选择Python 科学计算器发行版

Python用于科学计算的一些常用工具和库


  • IPython-增强的交互环境:支持变量自动补全,自动缩进,支持 bash shell 命令,内置了许多很有用的功能和函数
  • Spyder、Wing IDE或Eclipse/Pydev:集成开发环境
  • NumPy-数学计算基础库:N维数组、线性代数计算、傅立叶变换、随机数等。
  • SciPy-数值计算库:线性代数、拟合与优化、插值、数值积分、稀疏矩阵、图像处理、统计等。
  • SymPy-符号运算
  • Pandas-数据分析库:数据导入、整理、处理、分析等。
  • matplotlib-会图库:绘制二维图形和图表
  • Chaco-交互式图表
  • OpenCV-计算机视觉库
  • TVTK-数据的三维可视化
  • Cython-Python转C的编译器:编写高效运算扩展库的首选工具
  • BioPython-生物科学

Python科学计算发行版


  • Python(x,y)
    当前最新版本:2.7.6.1 (05/30/2014),支持Windows和Python2.7.6。
    其库索引列出了所支持的170+Python27库。
  • WinPython
    当前最新版本:2.7.6.4和3.3.5.0 (04/2014),支持Windows和Python2.7.6、3.3.5。
    其库索引列出了所支持的60+Python27库。
    其库索引列出了所支持的60+Python33库。
  • Enthought Canopy(Enthought Python Distribution)
    当前最新版本:1.4.1 (06/11/2014),支持Linux, Windows, Mac平台和Python2.7.6。
    其库索引列出了所支持的150+测试过的Python库。
  • Anaconda
    当前最新版本:2.0.1 (06/12/2014),支持Linux, Windows, Mac平台和Python 2.6、2.7、3.3、3.4。
    其库索引列出了所支持的195+流行Python库。

Python(x,y)和WinPython都是开源项目,其项目负责人都是Pierre Raybaut。按Pierre自己的说法是“WinPython不是试图取替Python(x,y),而是出于不同动机和理念:更灵活、易于维护、可移动、对操作系统侵略性更小,但是用户友好性更差、包更少、没有同Windows资源管理器集成。”。参考1里面说Python(x,y)不是很稳定,此外看它目前的更新不是很频繁,确实有可能Pierre后来的工作重心放在WinPython上了。

 
Canopy和Anaconda是公司推的,带免费版和商业版/插件。这两款发行版也牵扯到一个人,那就是Travis Oliphant。Travis是SciPy的原始作者,同时也是NumPy的贡献者。Travis在2008年以副总裁身份加入Enthought,2012年以总裁的身份离开,创立了一个新公司continuum.io,并推出了Python的科学计算平台Anaconda。Anaconda相对Canopy支持Python的版本更多,对Python新版本支持跟的很紧(Sage不支持Python3.x的理由是因为其依赖的SciPy还不支持Python3,而Anaconda却实现了支持Python3.3和3.4,这就说明问题了),此外其在Linux平台下(通过conda管理)安装更方便。

 

一、为什么选择Anaconda?

1.1 什么是 Anaconda?

Anaconda是专注于数据分析的Python发行版本,包含了conda、Python等190多个科学包及其依赖项。作为好奇宝宝的你是不是发现了一个新名词 conda,那么你一定会问 conda 又是什么呢?

1.2 什么是 conda ?

conda 是开源包(packages)和虚拟环境(environment)的管理系统。

  • packages 管理: 可以使用 conda 来安装、更新 、卸载工具包 ,并且它更关注于数据科学相关的工具包。在安装 anaconda 时就预先集成了像 Numpy、Scipy、 pandas、Scikit-learn 这些在数据分析中常用的包。另外值得一提的是,conda 并不仅仅管理Python的工具包,它也能安装非python的包。比如在新版的 Anaconda 中就可以安装R语言的集成开发环境 Rstudio。

  • 虚拟环境管理: 在conda中可以建立多个虚拟环境,用于隔离不同项目所需的不同版本的工具包,以防止版本上的冲突。对纠结于 Python 版本的同学们,我们也可以建立 Python2 和 Python3 两个环境,来分别运行不同版本的 Python 代码。

知道 是什么(what) 的同时,我们也需要问一问 为什么(why)。那么,为什么要选择用Anaconda呢?

1.3 Anaconda 的优点?

Anaconda的优点总结起来就八个字:省时省心、分析利器。

  • 省时省心: Anaconda通过管理工具包、开发环境、Python版本,大大简化了你的工作流程。不仅可以方便地安装、更新、卸载工具包,而且安装时能自动安装相应的依赖包,同时还能使用不同的虚拟环境隔离不同要求的项目。

  • 分析利器:Anaconda 官网中是这么宣传自己的:适用于企业级大数据分析的Python工具。其包含了720多个数据科学相关的开源包,在数据可视化、机器学习、深度学习等多方面都有涉及。不仅可以做数据分析,甚至可以用在大数据和人工智能领域。

解决了 是什么 以及 为什么 的问题后,下面让我们看一下 怎么做(How)

说明一下conda的设计理念——conda将几乎所有的工具、第三方包都当做package对待,甚至包括python和conda自身!因此,conda打破了包管理与环境管理的约束,能非常方便地安装各种版本python、各种package并方便地切换。

参考:http://www.jianshu.com/p/169403f7e40c

根据提示进行安装,完成后你大概会惊讶地发现电脑中多了好多应用,不用担心,我们一项项来看:

  • Anaconda Navigator :用于管理工具包和环境的图形用户界面,后续涉及的众多管理命令也可以在 Navigator 中手工实现。
  • Jupyter notebook :基于web的交互式计算环境,可以编辑易于人们阅读的文档,用于展示数据分析的过程。
  • qtconsole :一个可执行 IPython 的仿终端图形界面程序,相比 Python Shell 界面,qtconsole 可以直接显示代码生成的图形,实现多行代码输入执行,以及内置许多有用的功能和函数。
  • spyder :一个使用Python语言、跨平台的、科学运算集成开发环境。
修改Path变量

设置命令行:
新建一个变量:
Python27: D:\programFiles\Anaconda2
然后path增加:
python目录和scripts目录。


在cmd输入python -v

PS C:\Users\a> Python -V
Python 2.7.14 :: Anaconda, Inc.
PS C:\Users\a>

可以看到输出python版本是 Anaconda ,说明是Anaconda下面的python.

Spyder的最大优点就是模仿MATLAB的“工作空间”。

 

Conda的包管理:

Conda的包管理就比较好理解了,这部分功能与pip类似。

# 安装scipy
conda install scipy
# conda会从从远程搜索scipy的相关信息和依赖项目,对于python 3.4,conda会同时安装numpy和mkl(运算加速的库)

# 查看已经安装的packages
conda list
# 最新版的conda是从site-packages文件夹中搜索已经安装的包,不依赖于pip,因此可以显示出通过各种方式安装的包

前面已经提到,conda将conda、python等都视为package,因此,完全可以使用conda来管理conda和python的版本,例如

# 更新conda,保持conda最新
conda update conda # 更新anaconda
conda update anaconda # 更新python
conda update python
# 假设当前环境是python 3.4, conda会将python升级为3.4.x系列的当前最新版本

补充:如果创建新的python环境,比如3.4,运行conda create -n python34 python=3.4之后,conda仅安装python 3.4相关的必须项,如python, pip等

设置国内镜像

如果需要安装很多packages,你会发现conda下载的速度经常很慢,因为Anaconda.org的服务器在国外。所幸的是,清华TUNA镜像源有Anaconda仓库的镜像,我们将其加入conda的配置即可:

# 添加Anaconda的TUNA镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
# TUNA的help中镜像地址加有引号,需要去掉 # 设置搜索时显示通道地址
conda config --set show_channel_urls yes

执行完上述命令后,会生成~/.condarc(Linux/Mac)或C:\Users\USER_NAME\.condarc文件,记录着我们对conda的配置,直接手动创建、编辑该文件是相同的效果。

conda cheatsheet:
https://conda.io/docs/_downloads/conda-cheatsheet.pdf

conda create -n your_env_name python=X.X(2.7、3.6等)命令创建python版本为X.X、名字为your_env_name的虚拟环境。your_env_name文件可以在Anaconda安装目录envs文件下找到。

4、使用激活(或切换不同python版本)的虚拟环境。

如果创建新的python环境,比如3.4,运行conda create -n python34 python=3.4之后,conda仅安装python 3.4相关的必须项,如python, pip等,如果希望该环境像默认环境那样,安装anaconda集合包,只需要:

# 在当前环境下安装anaconda包集合
conda install anaconda # 结合创建环境的命令,以上操作可以合并为
conda create -n python34 python=3.4 anaconda
# 也可以不用全部安装,根据需求安装自己需要的package即可

# 创建一个名为python34的环境,指定Python版本是3.4
conda create --name python34 python=3.4

# 激活某个环境
activate python34 # for Windows
source activate python34 # for Linux & Mac

deactivate python34 # for Windows
source deactivate python34 # for Linux & Mac

# 删除一个已有的环境
conda remove --name python34 --all
---------------------

Conda包管理
# 安装xxxx
conda install xxxx

# 查看当前环境下已安装的包
conda list

# 查看某个指定环境的已安装包
conda list -n python34

# 查找package信息
conda search numpy

# 安装package
conda install -n python34 numpy # 如果不用-n指定环境名称,则被安装在当前活跃环境 也可以通过-c指定通过某个channel安装

Conda 更新
# 更新package
conda update -n python34 numpy

# 删除package
conda remove -n python34 numpy

# 更新conda,保持conda最新
conda update conda

# 更新anaconda
conda update anaconda

# 更新python
conda update python

列举当前所有环境

conda info --envs
conda env list

Get a list of all my environments, active environment is shown with *

Conda 源
# 添加Anaconda的TUNA镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
# TUNA的help中镜像地址加有引号,需要去掉

# 设置搜索时显示通道地址
conda config --set show_channel_urls yes
---------------------

-conda config --show-sources #查看当前使用源/.condarc 文件(conda config --show #查看所有信息)

-conda config --remove channels 源名称或链接 #删除指定源

发现conda下载还是很慢,

网上说把
新的办法:将condarc文件中的清华tuna镜像路径改成http,而不是https,重新打开cmd发现确实快了。
也有说:
修改condarc配置文件,

#2、删除部分内容
## 主要是删除此行: - defaults
#修改后配置文件的内容如下:
vim ~/.condarc
channels:
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
show_channel_urls: true
————————————————
 原文链接:https://blog.csdn.net/ada0915/article/details/78529877

 
 

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