LocusZoom图几乎是GWAS文章的必备图形之一,其主要作用是可以快速可视化GWAS找出来的信号在基因组的具体信息:比如周围有没有高度连锁的位点,高度连锁的位点是否也显著。

下面是locuszoom的示例图:

下面具体讲讲如何实现Locuszoom的绘制

1、进入Locuszoom的主页

http://locuszoom.org/

2、进入Locuszoom的主页后,点击single plot

3、按如下图操作

第一步:上传关联分析结果的文件,plink格式的话是assoc.logistic或者assoc.linear。注意:这个文件必须是只含SNP位点的GWAS结果,要把协变量的结果去除掉。

第二步:选择P值所在列的名称,以Plink格式为例,P值所在列的名称为P,也可以点击右方的PLINK data

第三步:同第二步的设置,填写SNP所在的列的名称。

​4、指定展示的区域,三选一,可以是SNP,也可以是基因,也可以是区域。

5、选择你所研究的群体的基因组版本(hg18/hg19)

EUR表示欧洲,ASN表示亚洲,AMR表示美洲,AFR表示非洲。

6、最后,点击Plot data,然后就等着收图了。

GWAS后续分析:LocusZoom图的绘制的更多相关文章

  1. GWAS后续分析:多基因风险评分(Polygenic Risk Score)的计算

    一.什么是多基因风险评分 传统的GWAS研究只计算单个SNP位点与表型之间的关联性,再用Bonferroni校正,通过给定的阈值,筛选出显著的SNP位点. 这样会存在两个问题,第一.Bonferron ...

  2. 使用axes函数在matlab绘图中实现图中图的绘制

    使用axes函数在matlab绘图中实现图中图的绘制 有时为了对细节进行详细说明,需要在一个较大坐标轴上绘制一个小图来对局部进行放大以阐述结果. 这可以通过调用axes函数实现. 下面通过绘制 y=1 ...

  3. ASP.NET实现折线图的绘制

    用到.Net中绘图类,实现折线图的绘制,生成图片,在页面的显示,代码如下: /// <summary> /// 获取数据 /// strChartName:图名称: /// yName:纵 ...

  4. PHP图的绘制1

    最近在学习php图的绘制,写的代码放上来,供自己以后学习查看: <?php //*函数说明: //这个函数返回的是 // resource imagecreate ( int $x_size , ...

  5. Methods for follow-up research of exome analysis:外显子后续分析研究思路总结

    外显子后续分析研究思路一般有以下几种(Methods for follow-up research of exome analysis): 1.对突变频率.突变类型.突变方式进行统计分析 Mutati ...

  6. ArcGis For Silverlight API,地图显示Gis,绘制点,线,绘制图等--绘制点、线、圆,显示提示信息

    ArcGis For Silverlight API,地图显示Gis,绘制点,线,绘制图等--绘制点.线.圆,显示提示信息 /// <summary> /// 绘制界面上的点和线 ///  ...

  7. 软件项目技术点(9)——如何将gif动态图拆分绘制

    AxeSlide软件项目梳理   canvas绘图系列知识点整理 背景介绍 我们的软件支持插入gif图片,并且展示在软件里是动态的,例如插入下面这张gif图. 在软件里显示的同样是这样的动态效果: 那 ...

  8. 【Python环境】matplotlib - 2D 与 3D 图的绘制

    2015-10-30数据科学自媒体 类MATLAB API 最简单的入门是从类 MATLAB API 开始,它被设计成兼容 MATLAB 绘图函数. 让我们加载它: from pylab import ...

  9. pyhton中matplotlib箱线图的绘制(matplotlib双轴图、箱线图、散点图以及相关系数矩阵图))

    //2019.07.23 1.箱形图,又称为盒式图,一般可以很好地反映出数据分布的特征,也可以进行多项数据之间分布特征的比较,它主要包含五个基础数据:中位数,两个上下分位数以及上下边缘线数据 其中的一 ...

随机推荐

  1. Eclipse常用快捷键速记

    补充 15 个 Eclipse 常用开发快捷键使用技巧 1.alt+? 或 alt+/:自动补全代码或者提示代码 2.ctrl+o:快速outline视图 3.ctrl+shift+r:打开资源列表 ...

  2. flex页面布局练习--知乎

    采用flexbox弹性容器 在手机端进行页面布局 样本地址: http://tpl.zhuamimi.cn/%E6%89%8B%E6%9C%BA%E7%AB%AF%E9%A1%B5%E9%9D%A2- ...

  3. 《JavaScript高级程序设计》笔记:DOM扩展(十一)

    选择符API querySelector()方法 // 取得body元素 var tbody = document.querySelector('body'); // 取得ID为"myDIV ...

  4. asp.net mvc 5发布部署遇到403.14

    asp.net mvc 5发布部署遇到403.14? HTTP错误 403.14 服务器配置为不列出此目录内容 除了设置.net运行的权限 isap和cgi启动状态外.可能是因为你手贱. 将这个钩去掉 ...

  5. 服务器三:多线程epoll

    #include <fcntl.h> #include <sys/socket.h> #include <netinet/in.h> #include <ar ...

  6. Android 之文件夹排序

    按文件名排序 /** * 按文件名排序 * @param filePath */ public static ArrayList<String> orderByName(String fi ...

  7. C# Socket网络编程

    晚上利用空闲时间,用Socket做了一些小功能. 功能如下: a.聊天 b.传文件 c.抖动好友 主界面: 服务器 客户端 操作步骤: 服务器(测试环境的IP地址为:192.168.92.111,视情 ...

  8. centos修改默认启动级别

    Linux分为7个启动级别: 0 - 系统停机状态 1 - 单用户工作状态 2 - 多用户状态(没有NFS) 3 - 多用户状态(有NFS) 4 - 系统未使用,留给用户 5 - 图形界面 6 - 系 ...

  9. SQLAchemy模块

    老师的博客:http://www.cnblogs.com/wupeiqi/articles/5713330.html 有一篇习详细的博客: http://www.keakon.net/2012/12/ ...

  10. springfox-swagger之swagger-bootstrap-ui

    swagger-bootstrap-ui是国内的一个swagger开源项目,从发起到现在已经有三年了.初次体验了一下,觉得还是挺不错的,就如当初使用mybatis-plus那样,因为有了mybatis ...