基因组里的小写字母的序列就是soft masking，也就是被标记的重复序列。

怎么把重复序列提取出来，保存为bed文件？

参考：Uppercase vs lowercase letters in reference genome

genome repeat sequence | 基因组重复序列的更多相关文章

  1. 全基因组测序 Whole Genome Sequencing

    全基因组测序 Whole Genome Sequencing 全基因组测序(Whole Genome Sequencing,WGS)是利用高通量测序平台对一种生物的基因组中的全部基因进行测序,测定其 ...

  2. 使用BRAKER2进行基因组注释

    来自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程,能够组合GeneMark,AUGUSTUS和转 ...

  3. CRISPR/Cas9|InParanoid|orthoMCL|PanOCT|pan genome|meta genome|Core gene|CVTree3|

    生命组学: 泛基因组学:用于描述一个物种基因组,据细菌基因组动力学,因为细菌的基因漂移使得各个细菌之间的基因组差异很大,(单个细菌之间的基因组差异是以基因为单位的gain&loss,而人类基因 ...

  4. RepeatModeler安装及使用

    如果进行重复序列的预测,则使用RepeatModeler,可自身比对进行查找 安装 (1)下载地址:http://www.repeatmasker.org/RepeatModeler/ (2)Repe ...

  5. blast 数据库说明

    Peptide Sequence Databases蛋白序列的数据库 nrAll non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + ...

  6. metagenome 简介

    宏基因组 ( Metagenome)(也称微生物环境基因组 Microbial Environmental Genome, 或元基因组) .是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词, ...

  7. 生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）

    想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没 ...

  8. RFC 2327--SDP

    Network Working Group M. Handley Request for Comments: 2327 V. Jacobson Category: Standards Track IS ...

  9. 排列组合相关算法 python

    获取指定长度得全部序列 通过事件来表述这个序列,即n重伯努利实验(二项分布)的全部可能结果.比如时间a表示为: a = [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9], 假设每次实验为从 ...

随机推荐

  1. Python3 tkinter基础 Label compound 图片上显示文字 fg字体颜色 font字体大小

             Python : 3.7.0          OS : Ubuntu 18.04.1 LTS         IDE : PyCharm 2018.2.4       Conda ...

  2. Python3 tkinter基础 Entry state 不可写 不可选 不可复制的输入框

             Python : 3.7.0          OS : Ubuntu 18.04.1 LTS         IDE : PyCharm 2018.2.4       Conda ...

  3. debian下如何源码安装tmux

    一.源码安装ncurses库 1.1 获取源码 wget https://invisible-island.net/datafiles/release/ncurses.tar.gz tar xvf n ...

  4. noip模拟【noname】

    noname [问题描述] 给定一个长度为n的正整数序列,你的任务就是求出至少需要修改序列中的多少个数才能使得该数列成为一个严格(即不允许相等)单调递增的正整数序列,对序列中的任意一个数,你都可以将其 ...

  5. 远程调试Spring项目

    目录 服务端启动: 启动jar包: 使用环境变量参数调试jar包: 使用mvnDebug启动SpringMVC项目: 使用mvn启动: 使用Tomcat,非嵌入式启动: 客户端设置: IDEA设置: ...

  6. Trimmomatic过滤Illumina低质量序列

    1. 下载安装 直接去官网下载二进制软件,解压后的trimmomatic-0.36.jar即为我们需要的软件 官网: http://www.usadellab.org/cms/index.php?pa ...

  7. HDU 4918 Query on the subtree（动态点分治+树状数组）

    题意 给定一棵 \(n\) 个节点的树,每个节点有点权.完成 \(q\) 个操作--操作分两种:修改点 \(x\) 的点权.查询与 \(x\) 距离小于等于 \(d\) 的权值总和. \(1 \leq ...

  8. idea 常用设置初始化

    1.idea中mybatis关联到mapper.xml文件 2.idea热部署设置 3.IDEA Properties中文unicode转码问题

  9. 【Python】【有趣的模块】【Requests】session & cookie

    保存http请求的状态(请求的上下文) [区别&联系] 1. cookie保存在客户端的浏览器,比如标识是哪个请求者.购物车应用等 session保存在服务端,http连接时无则创建,有则用现 ...

  10. 关于PS抠图的各种方法 有这个就可以去面试了！！！加油！！！

    今天和大家说说关于PS抠图的方法 高手也就如此  你值得拥有!!好了 废话不多说 下面进入正题 首先:我们得分析所给的图 然后运用不同的方法,当然也可以相互灵活运用 1:不抠图 2:万能抠图方法:快速 ...