GEO数据库
GEO数据库隶属于NCBI,是最大最全面的基因表达数据库,主要是芯片和转录组测序数据。除储存数据外,也提供一些数据挖掘工具,因此利用好这个数据库,没有实验,没有自己的数据也能发好文章!
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
 
SRA文件的存放

从NCNI的这个站点(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/faspftp/)可以看出,sra原始的reads数据是在sra/sra-instant/下的,该目录下的analysis是分析结果文件

reads目录下,又分为ByExp,ByRun和ByStudy三个目录,每个目录下都有sra子目录,而且又分为三个子目录,所以从这里找sra文件是非常繁琐的。不如从GEO主页上直接搜索编号。

GEO/SRA数据库的更多相关文章

  1. NCBI SRA数据库使用详解

    转:https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下载SRA http://ww ...

  2. NCBI SRA数据库

    简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和D ...

  3. 2021-2-3-利用anaconda+prefetch+aspera从NCBI的SRA数据库中下载原始测序数据

    目录 1.Conda连接不上镜像源问题 2. aspera不能再独立使用 3.使用prefetch搭配aspera 4. prefetch下载方法 记录下下载过程,为自己和后人避坑. 1.Conda连 ...

  4. 上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库

    SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一 ...

  5. GEO(Gene Expression Omnibus):高通量基因表达数据库

    Gene Expression Omnibus(GEO)是一个公共存储库,可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列,新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据. 除数据存储外,还提供一系列基于Web ...

  6. 生物数据库介绍——NCBI

    NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCB ...

  7. FusionCancer-人类癌症相关的融合基因的数据库

    RNA-seq 测序可以用于融合基因的发现,在过去的十几年里,RNA-seq 测序数据不断增加,发现的融合基因的数据也不断增加: FusionCancer 是一个人类癌症相关的融合基因的数据库,利用N ...

  8. 用R包来下载sra数据

    1)介绍 我们用SRAdb library来对SRA数据进行处理. SRAdb 可以更方便更快的接入  metadata associated with submission, 包括study, sa ...

  9. NCBI SRA数据预处理

    SRA数据的的处理流程大概如下 一.SRA数据下载. NCBI 上存储的数据现在大都存储为SRA格式. 下载以后就是以SRA为后缀名. 这里可以通过三种方式下载SRA格式的数据. 1.通过http方式 ...

随机推荐

  1. js美化压缩工具Mark一下

    jscompress https://www.jscompress.cn/

  2. ubuntu14.04 的ibus不能卸载(安装fcitx输入法框架时可能有这个需求)。出现无system setting有用程序

    每年的ubuntu新版本号公布,都会吸引一大批热血青年. 关注越多也让ubuntu越来越好了. 使用ubuntu的人都会在安装系统之后马上安装顺手的输入法,也可能不会.看人. 安装输入法,对于中文输入 ...

  3. Python开发【第5节】【函数基础】

    1.函数 函数的本质就是功能的封装. 函数的作用 提升代码的重复利用率,避免重复开发相同代码 提高程序开发效率 便于程序维护 2.函数定义 def 函数名(参数): """ ...

  4. Android性能測试 一些适用于Android Studio的代码审查和性能測试工具

    导言: Android应用在CPU占用,内存消耗方面的性能指标是影响产品质量的重要因素,因为QQ管家,360手机助手等应用都提供直观的内存消耗,流量监控功能,致使用户比以往更加关注软件的性能,并以此进 ...

  5. google免费DNSserver好用不?

    中国的网络实在不行,网速一直就是令人诟病. 比韩日那是差太多了,可是相比非洲还是不错.可是这根本无法满足国人的上网需求.于是大家都想破了脑袋想提高网速.这不方法来了么? 笔者在网上找了几种方法关于怎样 ...

  6. c#实现播放器的集中方式

    http://www.cnblogs.com/iskyoole/archive/2012/03/25/2417181.html(原文链接地址) 一.使用vs自带的windows media play控 ...

  7. qq xxs

    qq xxs qq xxs 有很多举个简单例子 : QQ空间发段文章 带上 <script> 提交(document.cookie) 到 自己服务端获取 </script> 在 ...

  8. aarch64-linux-gnu交叉编译Qt4.7.3

    到 Qt 官网下载合适的 Qt 版本,地址:http://download.qt-project.org/archive/qt/ 1.环境搭建: 1.安装automake.libtool 和主机上的 ...

  9. HDU1851 A Simple Game

    一个关于SG的博弈游戏,对于某个堆有$M_i$和$L_i$,那么这个堆的SG值为 $$SG_i = M_i \%(L_i+1)$$ 为什么这道题的$SG$函数就是这样子的呢?四个字:手算打表!! $L ...

  10. ThinkAndroid框架

    ThinkAndroid简介 ThinkAndroid是一个免费的开源的.简易的.遵循Apache2开源协议发布的Android开发框架,其开发宗旨是简单.快速的进行 Android应用程序的开发,包 ...