plink提取指定样本的数据(keep函数)
一、提取样本:
提取样本见命令行:
plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample
其中,sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID,第二列为Within-family ID(IID)
同样的,如果是去除样本,则用参数“--remove”
二、提取SNP位点
plink --bfile file --extract snp.txt --make-bed --out snp
其中,snp.txt的文件格式如下,一个SNP位点一行:
rs1
rs2
rs3
plink提取指定样本的数据(keep函数)的更多相关文章
- 字串符相关 split() 字串符分隔 substring() 提取字符串 substr()提取指定数目的字符 parseInt() 函数可解析一个字符串,并返回一个整数。
split() 方法将字符串分割为字符串数组,并返回此数组. stringObject.split(separator,limit) 我们将按照不同的方式来分割字符串: 使用指定符号分割字符串,代码如 ...
- 使用bcftools提取指定样本的vcf文件(extract specified samples in vcf format)
1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcft ...
- Sql Server函数全解<三>数据类型转换函数和文本图像函数
阅读目录 一:数据类型转换函数 二:文本和图像函数 一:数据类型转换函数 在同时处理不同数据类型的值时,SQL Server一般会自动进行隐士类型转换.对于数据类型相近的值是有效的,比如int和flo ...
- Sql Server函数全解(三)数据类型转换函数和文本图像函数
一:数据类型转换函数 在同时处理不同数据类型的值时,SQL Server一般会自动进行隐士类型转换.对于数据类型相近的值是有效的,比如int和float,但是对于其它数据类型,例如整型和字符类型,隐士 ...
- Jq_Ajax 操作函数跟JQuery 遍历函数跟JQuery数据操作函数
JQuery文档操作方法 jQuery 库拥有完整的 Ajax 兼容套件.其中的函数和方法允许我们在不刷新浏览器的情况下从服务器加载数据. 函数 ...
- 【summary】JQuery 相关css、ajax、数据操作函数或方法
总结一下JQuery常用的函数方法,更加系统的整理一下. JQuery遍历的一些函数: 函数 描述 .add() 将元素添加到匹配元素的集合中. .andSelf() 把堆栈中之前的元素集添加到当前集 ...
- R中的数据重塑函数
1.去除重复数据 函数:duplicated(x, incomparables = FALSE, MARGIN = 1,fromLast = FALSE, ...),返回一个布尔值向量,重复数据的第一 ...
- 孤荷凌寒自学python第四十八天通用同一数据库中复制数据表函数最终完成
孤荷凌寒自学python第四十八天通用同一数据库中复制数据表函数最终完成 (完整学习过程屏幕记录视频地址在文末) 今天继续建构自感觉用起来顺手些的自定义模块和类的代码. 今天经过反复折腾,最终基本上算 ...
- 孤荷凌寒自学python第四十七天通用跨数据库同一数据库中复制数据表函数
孤荷凌寒自学python第四十七天通用跨数据库同一数据库中复制数据表函数 (完整学习过程屏幕记录视频地址在文末) 今天继续建构自感觉用起来顺手些的自定义模块和类的代码. 今天打算完成的是通用的(至少目 ...
随机推荐
- python之路--网络通信协议
一 . osi七层协议 互联网协议按照功能不同分为osi七层或tcp/ip五层或tcp/ip四层 二 . tcp三次握手和四次挥手 我们知道网络层,可以实现两个主机之间的通信.但是这并不具体,因为,真 ...
- 记录SSM框架项目迁移SpringBoot框架-----pom.xml的迁移
第一步:迁移pom.xml文件(去除spring相关的依赖) SSM中的pom: <project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0&q ...
- github & markdown & collapse & table
github & markdown collapse & table https://github.com/Microsoft/TypeScript/issues/30034 GitH ...
- 开机自动获取spark用户名和服务器
import os.path import getpass import platform import time username = getpass.getuser() #获取当前用户名 home ...
- oracle数据库备份和恢复
参考地址:https://www.cnblogs.com/1175429393wljblog/p/9529334.html Oracle数据导入导出imp/exp 在cmd的dos命令提示符下执行,而 ...
- Maven问题:Failure to transfer org.apache.maven
Maven报错:Failure to transfer org.apache.maven 在创建Maven项目时,经常会在pom.xml的第一行处报错,提示信息如下: Failure to trans ...
- DeepLearning网络设计总结
检测网络: 1. tiling层可以减少计算量,deconvolution相比tiling性能要好一些
- Visual Studio for Mac中的ASP.NET Core
所以你们都听到了#Build 2017的消息,Mac上的Visual Studio已经被完全发布,是一般的.为了庆祝这个版本,我将在我的Mac上写几篇关于构建一些不同的.net应用的帖子. 正如你已经 ...
- centOS7 下配置和启动maria数据库
从最新版本的linux系统开始,默认的是 Mariadb而不是mysql! 使用系统自带的repos安装很简单: yum install mariadb mariadb-server systemct ...
- hdu-1686(kmp)
题意:前面的都是废话...其实直接看输入要求和输出要求就可以了,就是给你两个字符串,问你第一个字符串在第二个字符串中出现几次: 解题思路:kmp... 代码: #include<iostream ...