【AC自动机】【动态规划】poj3691 DNA repair

http://blog.csdn.net/kk303/article/details/6929641

http://blog.csdn.net/human_ck/article/details/6577142

建立AC自动机以后，把所有单词结点标记出来，不要忘记，如果某个结点虽然原本不是单词结点，但其fail指针指向了一个单词结点，那么其也需要被标记为单词结点。

然后对于每个空的儿子本来应该在Trie上跳跃，但是我们可以直接让空的儿子指向其父的fail的那个对应的儿子，就没必要跳了，这样可以不用重复计算。

具体怎么转移网上到处都有。

要说明的一点是，这个dp是你对于原串的每一个前缀，都考虑了其所对应的一切可能的“安全序列”，并且这个状态没有后效性，从而保证了dp的正确性。

#include<cstdio>
#include<cstring>
#include<queue>
using namespace std;
#define INF 2147483647
queue<int>q;
int child[1010][4],fail[1010],size,ma[1010],f[1010][1010],ans;
bool word[1010];
void Insert(char S[])
{
	int len=strlen(S);
	int now=0;
	for(int i=0;i<len;++i)
	  {
	  	if(!child[now][ma[S[i]]])
	  	  child[now][ma[S[i]]]=size++;
	  	now=child[now][ma[S[i]]];
	  }
	word[now]=1;
}
void build()
{
	fail[0]=-1;
	q.push(0);
	while(!q.empty())
	  {
	  	int U=q.front(); q.pop();
	  	for(int i=0;i<4;++i)
	  	  if(child[U][i])
	  	    {
	  	      int V=fail[U];
	  	      while(V!=-1)
	  	        {
	  	          if(child[V][i])
	  	            {
	  	              fail[child[U][i]]=child[V][i];
	  	              break;
	  	            }
	  	          V=fail[V];
	  	        }
	  	      if(V==-1)
	  	        fail[child[U][i]]=0;
	  	      if(word[fail[child[U][i]]])
	  	        word[child[U][i]]=1;//如果某个单词是该结点所在单词的前缀，那么该结点也应被标记为单词结点
	  		  q.push(child[U][i]);
	  	    }
	  	  else if(U)
	  	    child[U][i]=child[fail[U]][i];//当然你在dp过程中在Trie上跳也行，但这样就避免了重复计算
			  //由于BFS，其实形成了一个类似链表的结构
	  }
}
void Init()
{
	memset(child,0,sizeof(child));
	memset(fail,0,sizeof(fail));
	memset(word,0,sizeof(word));
	size=1;
}
int T,n,m;
char s[1010];
int main()
{
	//freopen("poj3691.in","r",stdin);
	ma['A']=0; ma['G']=1; ma['C']=2; ma['T']=3;
	while(1)
	  {
	  	scanf("%d",&n);
	  	if(!n)
	  	  break;
	  	Init();
	  	for(int i=1;i<=n;++i)
	  	  {
	  	  	scanf("%s",s);
	  	  	Insert(s);
	  	  }
	  	build();
	  	memset(f,0x7f,sizeof(f));
	  	f[0][0]=0;
	  	scanf("%s",s);
	  	m=strlen(s);
	  	for(int i=0;i<m;++i)
	  	  for(int j=0;j<size;++j)
	  	    for(int k=0;k<4;++k)
	  	      if(!word[child[j][k]])
	  	        f[i+1][child[j][k]]=min(f[i+1][child[j][k]],f[i][j]+(ma[s[i]]!=k));
	  	ans=INF;
	  	for(int i=0;i<size;++i)
	  	  ans=min(ans,f[m][i]);
	  	printf("Case %d: %d\n",++T,ans<=1000 ? ans : (-1));
	  }
	return 0;
}