plink提取指定样本的数据(keep函数)
一、提取样本:
提取样本见命令行:
plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample
其中,sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID,第二列为Within-family ID(IID)
同样的,如果是去除样本,则用参数“--remove”
二、提取SNP位点
plink --bfile file --extract snp.txt --make-bed --out snp
其中,snp.txt的文件格式如下,一个SNP位点一行:
rs1
rs2
rs3
plink提取指定样本的数据(keep函数)的更多相关文章
- 字串符相关 split() 字串符分隔 substring() 提取字符串 substr()提取指定数目的字符 parseInt() 函数可解析一个字符串,并返回一个整数。
split() 方法将字符串分割为字符串数组,并返回此数组. stringObject.split(separator,limit) 我们将按照不同的方式来分割字符串: 使用指定符号分割字符串,代码如 ...
- 使用bcftools提取指定样本的vcf文件(extract specified samples in vcf format)
1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcft ...
- Sql Server函数全解<三>数据类型转换函数和文本图像函数
阅读目录 一:数据类型转换函数 二:文本和图像函数 一:数据类型转换函数 在同时处理不同数据类型的值时,SQL Server一般会自动进行隐士类型转换.对于数据类型相近的值是有效的,比如int和flo ...
- Sql Server函数全解(三)数据类型转换函数和文本图像函数
一:数据类型转换函数 在同时处理不同数据类型的值时,SQL Server一般会自动进行隐士类型转换.对于数据类型相近的值是有效的,比如int和float,但是对于其它数据类型,例如整型和字符类型,隐士 ...
- Jq_Ajax 操作函数跟JQuery 遍历函数跟JQuery数据操作函数
JQuery文档操作方法 jQuery 库拥有完整的 Ajax 兼容套件.其中的函数和方法允许我们在不刷新浏览器的情况下从服务器加载数据. 函数 ...
- 【summary】JQuery 相关css、ajax、数据操作函数或方法
总结一下JQuery常用的函数方法,更加系统的整理一下. JQuery遍历的一些函数: 函数 描述 .add() 将元素添加到匹配元素的集合中. .andSelf() 把堆栈中之前的元素集添加到当前集 ...
- R中的数据重塑函数
1.去除重复数据 函数:duplicated(x, incomparables = FALSE, MARGIN = 1,fromLast = FALSE, ...),返回一个布尔值向量,重复数据的第一 ...
- 孤荷凌寒自学python第四十八天通用同一数据库中复制数据表函数最终完成
孤荷凌寒自学python第四十八天通用同一数据库中复制数据表函数最终完成 (完整学习过程屏幕记录视频地址在文末) 今天继续建构自感觉用起来顺手些的自定义模块和类的代码. 今天经过反复折腾,最终基本上算 ...
- 孤荷凌寒自学python第四十七天通用跨数据库同一数据库中复制数据表函数
孤荷凌寒自学python第四十七天通用跨数据库同一数据库中复制数据表函数 (完整学习过程屏幕记录视频地址在文末) 今天继续建构自感觉用起来顺手些的自定义模块和类的代码. 今天打算完成的是通用的(至少目 ...
随机推荐
- 一个加载时带动画效果的ListBoxItem
今天我们来谈一下ListBoxItem这个控件,ListBoxItem是直接从ContentControl继承而来的,所以可以添加到任何具有Content属性的控件中去,常见的ListBoxItem可 ...
- Java线程的5种状态及切换(透彻讲解)-京东面试
一.Thread的几个重要方法: 我们先了解一下Thread的几个重要方法. a.start()方法,开始执行该线程:b.stop()方法,强制结束该线程执行:c.join方法,等待该线程结束.d.s ...
- Attention Model
参考1: https://blog.csdn.net/malefactor/article/details/50550211 attention部分实现: https://blog.csdn.net ...
- linux 依赖解决办法
在安装软件过程中如果出现依赖不满足,有两种情况: 1:你系统里面没有安装依赖软件,[但是你的软件源里面有这个软件,你只是没有安装], 这种情况很简单,通过 sudo apt-get install - ...
- gevent监测单线程下的io进行切换
from gevent import monkey;monkey.patch_all() import gevent import time def eat(name): print('%s eat ...
- luogu4187
P4187 [USACO18JAN]Stamp Painting 样例 input3 2 2output6 input6 10 5output190 sol:首先可以发现,对于合法的序列,只要有一串至 ...
- Tyche 2317 Color
题目大意:有三个人alice,bob,yazid,三种颜色red,blue,green,每个人对应一种颜色. [name] is [color]. Yazid会做以下操作: 1 将三个句子连在一起 2 ...
- 数据库管理 trove openstack
Trove是数据库即服务的OpenStack.它旨在完全基于OpenStack运行,其目标是允许用户快速轻松地利用关系数据库的功能,而无需处理复杂的管理任务.云用户和数据库管理员可以根据需要配置和管理 ...
- Codeforces Global Round 1 自闭记
A:签到. #include<iostream> #include<cstdio> #include<cmath> #include<cstdlib> ...
- 微信小程序——创建自己的第一个小程序【一】
注册 微信小程序注册 https://mp.weixin.qq.com/wxopen/waregister?action=step1 填写账号信息 作为登录帐号,请填写未被微信公众平台注册,未被 ...