GEO数据库
GEO数据库隶属于NCBI，是最大最全面的基因表达数据库，主要是芯片和转录组测序数据。除储存数据外，也提供一些数据挖掘工具，因此利用好这个数据库，没有实验，没有自己的数据也能发好文章！
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
 
SRA文件的存放

从NCNI的这个站点（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/faspftp/）可以看出，sra原始的reads数据是在sra/sra-instant/下的，该目录下的analysis是分析结果文件

reads目录下，又分为ByExp，ByRun和ByStudy三个目录，每个目录下都有sra子目录，而且又分为三个子目录，所以从这里找sra文件是非常繁琐的。不如从GEO主页上直接搜索编号。

GEO/SRA数据库的更多相关文章

  1. NCBI SRA数据库使用详解

    转:https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下载SRA http://ww ...

  2. NCBI SRA数据库

    简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和D ...

  3. 2021-2-3-利用anaconda+prefetch+aspera从NCBI的SRA数据库中下载原始测序数据

    目录 1.Conda连接不上镜像源问题 2. aspera不能再独立使用 3.使用prefetch搭配aspera 4. prefetch下载方法 记录下下载过程,为自己和后人避坑. 1.Conda连 ...

  4. 上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库

    SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一 ...

  5. GEO（Gene Expression Omnibus）：高通量基因表达数据库

    Gene Expression Omnibus(GEO)是一个公共存储库,可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列,新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据. 除数据存储外,还提供一系列基于Web ...

  6. 生物数据库介绍——NCBI

    NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCB ...

  7. FusionCancer-人类癌症相关的融合基因的数据库

    RNA-seq 测序可以用于融合基因的发现,在过去的十几年里,RNA-seq 测序数据不断增加,发现的融合基因的数据也不断增加: FusionCancer 是一个人类癌症相关的融合基因的数据库,利用N ...

  8. 用R包来下载sra数据

    1)介绍 我们用SRAdb library来对SRA数据进行处理. SRAdb 可以更方便更快的接入  metadata associated with submission, 包括study, sa ...

  9. NCBI SRA数据预处理

    SRA数据的的处理流程大概如下 一.SRA数据下载. NCBI 上存储的数据现在大都存储为SRA格式. 下载以后就是以SRA为后缀名. 这里可以通过三种方式下载SRA格式的数据. 1.通过http方式 ...

随机推荐

  1. checkstyle+ant生成checkstyle报告

    <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?> <project name="tibim" ...

  2. [Android Studio] 取消引用库打包出现异常-- provided dependencies can only be jars

    Warning: Project App: provided dependencies can only be jars. com.android.support:appcompat-v7:22.2. ...

  3. Cacti监控Redis实现过程

    Cacti是一套基于PHP,MySQL,SNMP及RRDTool开发的网络流量监測图形分析工具.被广泛的用于对server的运维监控中,Cacti提供了一种插件式的管理.仅仅要按要求写好特定的模板,那 ...

  4. C中多线程开发

    1 引言  线程(thread)技术早在60年代就被提出,但真正应用多线程到操作系统中去,是在80年代中期.solaris是这方面的佼佼者.传统的 Unix也支持线程的概念,可是在一个进程(proce ...

  5. JavaScript你所不知道的困惑（1）

    困惑一: 先看一个样例: function test(){ message = "hi"; } test(); alert(message); 会输出字符串"hi&quo ...

  6. js jquery验证上传文件的格式和大小

    // 验证附件格式和大小 function confirmData() { var flag = true; var message = ""; var errorSize = & ...

  7. linux用于文件解压缩的命令

    1 gzip gzip -<压缩率> 压缩率用数字(1-9)来表示,越大,则压缩率越大. 2 bz2 解压bz2 bzip2 -d filename.bz2

  8. 扩展欧几里得模板&逆元求法

    拓展欧几里得: 当 gcd ( a , b )= d 时,求绝对值和最小的 x , y 使得 x * a + y * b = d : d = gcd ( a , b ) = gcd ( b , a m ...

  9. 类型配置命名空间 —— XML schema

    对于基于 XML 的配置,Spring 2.0 以后告别 DTD 格式(Document Type Definition)的配置文件,开始采用 Schema 格式,Schema 的突出亮点即是可让不同 ...

  10. ModuleNotFoundError: No module named 'PIL'

    错误:ModuleNotFoundError: No module named 'PIL' 解决办法: pip install Pillow