OpenFoam+CFDEM+Liggghts安装耦合

这里安装的时间节点为：2018.10.29，安装的是目前的最新版本CFDEM，支持到与OpenFoam-5.x的耦合。

1. 先安装openfoam:
https://openfoam.org/download/source/
不算很难，安装这个官网程序走就行，主要需要注意的是源码一定要放在~目录下编译，如下

2. 再安装Liggghts:
https://www.cfdem.com/media/DEM/docu/Section_start.html
主要也是按照官网教程，下载完后直接make auto
这里需要注意两点，一是要在~目录下建立名为LIGGGHTS文件夹，然后把源码放在这个文件夹里编译（这一步最关键），
再一个是需要建立一个软链接：sudo ln -s $HOME/LIGGGHTS-PUBLIC/src/lmp_auto /usr/local/bin/liggghts（这一步不确定是否必要，但最好加上）

3. 安装CFDEM：
https://www.cfdem.com/media/CFDEM/docu/CFDEMcoupling_Manual.html#
一直到cfdemSysTest这一步都不难，测试这一步的时候看看几个critical的路径能不能找到，容易出问题的就是Liggghts没有放在上面说的LIGGGHTS文件夹里，如下：

还得下载lpp： sudo git clone https://github.com/CFDEMproject/LPP.git mylpp，注意下载到$HOME/LIGGGHTS文件夹下，因为bashrc中设置了这个路径，其实只要放置位置和bashrc中对应即可

然后开始编译CFDEM，可以直接cfdemCompCFDEMall，或者step by step编译：
cfdemCompLIG
cfdemCompCFDEMsrc
cfdemCompCFDEMsol
cfdemCompCFDEMuti
千万注意官网这里，后两个命令又typo，他们写成了：
cfdemCompCFDEmsol
cfdenCompCFDEMuti
按照官网写的会出现找不到命令的问题。见：https://www.cfdem.com/forums/cfdemcompcfdemsol-cfdencompcfdemuti

4. 运行测试
全部编译好以后可以测试一下，把~/CFDEM/CFDEMcoupling-PUBLIC-5.x/tutorials文件夹里拷贝一个案例文件夹到任意工作目录，例如cfdemSolverPiso这个案例
然后运行下面所示目录下的./Allrun.sh就能开始计算了。

ywj@DESKTOP-OD3RNEO:/mnt/e/CFD_wkdir/openfoam/CFDEM/cfdemSolverPiso/ErgunTestMPI$ ls
Allrun.sh DEM log_run_parallel_cfdemSolverPiso_ErgunTestMPI_CFDDEM parDEMrun.sh
CFD log_run_liggghts_init_DEM parCFDDEMrun.sh

5. 后处理
运行后生成CFD和DEM两个文件夹，一个放流场信息，一个放颗粒信息

由于这里是并行，所以CFD文件夹下有四个processor文件夹（processor0~processor3），每个文件夹下只存了四分之一网格信息，所以要把它们合并：
修改CFD\constant下couplingProperties文件关键字IOModel basicIO为IOModel off
然后命令行分别输入：
reconstructPar
foamToVTK
然后就能在CFD文件夹下生成对应时间的文件夹了，导入case.foam（手动创建的空文件）到paraview中，就能看到完整网格信息了

然后处理DEM下的文件，需要把dump文件转换为vtk格式，要用到lpp，这是一个python写的脚本，通过git clone到某个文件夹（这个步骤在3. 安装CFDEM中提到过），我这里直接放在~目录下
然后做一个alias：

alias lpp="python2 $HOME/mylpp/src/lpp.py"

这样，在DEM/post文件夹下运行lpp dump*.liggghts_run就把所有dump文件都转化为vtk了。如果出问题，接着下面步骤。

由于我的默认python版本为3.6，而此脚本文件为python2.7，所以我需要做一些修改：
安装pip

# . 更新系统包
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
# . 安装Pip
sudo apt-get install python-pip
# . 检查 pip 是否安装成功
pip -V

安装python2版本的numpy

python2 -m pip list 查看
python2 -m pip install --upgrade pip 更新
python2 -m pip install numpy 安装

然后修改
$HOME/mylpp/src/lpp.py脚本文件第一行为：

#!/usr/bin/env python2

改完之后再在DEM/post文件夹下运行命令：

lpp dump*.liggghts_run

就能把dump文件都转换为VTK格式了，然后导入paraview中即可，效果图：