多序列比对后可视化之texshade

一 ：准备工作

1）中文的 LaTeX - CTEX

2）LaTeX 的*.tex 的编辑工具-Texmarker

3）TEXshade宏包

二：安装

1） 直接双击运行下载的CTEX，安装过程中，可以不安装Ghostscript、GSview和WinEdt三个组件

2）双击安装Texmaker，直接下一步安装，点击“Close”完成

3）将解压texshade.zip

4） 在 Windows的 “开始”-运行中输入“cmd”，路径转到 TEXshade所在的目录下，此时输入“Latex texshade.ins”，回车，如果出现下图的信息，说明编译通过。

5）重复输入“Latex texshade.ins”再次编译，texshade.ins 编译2-3次后退出Windows命令行窗口，返回到TEXshade目录，此时比先前多了一些文件，这些是都编译生成的，如：AQPDNA.MSF 是比对的示例文件。

三：应用

很多人都会觉得这么漂亮的图肯定做出来很复杂，其实TEXShade需要的很简单，输出上面的结果其实也就是几分钟的事情，前提是需要你准备好需要展示的序列，记录好要标注的位置就OK！

例如：对于下面这个看似复杂的可视化结果，其实我们需要的代码很少，只需要5行代码就足够了！

上图对应的TEX代码：

第一行指定了我们的输入文件，通常是比对的结果文件
第二行是指定了TEXshade的显示模式，这里用根据 不同 functional groups的chemical properties标注颜色
第三行是表示只显示第一条序列（AQP1.PRO）138-170个碱基范围
第四号表示显示 legend
第五行表示代码结束

其实TEXshade能做的很多，要靠大家的想象，我一向认为，只要人能想得出，数据可视化就能做得到。

图像实例：