le final.snp.list | perl -lane '{$a+=1;print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$F[1]"}' | less >snp_site

le final.indel.vcf |grep -v '^#' | less -S|perl -lane '{$a+=1;$b=$F[1]+length($F[3]);print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$b"}' | less -S >indel_site

5、提取snp indel 位点的更多相关文章

  1. bcftools 提取vcf(snp/indel)文件子集

    做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools ...

  2. shapeit提取或去除指定SNP和样本(shapeit extract or exclude SNP, sample)

    shapeit最大的功能是对双链DNA进行phase和基因型进行impute.除此之外,还能提取SNP和样本,同样的,也能去除SNP和样本.下面简单介绍这两个功能. 一.提取SNP 提取SNP用到“- ...

  3. NGS检测SNP

    1,Fastq数据质控 2,Fastq转化成bam,包含头文件 bwa aln ref.fa test_1.fq > test_1.sai bwa aln ref.fa test_2.fq &g ...

  4. GATK4.1 call SNP

    GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同,更加趋于流程化. 软件安装 1 wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/downlo ...

  5. plink提取指定样本的数据(keep函数)

    提取样本见命令行: plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample 其中,sampleI ...

  6. eQTL | Expression quantitative trait loci | 数量性状位点 | 表达数量性状基因座

    一篇通俗的文章:eQTL Expression quantitative trait loci (eQTLs) are genomic loci that explain all or a fract ...

  7. eQTL | Expression quantitative trait loci | 表达数量性状基因座 | QTL | 数量性状位点

    到底什么是eQTL? eQTL和QTL之间有什么联系?为什么说QTL比eQTL难很多? QTL和GWAS有什么关系? GTEx数据库里的eQTL数据如何利用? 说eQTL之前必须先解释QTL,QTL, ...

  8. Pooled genome sequence strategies |representative genome assembly approaches|Domestication|GERP|selective sweep|Hybridization|Introgression|iHS|SNP genotyping arrays|haplotype

    Design based on biology 通过比较基因组学的方法,将脊椎动物基因组的数据,解决生物学各方面问题.新的调控注释(在脊椎动物的进化过程中的出现的)可以丰富物种树(比如不同功能蛋白质进 ...

  9. 【转】GATK使用方法详解(包含bwa使用)

    一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验 ...

随机推荐

  1. 【leetcode刷题笔记】Largest Rectangle in Histogram

    Given n non-negative integers representing the histogram's bar height where the width of each bar is ...

  2. EntityFramework 学习 一 Lazy Loading

    延迟加载:延迟加载相关的数据 using (var ctx = new SchoolDBEntities()) { //Loading students only IList<Student&g ...

  3. eclipse中集成velocity插件

    1.打开eclipse,点击help,选择install new software 2.点击add,输入下载地址: http://download.eclipse.org/eclipse/update ...

  4. long long 与 __int64

    1.long long VC中不能用,codeblocks中 可以 #include<iostream> #include<stdio.h> using namespace s ...

  5. ajax stream 一边下载二进制数据一边处理

    最近有在做 stream 下载,并且边下载 stream 边处理功能.解析二进制的功能.最初参考了 flv.js 的 flv stream 下载处理功能,发现他并没有使用的 XMLHttpReques ...

  6. codeforces 651A A. Joysticks (模拟)

    A. Joysticks time limit per test 1 second memory limit per test 256 megabytes input standard input o ...

  7. Struts2 - 运行流程分析

    1. 请求发送给 StrutsPrepareAndExecuteFilter 2. StrutsPrepareAndExecuteFilter 询问 ActionMapper: 该请求是否是一个 St ...

  8. html中Meta属性

    <!DOCTYPE html> <!-- 使用 HTML5 doctype,不区分大小写 --> <html lang="zh-cmn-Hans"&g ...

  9. 关于android 图片加载优化

    android应用对图片处理算是比较频繁的了,尤其是在程序加载大量图片和高分辨率图片时,最容易产生oom异常,下面是个人平时一些省内存加载方法 方法一: public Bitmap decodeFil ...

  10. 打包AAC码流到FLV文件

    AAC编码后数据打包到FLV很简单. 1. FLV音频Tag格式                              字节位置    意义0x08,                       ...