Ueditor、异步信息交互】

需求分析我们现在来到了纳税服务系统的信息发布管理模块,首先我们跟着原型图来进行需求分析把: 一些普通的CRUD,值得一做的就是状态之间的切换了.停用和发布切换. 值得注意的是:在信息内容中,它可以带格式地复制内容,然后上传到我们的服务器中. 流程图: 编写JavaBean与配置文件 javaBean package zhongfucheng.info.entity; import java.sql.Timestamp; import java.util.HashMap; import java

NGS概念大科普（转）

NGS又称为下一代测序技术,高通量测序技术以高输出量和高解析度为主要特色,能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列读取,在提供丰富的遗传学信息的同时,还可大大降低测序费用.缩短测序时间的测序技术. Sanger法测序(一代测序):是一种利用DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物的测序技术.每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP).由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的

UEditor富文本简单使用

简单使用编辑器UEditor(录入)步骤: 1,下载Ueditor插件(文中使用1.4.3版本),添加js引用. <script src="../js/ueditor/ueditor.config.js" type="text/javascript"></script> <script src="../js/ueditor/ueditor.all.min.js" type="text/javascript&

Halcon 常用算子使用场合

Chapter 1 :Classification 1.1 Gaussian-Mixture-Models 1.add_sample_class_gmm 功能:把一个训练样本添加到一个高斯混合模型的训练数据上. 2.classify_class_gmm 功能:通过一个高斯混合模型来计算一个特征向量的类. 3. clear_all_class_gmm 功能:清除所有高斯混合模型. 4. clear_class_gmm 功能:清除一个高斯混合模型. 5. clear_samples_clas

UPARSE 嵌合体

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