【AC自动机】【动态规划】poj3691 DNA repair
http://blog.csdn.net/kk303/article/details/6929641
http://blog.csdn.net/human_ck/article/details/6577142
建立AC自动机以后,把所有单词结点标记出来,不要忘记,如果某个结点虽然原本不是单词结点,但其fail指针指向了一个单词结点,那么其也需要被标记为单词结点。
然后对于每个空的儿子本来应该在Trie上跳跃,但是我们可以直接让空的儿子指向其父的fail的那个对应的儿子,就没必要跳了,这样可以不用重复计算。
具体怎么转移网上到处都有。
要说明的一点是,这个dp是你对于原串的每一个前缀,都考虑了其所对应的一切可能的“安全序列”,并且这个状态没有后效性,从而保证了dp的正确性。
#include<cstdio>
#include<cstring>
#include<queue>
using namespace std;
#define INF 2147483647
queue<int>q;
int child[1010][4],fail[1010],size,ma[1010],f[1010][1010],ans;
bool word[1010];
void Insert(char S[])
{
int len=strlen(S);
int now=0;
for(int i=0;i<len;++i)
{
if(!child[now][ma[S[i]]])
child[now][ma[S[i]]]=size++;
now=child[now][ma[S[i]]];
}
word[now]=1;
}
void build()
{
fail[0]=-1;
q.push(0);
while(!q.empty())
{
int U=q.front(); q.pop();
for(int i=0;i<4;++i)
if(child[U][i])
{
int V=fail[U];
while(V!=-1)
{
if(child[V][i])
{
fail[child[U][i]]=child[V][i];
break;
}
V=fail[V];
}
if(V==-1)
fail[child[U][i]]=0;
if(word[fail[child[U][i]]])
word[child[U][i]]=1;//如果某个单词是该结点所在单词的前缀,那么该结点也应被标记为单词结点
q.push(child[U][i]);
}
else if(U)
child[U][i]=child[fail[U]][i];//当然你在dp过程中在Trie上跳也行,但这样就避免了重复计算
//由于BFS,其实形成了一个类似链表的结构
}
}
void Init()
{
memset(child,0,sizeof(child));
memset(fail,0,sizeof(fail));
memset(word,0,sizeof(word));
size=1;
}
int T,n,m;
char s[1010];
int main()
{
//freopen("poj3691.in","r",stdin);
ma['A']=0; ma['G']=1; ma['C']=2; ma['T']=3;
while(1)
{
scanf("%d",&n);
if(!n)
break;
Init();
for(int i=1;i<=n;++i)
{
scanf("%s",s);
Insert(s);
}
build();
memset(f,0x7f,sizeof(f));
f[0][0]=0;
scanf("%s",s);
m=strlen(s);
for(int i=0;i<m;++i)
for(int j=0;j<size;++j)
for(int k=0;k<4;++k)
if(!word[child[j][k]])
f[i+1][child[j][k]]=min(f[i+1][child[j][k]],f[i][j]+(ma[s[i]]!=k));
ans=INF;
for(int i=0;i<size;++i)
ans=min(ans,f[m][i]);
printf("Case %d: %d\n",++T,ans<=1000 ? ans : (-1));
}
return 0;
}
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