目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi

shapeit最大的功能是对双链DNA进行phase和基因型进行impute.除此之外,还能提取SNP和样本,同样的,也能去除SNP和样本.下面简单介绍这两个功能. 一.提取SNP 提取SNP用到“--include-snp”参数,具体命令为: time shapeit \ -convert \ --input-haps data.phased \ --output-haps data.phased.subset \ --include-snp include_marker.site 其中,in

split() 方法将字符串分割为字符串数组,并返回此数组. stringObject.split(separator,limit) 我们将按照不同的方式来分割字符串: 使用指定符号分割字符串,代码如下: var mystr = "www.imooc.com"; document.write(mystr.split(".")+"<br>"); document.write(mystr.split(".", 2)+&

/** *  从msg中提取指定的内容 * *  @param msg 字符串集合 * *  @return 从msg中提取指定的内容 */ -(NSString*)extractBodyFromMessage:(NSString* )msg{ NSString* body=msg; NSString* keyString=@"[来自网易邮箱的超大附件]"; NSScanner*scanner=[NSScanner scannerWithString:body]; [scanner s

提取指定数目的字符substr() substr() 方法从字符串中提取从 startPos位置开始的指定数目的字符串. 语法: stringObject.substr(startPos,length) 参数说明: 注意:如果参数startPos是负数,从字符串的尾部开始算起的位置.也就是说,-1 指字符串中最后一个字符,-2 指倒数第二个字符,以此类推. 如果startPos为负数且绝对值大于字符串长度,startPos为0. 使用 substr() 从字符串中提取一些字符,代码如下: <sc

提取样本见命令行: plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample 其中,sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID,第二列为Within-family ID(IID) 同样的,如果是去除样本,则用参数“--remove”

1.需求:提取登录后的凭证ticket供系统其他接口调用 2.登录接口返回的格式如下: { "ret_code":0, "ret_msg":"login success", "data":"http://IP:port/authredirect?ticket=eyJhbGciOiJIUzUxMiJ9.eyJzY29wZXMiOjIxNzksImlzcyI6ImZ1cWluZ0B0cmF3ZS5jbiIsImlhdCI

如图所示,命名为file文件的表头有BP.A1.TEST等 假如想提取含有"ADD"的行和该行对应列的"BP"和"P"值,则需要用到以下命令 awk '/ADD/ {print $1,$7}' file > file_BP_P /ADD/表示搜索含有"ADD"的行,$1表示提取第一列,$7表示提取第七列,file指的是搜索的文件名,">"表示输出,file_BP_P表示输出后保存的文件名

typedef struct { int width; int height; }SizeInfo; typedef struct { int x; int y; int width; int height; }ImageRect; /************************************************* // Method : ExtraceSpecifiedSizeYuv // Author : zhoulee // Date : 2016/08/15 16:14

grep查找ERROR,定位位置 awk打印到指定行数 sed打印到文本末尾 awk打印到文本末尾 方法一 #!/bin/csh -f if(-f errorlog.rpt) then rm -rf errorlog.rpt endif ls *.log > loglst.lst #将log文件写到指定文件 #loop execute set n=`wc -l < loglst.lst`#得到log文件个数(行数) echo $n set i=1 while ($i <= $n) set

有如下字符串: text=cssPath:"http://imgcache.qq.com/ptlogin/v4/style/32",sig:"OvL7F1OQEojtPkn5x2xdj1*uYPm*H3mpaOf3rs2M",clientip:"82ee3af631dd6ffe",serverip:"",version:"201404010930" 怎么提取元素为sig的值?就是OvL7F1OQEojtPk

clc;clear; fileno=1; for i=1:fileno fid2=fopen('4B1T_wb_eq.txt','w'); %save data to 'logfile' in Matlab current working directory fid=fopen('4B1T_wb_eq.log','r'); %read NAMD log file fid=fopen([loadpath groupdir(i).name],'r'); while(~feof(fid)) newl=

假设有文件长如下样子: CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  samplename 1 3552841 . G . 32.995 . DP=1;MQ0F=0;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=40;FQ=-29.9912 GT:PL:DP 0/0:0:1 1 3552842 . T . 32.995 . DP=1;MQ0F=0;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0

1 我们查看源代码之后获得的网页文件如下图所示,一般都是href="/p-286018571.html"我们只要能提取到所有的"/p-XXXXXXXX.html"这样的东西,至于前面的http://www.docin.com则可以手动批量添加,甚至后面的.html也可以手动添加,我们只要得到一串数字就可以了.我们最终希望的是能够获取如下面的这种网址列表,最笨的办法就相当于我们一个一个点击打开,然后到IE地址栏去复制粘贴一样.当然这里我们讲如何使用软件提高效率. ht

从一段字符串中,提取中文.英文.数字 中文字符30Margin中文字符40HorizontalAlignment 正则表达式: /// <summary> /// 英文字母与数字 /// </summary> public const string LettersAndNumbers = "[a-zA-Z0-9]+"; /// <summary> /// 中文字符 /// </summary> public const string Ch

Fluent版本:Fluent 19.0 Visual Studio版本:Visual Studio 2013 有时候我们想要实现一些功能,比如:我们在使用Fluent进行瞬态计算的时候,想要获取某条线上的物理量随时间的变化,如果我们直接用UDF去输出当然是可以的,但是实现起来难度比较大,而CFD-Post实现这些功能相对比较容易,难道要我们保留所有的结果,最后再在CFD-Post里面慢慢处理?当然有其他的解决办法,我们可以使用Python编写一个模块,用来调用CFD-Post获取该条线段上的物

问题:提取check之后的数字 来源:Excelhome Sub 提取数字() Dim regexp As New regexp With regexp .Pattern = "check\s*(\d+)" End With With Worksheets("sheet1") r = .Cells(.Rows.Count, 1).End(xlUp).Row arr = .Range("a1:b" & r) For i = 1 To UBo

[rdd 惰性执行] 为了提高计算效率 spark 采用了哪些机制 1-rdd 基于分布式内存数据集进行运算 2-lazy evaluation  :惰性执行,即rdd的变换操作并不是在运行该代码时立即执行,而仅记录下转换操作的对象:只有当运行到一个行动代码时,变换操作的计算逻辑才真正执行. http://spark.apache.org/docs/latest/rdd-programming-guide.html#resilient-distributed-datasets-rdds [ rd

返回的html(截取部分),要求从中提取:2022-02-22 13:46:15 <!-- 前面省略557行 --> <td>2022-02-22</td> <td>cs30</td> <td></td> <td>2022-02-22 13:46:15</td> <td>0</td> <td>0</td> <td>0</td>

提取A1中[]内的字符函数:=MID(A1,SEARCH("[",A1)+1,SEARCH("]",A1)-SEARCH("[",A1)-1)