• 参考地址:

    https://www.biostars.org/p/56246/

    -q INT only include reads with mapping quality >= INT [0]

    Like for getting the unique reads (a single read mapping at one best position)

    命令如下,也有文献报告使用的-q 2
samtools view -bq 1 file.bam > unique.bam

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