plink提取指定样本的数据(keep函数)
一、提取样本:
提取样本见命令行:
plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample
其中,sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID,第二列为Within-family ID(IID)
同样的,如果是去除样本,则用参数“--remove”
二、提取SNP位点
plink --bfile file --extract snp.txt --make-bed --out snp
其中,snp.txt的文件格式如下,一个SNP位点一行:
rs1
rs2
rs3
plink提取指定样本的数据(keep函数)的更多相关文章
- 字串符相关 split() 字串符分隔 substring() 提取字符串 substr()提取指定数目的字符 parseInt() 函数可解析一个字符串,并返回一个整数。
split() 方法将字符串分割为字符串数组,并返回此数组. stringObject.split(separator,limit) 我们将按照不同的方式来分割字符串: 使用指定符号分割字符串,代码如 ...
- 使用bcftools提取指定样本的vcf文件(extract specified samples in vcf format)
1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcft ...
- Sql Server函数全解<三>数据类型转换函数和文本图像函数
阅读目录 一:数据类型转换函数 二:文本和图像函数 一:数据类型转换函数 在同时处理不同数据类型的值时,SQL Server一般会自动进行隐士类型转换.对于数据类型相近的值是有效的,比如int和flo ...
- Sql Server函数全解(三)数据类型转换函数和文本图像函数
一:数据类型转换函数 在同时处理不同数据类型的值时,SQL Server一般会自动进行隐士类型转换.对于数据类型相近的值是有效的,比如int和float,但是对于其它数据类型,例如整型和字符类型,隐士 ...
- Jq_Ajax 操作函数跟JQuery 遍历函数跟JQuery数据操作函数
JQuery文档操作方法 jQuery 库拥有完整的 Ajax 兼容套件.其中的函数和方法允许我们在不刷新浏览器的情况下从服务器加载数据. 函数 ...
- 【summary】JQuery 相关css、ajax、数据操作函数或方法
总结一下JQuery常用的函数方法,更加系统的整理一下. JQuery遍历的一些函数: 函数 描述 .add() 将元素添加到匹配元素的集合中. .andSelf() 把堆栈中之前的元素集添加到当前集 ...
- R中的数据重塑函数
1.去除重复数据 函数:duplicated(x, incomparables = FALSE, MARGIN = 1,fromLast = FALSE, ...),返回一个布尔值向量,重复数据的第一 ...
- 孤荷凌寒自学python第四十八天通用同一数据库中复制数据表函数最终完成
孤荷凌寒自学python第四十八天通用同一数据库中复制数据表函数最终完成 (完整学习过程屏幕记录视频地址在文末) 今天继续建构自感觉用起来顺手些的自定义模块和类的代码. 今天经过反复折腾,最终基本上算 ...
- 孤荷凌寒自学python第四十七天通用跨数据库同一数据库中复制数据表函数
孤荷凌寒自学python第四十七天通用跨数据库同一数据库中复制数据表函数 (完整学习过程屏幕记录视频地址在文末) 今天继续建构自感觉用起来顺手些的自定义模块和类的代码. 今天打算完成的是通用的(至少目 ...
随机推荐
- Socket构造但不连接
Socket socket = new Socket(); SocketAddress address = new InetSocketAddress("localhost",80 ...
- Guava Cache源码详解
目录 一.引子 二.使用方法 2.1 CacheBuilder有3种失效重载模式 2.2 测试验证 三.源码剖析 3.1 简介 3.2 源码剖析 四.总结 优点: 缺点: 正文 回到顶部 一.引子 缓 ...
- layui内部使用jQuery
layui是基于jQuery的框架,本身自带jQuery 根据官方推荐,是使用自带的好一点 这里记一下内部使用jQuery的方法: layui.use('jquery', function(){ va ...
- thymeleaf 简易使用范例
thymeleaf 范例: <!DOCTYPE html> <html lang="en" xmlns:th="http://www.w3.org/19 ...
- oracle ceil函数
ceil和floor函数在一些业务数据的时候,有时还是很有用的. ceil(n) 取大于等于数值n的最小整数: floor(n)取小于等于数值n的最大整数 如下例子 SQL> select ce ...
- C 语言----- 指针
指针是一个值为内存地址的变量, 指针的核心是它是一个变量, 只不过它是用来存放内存地址的, 所以在了解指针之前,先说一下什么是变量.变量就是在内存中开辟的一个空间.如int year, 就是在内存中开 ...
- JAVA web 使用有盟推送总结
仔细阅读文档,下边的都是废话. 为了省事,iOS和Android 提供了所有了参数,需要那个了修改传参. //ios actionURL为自定义参数 $.ajax({ type : "POS ...
- [离散时间信号处理学习笔记] 9. z变换性质
z变换描述 $x[n] \stackrel{\mathcal{Z}}{\longleftrightarrow}X(z) ,\quad ROC=R_x$ 序列$x[n]$经过z变换后得到复变函数$X(z ...
- 扫描某目录下的所有文件的MD5码并导出文件【可执行jar】
pom <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <project xmlns="http:// ...
- HDU 4256 翻译罗马数字
参考自:https://www.cnblogs.com/ECJTUACM-873284962/p/6414173.html The Famous Clock Time Limit: 2000/1000 ...