用以下命令修复：

bbrename.sh in1=read1.fq in2=read2.fq out1=renamed1.fq out2=renamed2.fq

　　bbrename.sh 下载地址网上自行搜索

对于多个fq文件，可以用以下命令：

while read line

do

      nohup bbrename.sh in=${line}_R1.fq in2=${line}_R2.fq out=${line}_R1.sh.fq out2=${line}_R2.sh.fq &

done < name.txt #####其中，name.txt指的是包含sample名字文件

　　

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