注意:本文的内容主要来自于GATK官网的讲解,所以vcf也是GATK产生的,用其他caller,比如varscan2产生的vcf文件的内容注释可能不一致. 参考:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/1268/what-is-a-vcf-and-how-should-i-interpret-it VCF:由HEADER和RECORDS组成. RECORDS的FORMAT内容详解: QUAL:指的是caller正确的识别该变异位

在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此类工具集成的大多是标准功能,在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活. 本文介绍的是一个处理基因组数据的python模块,它打包了htslib-1.3.samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能,能在编程时非常灵活的处理bam和bcf文件. 以下主要介绍pysam的安装和使用方

pysam 模块介绍!!!! http://pysam.readthedocs.io/en/latest/index.html 在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此类工具集成的大多是标准功能,在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活. 本文介绍的是一个处理基因组数据的python模块,它打包了htslib-1.3.samtools-1

最近工作经常用到演示文稿,接触到了一款不错的免费软件—Free Spire.Presentation.使用之后发现这款软件非常轻巧,功能还挺齐全.这款软件的转化功能也是非常不错的,平时遇到的各种转换难题,用短短几行代码就能搞定.现在我跟大家分享一下我的使用心得. 有兴趣的朋友可以从E-iceblue官网下载Free Spire.Presentation使用.下载完成后,请将bin文件夹的.DLL添加作为Visual Studio的引用. 将PPT文件转化成Image文件 //Create a p

Variant Call Format(VCF)是一个用于存储基因序列突变信息的文本格式.表示单碱基突变, 插入/缺失, 拷贝数变异和结构变异等.BCF格式文件是VCF格式的二进制文件. CHROM [chromosome]: 染色体名称. POS [position]: 参考基因组突变碱基位置,如果是INDEL(插入缺失),位置是INDEL的第一个碱基位置. ID [identifier]: 突变的名称.若没有,则用'.'表示其为一个新变种. REF [reference base(s)]:

将List类型转化为Json,是我们平常开发时最常见的了.在使用中,有很多种方法,也可以使用. 第一种 第三方组件:Newtonsoft.Json.dll //转化成Json Newtonsoft.Json.JsonConvert.SerializeObject(obj); //反序列化 Newtonsoft.Json.JsonConvert.DeserializeObject<T>(string); 注意:版本更新时,可能会遇到问题: 因为引用出了问题,在程序集里面找不到的Newtonsof

最近做了一个关于基因开发的项目,要求最终输出的文件可以在专门的基因浏览器上边显示,类似统计图的东西.废话不说上图(表示表达不出来0.0)! 先说下Jbrowse这个东西吧,一句话:一个简单的,便携式依靠javascript的基因组浏览器.没用过觉得挺高大上的,难度挺高.实际上用过之后觉得也就是那回事,没多少难度,很容易上手.因为我是在虚拟机上边访问,用的是linux系统,所以这里我以linux为版本简述一遍: 1.安装 与其说是安装我还是觉得下载比较好.为什么?实际上也就是下载一个文件,文件夹里

我的情况是:解析第一层数据成功,解析第二层嵌套的数据失败.如: { "response": { "resultcode": "0", "errormsg": "查询成功", "poifrid": "3535353", "cardno": "545353535", "name": "gesrresge

js将json字符串转化成json对象的方法: JSON.parse(jsonObject)

Oracle中把一个DateTime或者该形态字符串转化成date类型. to_date('2016/12/8 18:55:43','yyyy/MM/dd hh24:mi:ss'), 或者: select to_date('2010-10-20 13:23:44','yyyy-mm-dd hh24:mi:ss')  from dual; 是用" /"还是" -"取决于字符串是什么结构的. date类型转换成char类型, 例子to_char(' ','yyyymmd

例子:将日历控件的值转化成DateTime类型. DateTime beginDate = Convert.ToDateTime(this.beginCalendar.EditValue);

1.简单的KVC介绍 KVC是一种间接访问对象属性的机制,不直接调用getter 和 setter方法,而使用valueForKey 来替代getter 方法,setValue:forKey来代替setter方法. 之前的一篇博客(http://www.cnblogs.com/rayshen/p/5006619.html),在探讨如何把某个对象进行序列化的时候,其实已经使用到KVC,如果某个类遵循NSCoding协议就能编码成NSData*(字节流). 具体KVC使用的示例为: Persion

http://blog.itpub.net/12639172/viewspace-490786/ 现在XML都普遍的用到了很多地方,它的平台无关.方便.结构化.适用性的特点让人不得不去接受它,在C#中的序列化中也有提到将对象转换成XML格式然后进行传递,去支持其他的平台或程序,昨天小小的研究了一下一个东东: 首先如果要用到序列化对象到XML,请先引入命名空间: using System.Xml.Serialization; 然后我们会用到它下面的一个类:XmlSerializer 这个类中为我们

文章来源:http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4562064.html VCF文件示例(VCFv4.2) ##fileformat=VCFv4.2 ##fileDate=20090805 ##source=myImputationProgramV3.1 ##reference=file:///seq/references/1000GenomesPilot-NCBI36.fasta ##contig=<ID=20,length=62435964,assembly=B3

#region 将datatable数据转化成list   public static List<T> ToList<T>(this DataTable dt) where T : class,new()        /// <summary>        /// 将datatable数据转化成list        /// </summary>        /// <typeparam name="T">泛型T<

前面几篇发布了一些有关五子棋的基本算法,其中有一些BUG也有很多值得再次思考的问题,在框架和效果上基本达到了一个简单的AI的水平,当然,我也是初学并没有掌握太多的高级技术.对于这个程序现在还在优化当中,主要是完善所使用的启发方式.编写多线程搜索代码.加入开局库等一些工作.开局库和多线程还没有实现,仅在棋盘表示.模板表示上修改较多,而启发方式上有一些改进,主要是修改了置换表为双置换表(深度和实时),内部迭代加深启发和我们接下来要说明的VCT和VCF代码.其中棋盘表示采用了一组15个32位表示,每一

Long转成带小数的,最好使用BigDecimal,而不是double. 以下例子,是将long型转化成BigDecimal,这样容易保持精度. public class Test { public static void main(String[] args) { Long num = 100000000123l; BigDecimal totalFee = new BigDecimal(num); System.out.println(num); System.out.println(tot

<script> $(function () { loadInfo(); }) function loadInfo() { $.post("InfoList.ashx", {}, function (data) { var serverData = $.parseJSON(data); var serverDataLength = serverData.length; ; i < serverDataLength; i++) { serverData[i].Name;

2014-01-13 16:53:55 1. 在Phonebook中导出联系人到内部存储,SD卡或者通过蓝牙.彩信.邮件等分享联系人时,通常会先将选择的联系人打包生成.vcf文件,然后将.vcf文件分享出去或者导出到存储设备上.以Phonebook中导出联系人到SD卡为例,前戏部分跳过,直奔主题. 2. 当用户选择导出联系人到SD卡时,会提示用户具体导出的路径等,然后需要用户点击“确定”button,此时启动ExportVcardThread线程执行具体的导出操作.代码的调用流程如下: 启动Ex

转自:http://loquat.iteye.com/blog/818547 报错:java.lang.Long cannot be cast to java.lang.Integer   Long 无法转化成Integer类型.   这个异常 经常出现在hinbernate分页查询的时候. 原因: 这里在Hibernate2.0之前版本list.get(0)返回的是Integer类型.         但是在Hibernate3.0以后版本list.get(0)返回的是Long类型.