1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.v

R, Bioconductor filterVcf: Extract Variants of Interest from a Large VCF File (Paul Shannon) We demonstrate three methods:  filtering by genomic region,  filtering on attributes ofeach specific variant call, and intersecting with known regions of int

处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信息写成track,连上genome browser 上查看,它还支持安装到本地服务器上(genome browser in box ,简称GBIB),genome browser 支持的格式有bedGraph, GTF, PSL, BED, bigBed, WIG, bigGenePred, big

这两年我的工作都转到了D3D11,目前新出硬件几乎全部支持此标准,加上D3D11接口清晰,概念直观,等到windows7普及,想必未来都是D3D11的天下.最近时间较空,我陆续开始写些基础文章,希望对新学者有所帮助.但文章纯属我自己随意写写,错误肯定很多,请大家多多包涵. 所谓MSAA,就是让一个像素可以同时存储多个颜色,而最终的显示结果由多个颜色重建而成.具体存储颜色的数量由DXGI_SAMPLE_DESC中的Count来决定,其中的Quality则一般用来给硬件设计厂商作为非常规发挥的余地,

这个特效需要用到DX11 UAV吗? http://blog.tianya.cn/blogger/post_show.asp?BlogID=510979&PostID=5665974 Introduction: 此文讲述了怎样使用DirectX中的Asm shader实现Phong着色模式,即per-pixel lighting效果.如想得到完整的工程代码和程序效果,请联系zengfancy@126.com. 广为接受的shader model共有两种,是Gauround shading mod

1,软件介绍 FreeBayes is a Bayesian genetic variant detector designed to find small polymorphisms, specifically SNPs (single-nucleotide polymorphisms), indels (insertions and deletions), MNPs (multi-nucleotide polymorphisms), and complex events (composite

计算电影长度 方法1 从mvhd - movie header atom中找到time scale和duration,duration除以time scale即是整部电影的长度. time scale相当于定义了标准的1秒在这部电影里面的刻度是多少. 例如audio track的time scale = 8000, duration = 560128,所以总长度是70.016,video track的time scale = 600, duration = 42000,所以总长度是70 方法2

1.创建统计语法: CREATE STATISTICS statistics_name ON { table_or_indexed_view_name } ( column [ ,...n ] ) [ WHERE <filter_predicate> ] [ WITH [ [ FULLSCAN | SAMPLE number { PERCENT | ROWS } | STATS_STREAM = stats_stream ] [ , ] ] [ NORECOMPUTE ] ] ; <fi

文不打算对这部分代码进行全面的解读,而是先对几个主要类的职能进行概述,然后再罗列一些有价值的重要细节. 第一部分:HBase Security 概述 HBase Security主要是基于User和User Group(Role)对表(或是更粒度的Family.Qualifer)进行安全检查(目前HBase Security暂不支持基于行的安全检查,但后续版本中会追加进来).在authentication方面,它主要是通过Kerberos来完成的.这部分不是HBase Security实现的重点

目前MP4的概念被炒得很火,也很乱.最开始MP4指的是音频(MP3的升级版),即MPEG-2 AAC标准.随后MP4概念被转移到视频上,对应的是MPEG-4标准.而现在我们流行的叫法,多半是指能播放MPEG-4标准编码格式视频的播放器.但是这篇文章介绍的内容跟上面这些都无关,我们要讨论的是MP4文件封装格式,对应的标准为ISO/IEC 14496-12,即信息技术 视听对象编码的第12部分:ISO 基本媒体文件格式(Information technology Coding of audio-v

本位出处:http://www.cnblogs.com/wy123/p/5748933.html 首先解释一个概念,统计信息是什么: 简单说就是对某些字段数据分布的一种描述,让SQL Server大概知道预期的数据大小,从而指导生成合理执行计划的一种数据库对象 默认情况下统计信息的更新策略: 1,表数据从0行变为1行 2,少于500行的表增加500行或者更多 3,当表中行多于500行时,数据的变化量大于500+20%*表中数据行数 非默认情况下,促使已有统计信息更新的因素(包括但不限于下面三种,

传输公式 传输方程是控制光线在吸收.发射和散射辐射的介质中的行为的基本方程.它解释了第11章中描述的所有体积散射过程--吸收.发射和内.外散射.并给出了一个描述环境中辐射分布的方程.光传输方程实际上是传输方程的一个特例,由于忽略参与介质而进行简化,并专门用于从表面散射. 在方程的基本形式中,传输方程式是一个描述光束在空间中某一点上的辐射量如何变化的积分微分方程.它可以转化为一个纯积分方程,用以描述描述了沿射线无穷多个坐标点的参与介质的效果. 回忆一下11.1.4章节的辐射源项Ls,它表示p点处ω

 参考链接:1. mp4文件格式解析 https://www.cnblogs.com/ranson7zop/p/7889272.html   2. MP4文件格式分析及分割实现(附源码) https://blog.csdn.net/u013898698/article/details/77152347 #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <string.h> #define PRINTF_DEBUG #defi

首先,对视频一些基本概念的理解: I帧:i帧又称为内编码帧,是一种自带全部信息的独立帧,可独立解码,可理解为一张静态图片,视频序列中的第一个帧始终是i帧,因为它是关键帧. P帧:P帧又称为帧间预测编码帧,需要参考前面的帧才能编码,P帧会占用更少的数据位,但同时,对前帧参考帧会有很强的依赖性,所以对数据传输错误很敏感. B帧:B帧又称为双向预测编码帧,B帧记录的是本帧和前后帧的差别,解码B帧,不仅要获得之前的缓存画面,还需要解码之后的画面,通过前后画面以及本帧数据的叠加获得最终的画面,B帧的压缩率

神经网络训练+可视化显示 #添加隐层的神经网络结构+可视化显示 import tensorflow as tf def add_layer(inputs,in_size,out_size,activation_function=None): #定义权重--随机生成inside和outsize的矩阵 Weights=tf.Variable(tf.random_normal([in_size,out_size])) #不是矩阵,而是类似列表 biaes=tf.Variable(tf.zeros([1

激活函数 激活函数----日常不能用线性方程所概括的东西 左图是线性方程,右图是非线性方程 当男生增加到一定程度的时候,喜欢女生的数量不可能无限制增加,更加趋于平稳 在线性基础上套了一个激活函数,使得最后能得到输出结果 常用的三种激活函数: 取值不同时得到的结果也不同 常见激活函数图形 tensorflow中自带的激活函数举例: 添加隐层的神经网络 #添加隐层的神经网络结构 import tensorflow as tf def add_layer(inputs,in_size,out_size

 描述移动数据的方式 • 创建和使用目录对象 • 使用SQL*Loader 加载非Oracle DB(或用户文件)中的数据 • 使用外部表并通过与平台无关的文件移动数据 • 说明Oracle 数据泵的一般体系结构 • 使用数据泵的导出和导入实用程序在Oracle DB 之间移动数据   移动数据:一般体系结构   移动数据:一般体系结构 主要功能组件: • DBMS_DATAPUMP:包括高速导出与导入实用程序的API,可用于成批地移动数据和元数据. • 直接路径API (DPAPI):Orac

mp4文件格式解析 原作:http://blog.sina.com.cn/s/blog_48f93b530100jz4b.html 目前MP4的概念被炒得很火,也很乱.最开始MP4指的是音频(MP3的升级版),即MPEG-2 AAC标准.随后MP4概念被转移到视频上,对应的是MPEG-4标准.而现在我们流行的叫法,多半是指能播放MPEG-4标准编码格式视频的播放器.但是这篇文章介绍的内容跟上面这些都无关,我们要讨论的是MP4文件封装格式,对应的标准为ISO/IEC 14496-12,即信息技术

先下载PopLDdecay软件(开源GitHub) https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay PopLDdecay的安装 1) INSTALL Method1 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ###################################

beftools非常复杂,大概有20个命令,每个命令下面还有N多个参数 annotate .. edit VCF files, add or remove annotations call .. SNP/indel calling (former "view") cnv .. Copy Number Variation caller concat .. concatenate VCF/BCF files from the same set of samples consensus ..

目前MP4的概念被炒得很火,也很乱.最开始MP4指的是音频(MP3的升级版),即MPEG-2 AAC标准.随后MP4概念被转移到视频上,对应的是MPEG-4标准.而现在我们流行的叫法,多半是指能播放MPEG-4标准编码格式视频的播放器.但是这篇文章介绍的内容跟上面这些都无关,我们要讨论的是MP4文件封装格式,对应的标准为ISO/IEC 14496-12,即信息技术 视听对象编码的第12部分:ISO 基本媒体文件格式(Information technology Coding of audio-v