genome repeat sequence | 基因组重复序列
基因组里的小写字母的序列就是soft masking,也就是被标记的重复序列。
怎么把重复序列提取出来,保存为bed文件?
参考:Uppercase vs lowercase letters in reference genome
genome repeat sequence | 基因组重复序列的更多相关文章
- 全基因组测序 Whole Genome Sequencing
全基因组测序 Whole Genome Sequencing 全基因组测序(Whole Genome Sequencing,WGS)是利用高通量测序平台对一种生物的基因组中的全部基因进行测序,测定其 ...
- 使用BRAKER2进行基因组注释
来自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程,能够组合GeneMark,AUGUSTUS和转 ...
- CRISPR/Cas9|InParanoid|orthoMCL|PanOCT|pan genome|meta genome|Core gene|CVTree3|
生命组学: 泛基因组学:用于描述一个物种基因组,据细菌基因组动力学,因为细菌的基因漂移使得各个细菌之间的基因组差异很大,(单个细菌之间的基因组差异是以基因为单位的gain&loss,而人类基因 ...
- RepeatModeler安装及使用
如果进行重复序列的预测,则使用RepeatModeler,可自身比对进行查找 安装 (1)下载地址:http://www.repeatmasker.org/RepeatModeler/ (2)Repe ...
- blast 数据库说明
Peptide Sequence Databases蛋白序列的数据库 nrAll non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + ...
- metagenome 简介
宏基因组 ( Metagenome)(也称微生物环境基因组 Microbial Environmental Genome, 或元基因组) .是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词, ...
- 生物信息大数据&数据库(NCBI、EBI、UCSC、TCGA)
想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没 ...
- RFC 2327--SDP
Network Working Group M. Handley Request for Comments: 2327 V. Jacobson Category: Standards Track IS ...
- 排列组合相关算法 python
获取指定长度得全部序列 通过事件来表述这个序列,即n重伯努利实验(二项分布)的全部可能结果.比如时间a表示为: a = [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9], 假设每次实验为从 ...
随机推荐
- STM32之独立看门狗(IWDG)与窗口看门狗(WWDG)总结
一.独立看门狗 STM32 的独立看门狗由内部专门的 40Khz 低速时钟驱动,即使主时钟发生故障,它也仍然有效. 看门狗的原理:单片机系统在外界的干扰下会出现程序跑飞的现象导致出现死循环,看门狗电路 ...
- 动态规划之139 Word Break
题目链接:https://leetcode-cn.com/problems/word-break/ 参考链接:https://blog.csdn.net/c_flybird/article/detai ...
- java 动态代理总结
首先:定义一个接口// 只能是一个接口 例: package DongTai; public interface dongtai { public void show(); } 接着:定义一个被代理类 ...
- route 工具
route工具 route工具主要用来查看或修改内核路由表 查看内核路由表 route [-nee] 参数说明: -n:不要使用协议或主机名称,直接使用 IP 或 port number:-ee:使用 ...
- 三星sm865
目录 样张 SSD-Z: CrystalDiskInfo: CrystalDiskMark: AS-SSD Benchmark: 颗粒检查: 扇区信息: HD Tune Pro: 三星Magician ...
- docker版本升级
docker的版本变化: Docker从1.13.x版本开始,版本分为企业版EE和社区版CE,版本号也改为按照时间线来发布,比如17.03就是2017年3月,有点类似于ubuntu的版本发布方式. 企 ...
- UVA 10382 Watering Grass(区间覆盖,贪心)题解
题意:有一块草坪,这块草坪长l 米,宽 w 米,草坪有一些喷头,每个喷头在横坐标为 p 处,每个喷头的纵坐标都是(w/2) ,并且喷头的洒水范围是一个以喷头为圆心,半径为 r 米的圆.每次最少需要打开 ...
- 题解——洛谷P2734 游戏A Game 题解(区间DP)
题面 题目背景 有如下一个双人游戏:N(2 <= N <= 100)个正整数的序列放在一个游戏平台上,游戏由玩家1开始,两人轮流从序列的任意一端取一个数,取数后该数字被去掉并累加到本玩家的 ...
- 【C#】C#学习笔记_1
C#的程序入口为某一个类里面的static void Main(string[] args){}方法,如果一个工程有多个Main方法,那么需要在工程配置中选择一个作为程序入口. C#的输入.输出操作在 ...
- Bytom移动端钱包SDK开发基础
比原项目仓库: Github地址:https://github.com/Bytom/bytom Gitee地址:https://gitee.com/BytomBlockchain/bytom Byto ...