一、提取样本:

提取样本见命令行:

plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample

 其中,sampleID.txt第一列为提取的样本Family ID,第二列为Within-family ID(IID)

同样的,如果是去除样本,则用参数“--remove”

二、提取SNP位点

plink --bfile file --extract snp.txt --make-bed --out snp   

其中,snp.txt的文件格式如下,一个SNP位点一行:

rs1

rs2

rs3

plink提取指定样本的数据(keep函数)的更多相关文章

  1. 字串符相关 split() 字串符分隔 substring() 提取字符串 substr()提取指定数目的字符 parseInt() 函数可解析一个字符串,并返回一个整数。

    split() 方法将字符串分割为字符串数组,并返回此数组. stringObject.split(separator,limit) 我们将按照不同的方式来分割字符串: 使用指定符号分割字符串,代码如 ...

  2. 使用bcftools提取指定样本的vcf文件(extract specified samples in vcf format)

    1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcft ...

  3. Sql Server函数全解<三>数据类型转换函数和文本图像函数

    阅读目录 一:数据类型转换函数 二:文本和图像函数 一:数据类型转换函数 在同时处理不同数据类型的值时,SQL Server一般会自动进行隐士类型转换.对于数据类型相近的值是有效的,比如int和flo ...

  4. Sql Server函数全解(三)数据类型转换函数和文本图像函数

    一:数据类型转换函数 在同时处理不同数据类型的值时,SQL Server一般会自动进行隐士类型转换.对于数据类型相近的值是有效的,比如int和float,但是对于其它数据类型,例如整型和字符类型,隐士 ...

  5. Jq_Ajax 操作函数跟JQuery 遍历函数跟JQuery数据操作函数

    JQuery文档操作方法 jQuery 库拥有完整的 Ajax 兼容套件.其中的函数和方法允许我们在不刷新浏览器的情况下从服务器加载数据. 函数                             ...

  6. 【summary】JQuery 相关css、ajax、数据操作函数或方法

    总结一下JQuery常用的函数方法,更加系统的整理一下. JQuery遍历的一些函数: 函数 描述 .add() 将元素添加到匹配元素的集合中. .andSelf() 把堆栈中之前的元素集添加到当前集 ...

  7. R中的数据重塑函数

    1.去除重复数据 函数:duplicated(x, incomparables = FALSE, MARGIN = 1,fromLast = FALSE, ...),返回一个布尔值向量,重复数据的第一 ...

  8. 孤荷凌寒自学python第四十八天通用同一数据库中复制数据表函数最终完成

    孤荷凌寒自学python第四十八天通用同一数据库中复制数据表函数最终完成 (完整学习过程屏幕记录视频地址在文末) 今天继续建构自感觉用起来顺手些的自定义模块和类的代码. 今天经过反复折腾,最终基本上算 ...

  9. 孤荷凌寒自学python第四十七天通用跨数据库同一数据库中复制数据表函数

    孤荷凌寒自学python第四十七天通用跨数据库同一数据库中复制数据表函数 (完整学习过程屏幕记录视频地址在文末) 今天继续建构自感觉用起来顺手些的自定义模块和类的代码. 今天打算完成的是通用的(至少目 ...

随机推荐

  1. Spring JDBC模版以及三种数据库连接池的使用

    jar包版本有点乱,直接忽略版本号,将就一下. 这里引了aop包是因为在spring3版本之后用模版对数据库库操作时会出现问题,但是不会报错,也没有提示. 所以这里直接引入,以及之后会用到的DBCP与 ...

  2. python之range()函数、for-in循环和while循环

    range()函数和for-in循环 函数原型:range(start, end, scan): 参数含义:start:计数从start开始.默认是从0开始.例如range(5)等价于range(0, ...

  3. epoch、 iteration和batchsize区别

    转自: https://blog.csdn.net/qq_27923041/article/details/74927398 深度学习中经常看到epoch. iteration和batchsize,下 ...

  4. thinkphp视图中插入php代码

    性别: <?php if($item['sex'] == 1):?> 男 <?php else:?> 女 <?php endif;?> 错误:<?php ec ...

  5. @ControllerAdvice + @ExceptionHandler 全局处理 Controller 层异常==》记录

    对于与数据库相关的 Spring MVC 项目,我们通常会把 事务 配置在 Service层,当数据库操作失败时让 Service 层抛出运行时异常,Spring 事物管理器就会进行回滚. 如此一来, ...

  6. JAVA-Web 百度编辑器,修改默认大小

    百度UEditor富文本编辑器-设置默认字体.字号.行间距及添加字体种类 如果这个还不能改变大小了,找一下在文件夹UEditor--css--中default.css文件,搜索出红色部分: grid_ ...

  7. BZOJ3730震波——动态点分治+线段树(点分树套线段树)

    题目描述 在一片土地上有N个城市,通过N-1条无向边互相连接,形成一棵树的结构,相邻两个城市的距离为1,其中第i个城市的价值为value[i].不幸的是,这片土地常常发生地震,并且随着时代的发展,城市 ...

  8. JMeter——JMeter如何进行汉化

    1.找到bin目录下的jmeter.properties文件 2.打开找到第37行,打开注释并将language=en改为language=zh_CN 3.重启

  9. 大学jsp实验5request,response

    1.request对象的使用 (1)编写一个包含有表单的JSP页面form.jsp,其中包含可以输入姓名和出生地的文本框,提交表单后在另一个页面中显示用户提交的姓名和出生地.请写出相应代码: form ...

  10. centos安装php7.2环境

    centos安装php7.2环境 安装apache服务 yum -y install httpd 首先获取rpm: rpm -Uvh https://dl.fedoraproject.org/pub/ ...