GEO/SRA数据库

从NCNI的这个站点(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/faspftp/)可以看出,sra原始的reads数据是在sra/sra-instant/下的,该目录下的analysis是分析结果文件

reads目录下,又分为ByExp,ByRun和ByStudy三个目录,每个目录下都有sra子目录,而且又分为三个子目录,所以从这里找sra文件是非常繁琐的。不如从GEO主页上直接搜索编号。
GEO/SRA数据库的更多相关文章
- NCBI SRA数据库使用详解
转:https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下载SRA http://ww ...
- NCBI SRA数据库
简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和D ...
- 2021-2-3-利用anaconda+prefetch+aspera从NCBI的SRA数据库中下载原始测序数据
目录 1.Conda连接不上镜像源问题 2. aspera不能再独立使用 3.使用prefetch搭配aspera 4. prefetch下载方法 记录下下载过程,为自己和后人避坑. 1.Conda连 ...
- 上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库
SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一 ...
- GEO(Gene Expression Omnibus):高通量基因表达数据库
Gene Expression Omnibus(GEO)是一个公共存储库,可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列,新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据. 除数据存储外,还提供一系列基于Web ...
- 生物数据库介绍——NCBI
NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCB ...
- FusionCancer-人类癌症相关的融合基因的数据库
RNA-seq 测序可以用于融合基因的发现,在过去的十几年里,RNA-seq 测序数据不断增加,发现的融合基因的数据也不断增加: FusionCancer 是一个人类癌症相关的融合基因的数据库,利用N ...
- 用R包来下载sra数据
1)介绍 我们用SRAdb library来对SRA数据进行处理. SRAdb 可以更方便更快的接入 metadata associated with submission, 包括study, sa ...
- NCBI SRA数据预处理
SRA数据的的处理流程大概如下 一.SRA数据下载. NCBI 上存储的数据现在大都存储为SRA格式. 下载以后就是以SRA为后缀名. 这里可以通过三种方式下载SRA格式的数据. 1.通过http方式 ...
随机推荐
- checkstyle+ant生成checkstyle报告
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?> <project name="tibim" ...
- [Android Studio] 取消引用库打包出现异常-- provided dependencies can only be jars
Warning: Project App: provided dependencies can only be jars. com.android.support:appcompat-v7:22.2. ...
- Cacti监控Redis实现过程
Cacti是一套基于PHP,MySQL,SNMP及RRDTool开发的网络流量监測图形分析工具.被广泛的用于对server的运维监控中,Cacti提供了一种插件式的管理.仅仅要按要求写好特定的模板,那 ...
- C中多线程开发
1 引言 线程(thread)技术早在60年代就被提出,但真正应用多线程到操作系统中去,是在80年代中期.solaris是这方面的佼佼者.传统的 Unix也支持线程的概念,可是在一个进程(proce ...
- JavaScript你所不知道的困惑(1)
困惑一: 先看一个样例: function test(){ message = "hi"; } test(); alert(message); 会输出字符串"hi&quo ...
- js jquery验证上传文件的格式和大小
// 验证附件格式和大小 function confirmData() { var flag = true; var message = ""; var errorSize = & ...
- linux用于文件解压缩的命令
1 gzip gzip -<压缩率> 压缩率用数字(1-9)来表示,越大,则压缩率越大. 2 bz2 解压bz2 bzip2 -d filename.bz2
- 扩展欧几里得模板&逆元求法
拓展欧几里得: 当 gcd ( a , b )= d 时,求绝对值和最小的 x , y 使得 x * a + y * b = d : d = gcd ( a , b ) = gcd ( b , a m ...
- 类型配置命名空间 —— XML schema
对于基于 XML 的配置,Spring 2.0 以后告别 DTD 格式(Document Type Definition)的配置文件,开始采用 Schema 格式,Schema 的突出亮点即是可让不同 ...
- ModuleNotFoundError: No module named 'PIL'
错误:ModuleNotFoundError: No module named 'PIL' 解决办法: pip install Pillow