1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.v

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi

shapeit最大的功能是对双链DNA进行phase和基因型进行impute.除此之外,还能提取SNP和样本,同样的,也能去除SNP和样本.下面简单介绍这两个功能. 一.提取SNP 提取SNP用到“--include-snp”参数,具体命令为: time shapeit \ -convert \ --input-haps data.phased \ --output-haps data.phased.subset \ --include-snp include_marker.site 其中,in

Jmeter BeanShell PostProcessor提取json数据 假设现有需求: 提取sample返回json数据中所有name字段对应的值,返回的json格式如下: {“body”:{“data”:[{“name”:”liuke”},{“name”:”test”}]}} Jmeter添加BeanShell PostProcessor, BeanShell代码: import org.json.*; String response_data = prev.getResponseDat

需求:提取sample返回json数据中所有name字段值,返回的json格式如下: {“body”:{“apps”:[{“name”:”111”},{“name”:”222”}]}} jmeter中添加后置处理器BeanShell PostProcessor   import org.json.*; String response_data = prev.getResponseDataAsString(); JSONObject data_obj = new JSONObject(respon

因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到vcftools比较两个vcf文件. 使用命令也很简单: 1 vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site 运行结束会生成一个名为Diff.site.diff.sites_in_files的文件: pso1,ref1和alt1代表file1.snp.vcf文件中位点信息,IN_FILE列代表含有当前snp位置信息的文件,1代表file1.s

处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信息写成track,连上genome browser 上查看,它还支持安装到本地服务器上(genome browser in box ,简称GBIB),genome browser 支持的格式有bedGraph, GTF, PSL, BED, bigBed, WIG, bigGenePred, big

文章地址:https://academic.oup.com/gbe/article/10/2/458/4810442#supplementary-data Abstract 在自然生态系统和管理生态系统中,Apis mellifera都是极具影响力的传粉者.在北美,这一物种已经从欧洲和非洲的各种不同来源的种群中被多次引入.从那时起,野生动物种群已经扩展到许多不同的环境,跨越了它们广泛的引进范围.在这里,我们使用了历史博物馆标本和来自美国加利福尼亚州的新收集的现代种群进行了全基因组测序,来分析群体

说明:本文部分资料摘抄至 来源: http://www.cnblogs.com/puresoul/p/4915350.html 来源: http://www.cnblogs.com/puresoul/p/4949889.html 来源: http://blog.csdn.net/silencemylove/article/details/51373873 一.什么是Bean Shell BeanShell是一种完全符合Java语法规范的脚本语言,并且又拥有自己的一些语法和方法; BeanShel

没日没夜的改论文生活终于要告一段落了,比起改论文,学OpenCV就是一件幸福的事情.OpenCV的发展越来越完善了,已经可以直接使用BOW函数来进行对象分类了. 简单的通过特征点分类的方法:                                                                       一.train 1.提取+/- sample的feature,每幅图提取出的sift特征个数不定(假设每个feature有128维) 2.利用聚类方法(e.g K-me

说明:本文部分资料摘抄至 来源: http://www.cnblogs.com/puresoul/p/4915350.html 来源: http://www.cnblogs.com/puresoul/p/4949889.html 来源: http://blog.csdn.net/silencemylove/article/details/51373873 一.什么是Bean Shell BeanShell是一种完全符合Java语法规范的脚本语言,并且又拥有自己的一些语法和方法; BeanShel

关于测试框架搭建的详细过程,会在另一篇文章中详细介绍:http://www.cnblogs.com/leeboke/p/6145977.html 摘 要 目前基于Jmeter的接口自动化测试框架,大多只实现脚本维护和自动调度,无法与Testlink进行互通,实现测试方案与自动化实施流程连接,本文基于Testlink.Jmeter.Jenkins实现:通过Testlink统一维护接口自动化测试用例,Jmeter编写和运行测试脚本,Jenkins实现统一调度,并返回执行结果和测试报告到Testlin

说明:本文部分资料摘抄至 来源: http://www.cnblogs.com/puresoul/p/4915350.html 来源: http://www.cnblogs.com/puresoul/p/4949889.html 来源: http://blog.csdn.net/silencemylove/article/details/51373873 一.什么是Bean Shell BeanShell是一种完全符合Java语法规范的脚本语言,并且又拥有自己的一些语法和方法; BeanShel

未经作者允许,禁止转载!!! Jmeter有哪些Bean Shell 定时器: BeanShell Timer 前置处理器:BeanShell PreProcessor 采样器: BeanShell Sampler 后置处理器:BeanShell PostProcessor 断言: BeanShell断言 监听器: BeanShell Listener 下面先讲一讲 采样器:BeanShell Sampler的用法 在BeanShell Sampler里面写入vars.get和vars.put

http://www.cnblogs.com/likwo/archive/2012/12/20/2826988.html 转 http://www.cnblogs.com/lenolix/archive/2010/12/13/1904868.html 概要:本文同期调研了google profile工具以及其他常用profile的工具,如GNU gprof.oprofile等(都是开源项目),并对其实现原理做了简单分析和比较.希望对之后的推广使用或二期开发有所帮助. 一.       GUN G

Jmeter有哪些Bean Shell 定时器: BeanShell Timer 前置处理器:BeanShell PreProcessor 采样器: BeanShell Sampler 后置处理器:BeanShell PostProcessor 断言: BeanShell断言 监听器: BeanShell Listener 下面先讲一讲 采样器:BeanShell Sampler的用法 在BeanShell Sampler里面写入vars.get和vars.put 查看结果树: 在BeanShe

目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f

是单核苷酸多态性,人的基因是相似的,有些位点上存在差异,这种某个位点的核苷酸差异就做单核苷酸多态性,它影响着生物的性状,影响着对某些疾病的易感性.SNPedia是一个SNP调査百科,它引用各种已经发布的文章,或者数据库信息对SNP位点进行描述,共享着人类基因组变异的信息.我们可以搜索某个SNP位点来寻找与之相关的信息,也可以根据相关疾病,症状来寻找相关的SNP. 初次使用SNPedia   SNPedia主页网址为http://snpedia.com/index.php/SNPedia,比如我想

进入链接:http://www.internationalgenome.org/data-portal/sample 点击“filter by population”,在弹出的选择框里,选择想要下载的population,比如CHB.然后再点击“download the list” 下载后,保存文件即可. 文件格式如下,第一列为CHB的sample ID,其他是该sample对应的详细信息

le final.snp.list | perl -lane '{$a+=1;print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$F[1]"}' | less >snp_site le final.indel.vcf |grep -v '^#' | less -S|perl -lane '{$a+=1;$b=$F[1]+length($F[3]);print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$b"}' | less -S >indel_site

做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速度超快,命令如下: 1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二.根据染色体位置提取子集 注意