GEO/SRA数据库
从NCNI的这个站点(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/faspftp/)可以看出,sra原始的reads数据是在sra/sra-instant/下的,该目录下的analysis是分析结果文件
reads目录下,又分为ByExp,ByRun和ByStudy三个目录,每个目录下都有sra子目录,而且又分为三个子目录,所以从这里找sra文件是非常繁琐的。不如从GEO主页上直接搜索编号。
GEO/SRA数据库的更多相关文章
- NCBI SRA数据库使用详解
转:https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下载SRA http://ww ...
- NCBI SRA数据库
简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和D ...
- 2021-2-3-利用anaconda+prefetch+aspera从NCBI的SRA数据库中下载原始测序数据
目录 1.Conda连接不上镜像源问题 2. aspera不能再独立使用 3.使用prefetch搭配aspera 4. prefetch下载方法 记录下下载过程,为自己和后人避坑. 1.Conda连 ...
- 上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库
SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一 ...
- GEO(Gene Expression Omnibus):高通量基因表达数据库
Gene Expression Omnibus(GEO)是一个公共存储库,可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列,新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据. 除数据存储外,还提供一系列基于Web ...
- 生物数据库介绍——NCBI
NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCB ...
- FusionCancer-人类癌症相关的融合基因的数据库
RNA-seq 测序可以用于融合基因的发现,在过去的十几年里,RNA-seq 测序数据不断增加,发现的融合基因的数据也不断增加: FusionCancer 是一个人类癌症相关的融合基因的数据库,利用N ...
- 用R包来下载sra数据
1)介绍 我们用SRAdb library来对SRA数据进行处理. SRAdb 可以更方便更快的接入 metadata associated with submission, 包括study, sa ...
- NCBI SRA数据预处理
SRA数据的的处理流程大概如下 一.SRA数据下载. NCBI 上存储的数据现在大都存储为SRA格式. 下载以后就是以SRA为后缀名. 这里可以通过三种方式下载SRA格式的数据. 1.通过http方式 ...
随机推荐
- AutoreleasePool 分析
前言 AutoreleasePool自己主动释放池,对于自己主动释放对象的作用怎样? 释放池中的自己主动释放对象什么时候会被释放? MRC环境下 场景1 NSString *string_var_ = ...
- POJ 1651 Multiplication Puzzle 区间dp(水
题目链接:id=1651">点击打开链 题意: 给定一个数组,每次能够选择内部的一个数 i 消除,获得的价值就是 a[i-1] * a[i] * a[i+1] 问最小价值 思路: dp ...
- IIS6下PHP配置(转载)
Windows 2003+IIS6+PHP5.4.10配置PHP支持空间的方法 (2013-01-10 16:48:56)标签: php it php环境 php配置 分类: PHP环境配置简介:一般 ...
- 【OI】指针线段树&指针
对于线段树,我们一般需要n*4的空间去存储线段树,然后有一种玄学操作是用指针来实现线段树. #include <inttypes.h> #include <algorithm> ...
- H264--1--编码原理以及I帧B帧P帧[4]
---------------------- 前言 ----------------------- H264是新一代的编码标准,以高压缩高质量和支持多种网络的流媒体传输著称,在编码方面,我理解的他的理 ...
- Android 通过USB查看kernel调试信息【转】
本文转载自:http://blog.csdn.net/lindonghai/article/details/51683644 前提:电脑已安装adb并可正常使用. 在调试Android驱动时,需要查看 ...
- Python print 输出不换行,只有空格
for x in open("/home/soyo/桌面/中期内容/6.txt"): print x, ,,,]: print x, #print 输出没有换行,只有空格 结果: ...
- 26.Extjs 部门列表信息展示页面
/** * @author sux * @time 2011-1-14 * @desc 部门信息显示 */ deptInfoGridPanel = Ext.extend(Ext.grid.Editor ...
- 采用jq链(end方法和andSelf()方法)
end()方法: <style type="text/css"> .m1{background:#09C;} .m2{border:1px solid #000;} & ...
- openssh常用命令记录
command description date ssh [user@]hostname[:port] 登录远程机器 2017-03-21 scp <local_file> <use ...