GEO/SRA数据库
从NCNI的这个站点(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/faspftp/)可以看出,sra原始的reads数据是在sra/sra-instant/下的,该目录下的analysis是分析结果文件
reads目录下,又分为ByExp,ByRun和ByStudy三个目录,每个目录下都有sra子目录,而且又分为三个子目录,所以从这里找sra文件是非常繁琐的。不如从GEO主页上直接搜索编号。
GEO/SRA数据库的更多相关文章
- NCBI SRA数据库使用详解
转:https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下载SRA http://ww ...
- NCBI SRA数据库
简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和D ...
- 2021-2-3-利用anaconda+prefetch+aspera从NCBI的SRA数据库中下载原始测序数据
目录 1.Conda连接不上镜像源问题 2. aspera不能再独立使用 3.使用prefetch搭配aspera 4. prefetch下载方法 记录下下载过程,为自己和后人避坑. 1.Conda连 ...
- 上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库
SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一 ...
- GEO(Gene Expression Omnibus):高通量基因表达数据库
Gene Expression Omnibus(GEO)是一个公共存储库,可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列,新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据. 除数据存储外,还提供一系列基于Web ...
- 生物数据库介绍——NCBI
NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCB ...
- FusionCancer-人类癌症相关的融合基因的数据库
RNA-seq 测序可以用于融合基因的发现,在过去的十几年里,RNA-seq 测序数据不断增加,发现的融合基因的数据也不断增加: FusionCancer 是一个人类癌症相关的融合基因的数据库,利用N ...
- 用R包来下载sra数据
1)介绍 我们用SRAdb library来对SRA数据进行处理. SRAdb 可以更方便更快的接入 metadata associated with submission, 包括study, sa ...
- NCBI SRA数据预处理
SRA数据的的处理流程大概如下 一.SRA数据下载. NCBI 上存储的数据现在大都存储为SRA格式. 下载以后就是以SRA为后缀名. 这里可以通过三种方式下载SRA格式的数据. 1.通过http方式 ...
随机推荐
- Java基础笔记(一)
本文主要是我在看<疯狂Java讲义>时的读书笔记,阅读的比较仓促,就用 markdown 写了个概要. 第一章 Java概述 Java SE:(Java Platform, Standar ...
- C++MFC编程笔记day01 MFC介绍、创建MFC程序和重写消息处理
一.MFC概念和作用 1.全称Microsoft Foundation Class Library,我们称为微软基础类库,封闭了绝大部分的win32 Api函数,C++语法中的数据结构,程序的运行流程 ...
- Django打造大型企业官网(二)
三.项目环境搭建 3.1.创建项目环境和安装包 创建django项目 mkvirtualenv DjangoProject workon DjangoProject pip install -i ht ...
- 通过uri呼起本地app
1.在Android本地app清单文件里配置 <activity android:name="com.mdj.ui.WelcomeActivity" android:scre ...
- 操作系统学习笔记:CPU调度
CPU调度的目的在于提高CPU利用率,不让CPU闲着.CPU是宝贵的资源,如果有一个进程,本来在CPU中运行,忽然因为要使用IO资源,于是转而请求IO,这边CPU挂起,造成就绪队列中的其他进程等待,这 ...
- 【bzoj1787】&【bzoj1832】[Ahoi2008]Meet 紧急集合 & 聚会
bzoj1787就是bzoj1832 bzoj1832 空间和时间少了一些... 求三个结点到一个结点距离之和最小的结点以及距离和 求出两两lca,其中有两个相同,答案则为另一个 感觉就是一大暴力.. ...
- go4--break,continue + 标签
package main /* 指针 Go虽然保留了指针,但与其它编程语言不同的是,在Go当中不 支持指针运算以及”->”运算符,而直接采用”.”选择符来操作指针 目标对象的成员 操作符”&am ...
- window环境下在anconda中安装opencv
今日学习CNN神经网络,在用keras框架下搭建一个简单的模型的时候需要import cv2,我尝试了一下几种方法: 1. 在prompt输入 pip intall opencv-python 出现如 ...
- 4.9 Parser Generators
4.9 Parser Generators This section shows how a parser generator can be used to facilitate the constr ...
- python-----利用filecmp删除重复文件
以下代码素材自取:链接:https://pan.baidu.com/s/1fL17RjKyGjpvpeeUFONCaQ 提取码:zgiw # coding:utf-8 import os impor ...