GEO/SRA数据库
从NCNI的这个站点(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/faspftp/)可以看出,sra原始的reads数据是在sra/sra-instant/下的,该目录下的analysis是分析结果文件
reads目录下,又分为ByExp,ByRun和ByStudy三个目录,每个目录下都有sra子目录,而且又分为三个子目录,所以从这里找sra文件是非常繁琐的。不如从GEO主页上直接搜索编号。
GEO/SRA数据库的更多相关文章
- NCBI SRA数据库使用详解
转:https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下载SRA http://ww ...
- NCBI SRA数据库
简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和D ...
- 2021-2-3-利用anaconda+prefetch+aspera从NCBI的SRA数据库中下载原始测序数据
目录 1.Conda连接不上镜像源问题 2. aspera不能再独立使用 3.使用prefetch搭配aspera 4. prefetch下载方法 记录下下载过程,为自己和后人避坑. 1.Conda连 ...
- 上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库
SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一 ...
- GEO(Gene Expression Omnibus):高通量基因表达数据库
Gene Expression Omnibus(GEO)是一个公共存储库,可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列,新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据. 除数据存储外,还提供一系列基于Web ...
- 生物数据库介绍——NCBI
NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCB ...
- FusionCancer-人类癌症相关的融合基因的数据库
RNA-seq 测序可以用于融合基因的发现,在过去的十几年里,RNA-seq 测序数据不断增加,发现的融合基因的数据也不断增加: FusionCancer 是一个人类癌症相关的融合基因的数据库,利用N ...
- 用R包来下载sra数据
1)介绍 我们用SRAdb library来对SRA数据进行处理. SRAdb 可以更方便更快的接入 metadata associated with submission, 包括study, sa ...
- NCBI SRA数据预处理
SRA数据的的处理流程大概如下 一.SRA数据下载. NCBI 上存储的数据现在大都存储为SRA格式. 下载以后就是以SRA为后缀名. 这里可以通过三种方式下载SRA格式的数据. 1.通过http方式 ...
随机推荐
- nlssort排序
ALTER SESSION SET NLS_SORT=''; 排序影响整个会话 Oracle9i之前,中文是按照二进制编码进行排序的. 在oracle9i中新增了按照拼音.部首.笔画排序功能.设置NL ...
- Eclipse插件开发中的选择监听机制(Selection Provider-Listener)
Eclipse插件开发中的选择监听机制(Selection Provider-Listener) 监听机制是eclipse插件开发或rcp应用开发中经常使用的技术,比方点击TableViewer或Tr ...
- iOS开发----iOS 8的虚化效果
在iOS 7中,一个重大的改变就是随处可见的虚化,这在通知中心和控制中心表现得尤为抢眼: 然而,当开发人员们着手去将类似的模糊效果增加自己的App的时候,他们会发现有相当严重的障碍. 那时苹果所界定的 ...
- 同一台机子 打开两个tomcat
由于项目測试须要.须要在机子上单独搭建一个图片server,所以就要同一时候打开两个tomcat,这里记录方法. 1. 首先复制一个新的tomcat程序: 2.在新的tomcat程序中改动server ...
- 简单脱壳教程笔记(7)---手脱PECompact2.X壳
本笔记是针对ximo早期发的脱壳基础视频教程.整理的笔记.本笔记用到的工具下载地址: http://download.csdn.net/detail/obuyiseng/9466056 简单介绍: F ...
- go2基本类型
/* Go基本类型 布尔型:bool - 长度:1字节 - 取值范围:true, false - 注意事项:不可以用数字代表true或false 整型:int/uint - 根据运行平台可能为32或6 ...
- iOS开发-多台机器共用证书问题
今天又被证书的问题卡壳了: 在公司的电脑上申请的开发.发布证书,回家用自己的电脑从苹果开发者中心上将证书和配置文件都下载下来提示用不了,弄了很久才想起.p12文件,必须从申请证书的电脑上导出,导入到自 ...
- Hadoop安装—— WARN util.NativeCodeLoader: Unable to load native-hadoop library for your platf
今天在安装hadoop完成测试创建用户目录失败在网上找到了原因记录一下原文地址 http://blog.csdn.net/l1028386804/article/details/51538611 配置 ...
- 杂项-Java:JeePlus
ylbtech-杂项-Java:JeePlus 一个集成了代码生成器的java快速开发框架 1. 介绍返回顶部 1. 响应式开发 JeePlus采用了目前极为流行的扁平化响应式的设计风格,UI框架使用 ...
- JSP共享范围
概念:对象的声明周期和可访问性称为作用域(scope). 注:有时候内置对象的作用域一旦设置就不能修改,其他对象(如JavaBean)可以设置他的作用域 作用域类型: Page:页面域(对象只对于它所 ...