linpe包-让发送和接收数据分析更快和更容易

1.简介

通常在R中从来进行分析和展现的数据都是以基本的格式保存的，如.csv或者.Rdata，然后使用.Rmd文件来进行分析的呈现。通过这个方式，分析师不仅可以呈现他们的统计分析的结果，还可以直接生成pdf和html文件，节省了大量的时间。但是，当你想要给其他人参阅你的文档的时候，你就需要编译.Rmd文件，并且必须要有以下两个文件：

the data
the knitted .Rmd

如果可以嵌入分析到数据中并且只需发送一个文件，则会让人感到非常更加简单。而linpe包（作者：Andrea Spanò）实现了该功能，其实现功能描述如下：

简而言之，linpe包为您提供了一套简介的功能，你可以将.Rmd分析作为一个属性嵌入到数据中，然后将结果存为一个对象到一个单一的文件中，发送该文件给需要的用户，该用户可以使用该文件将.Rmd渲染为.pdf或者.html文件。此外，如果接受该文件的人想添加或修改内容，linpe包允许提取并且可以编辑.Rmd文件。

2.如何使用？

2.1创建.Rmd文件

首先，假设您完成了一个分析并且存为.Rmd文件，例如下面的test-linpe.Rmd文件：

---
title: "Test linpe"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

```{r, message = FALSE}
require(dplyr)
require(ggplot2)
```

Do something

```{r}
mtcars %>%
tbl_df() %>%
group_by(cyl) %>%
summarise(n = n(), mean_mpg = mean(mpg), sd_mpg = sd(mpg))
```

Plot something

```{r}
ggplot(mtcars, aes(disp, mpg)) + geom_point()
```

其显示为HTML文件后为：

2.2安装linpe包

library(devtools)
devtools::install_github('quantide/linpe')
library(linpe)

2.3链接数据

require(linpe)
# Link .Rmd to the data using linpe
mtcars_linpe <- link(mtcars, file = "test-linpe.Rmd")

2.4存储为.Rdata文件

# Save the linked dataset as an Rdata file
save(mtcars_linpe, file = "mtcars-linpe.Rdata" )

2.5加载.Rdata文件

# Reload
load("mtcars-linpe.Rdata")

2.6查询是否为linked数据的linpe对象

# Check name of linpes
linpe(mtcars_linpe)

##########################
## Output
##########################

# [1] "test-linpe"

2.7渲染linpe对象

# Render the linpe
perform(mtcars_linpe, linpe = "test-linpe")

2.8提取可编辑的原始.Rmd文件

# Display .Rmd linked to the linpe
display(mtcars_linpe, linpe = "test-linpe")

2.9从data.frame中移除linpe属性

mtcars_linpe <- unlink (mtcars_linpe, linpe = "test-linpe")
linpe(mtcars_linpe)

##########################
## Output
##########################

# No limpe in mtcars_linpe
# character(0)

3.linpe包函数介绍

link

link(data, file, linpe = NULL)

data    一个数据框对象指.Rmd文件中使用的数据集
file    字符串向量，指向一个.Rmd文件位置
linpe   字符串向量，提供了linpe（分析）的名称，当没有指定的话，使用默认值设置为NULL，则该linpe名称由file参数指定的文件名推导出，即去掉文件类型后缀(.Rmd)

示例：

file <- paste(find.package("linpe"), "rmd/test-linpe.rmd", sep = "/")
# analysis is saved with default name
mtcars_linpe <- link (mtcars, file = file)
attr(mtcars_linpe, "test-linpe")

# analysis is saved with specific name
mtcars_linpe <- link (mtcars, file, linpe = "this-linpe")
attr(mtcars_linpe, "this-linpe")

unlink

unlink(data, linpe)

data 一个数据框对象指.Rmd文件中使用的数据集
linpe 字符串向量，提供了linpe（分析）的名称

file <- paste(find.package("linpe"), "rmd/test-linpe.rmd", sep = "/")
mtcars_linpe <- link (mtcars, file = file)
linpe(mtcars_linpe)
mtcars_linpe <- unlink (mtcars_linpe, linpe = "test-linpe")
linpe(mtcars_linpe)

display

display(data, linpe)

data 一个数据框对象指.Rmd文件中使用的数据集
linpe 字符串向量，提供了linpe（分析）的名称

返回值：
invisible(NULL) and, as side effect, opens the '.rmd' linked to the linpe

示例：

data(mtcars_linpe)
display(mtcars_linpe, linpe = "test-linpe")

linpe

linpe(data)

data 一个数据框对象指.Rmd文件中使用的数据集

返回值：
list of linpes associated to data

示例：
data(mtcars_linpe)
linpe(mtcars_linpe)
linpe(mtcars)

perform

Perform(data, linpe, ...)

data   一个数据框对象指.Rmd文件中使用的数据集
linpe  字符串向量，提供了linpe（分析）的名称
...    any parameter to be passed to function rmarkdown::render

返回值：
invisible(NULL) and, as side effect, renders the '.rmd' file corrensponding to the analysis and display it in the default html viewer

示例：
data(mtcars_linpe)
perform(mtcars_linpe, "test-linpe")

4.英文原文

http://www.quantide.com/linpe-make-sending-receiving-data-analysis-faster-easier/