miRNA 基本知识

miRNA

MicroRNA (miRNA)  是一类内生的、长度约为20-24个核苷酸的小 RNA，其在细胞内具有多种重要的调节作用。每个 miRNA 可以有多个靶基因的表达，而几个 miRNA 也可以调节同一个基因的表达。据推测，miRNA 调节着人类三分之一的基因。

1、物种

hsa、mmu、rno分别代表人、小鼠、大鼠。

2、类别

mir、MIR、miR分别代表动物未成熟miRNA、植物未成熟miRNA、成熟 RNA。

3、序号

即阿拉伯数字。代表miRNA发现的先后顺序。一般情况下，数字越小，发现越早。

4、高度相似miRNA

对于相似度非常高但又不完全相同（如：仅差一两个碱基）的成熟miRNA，加上一个英文小写字母（a,b,c,…）以示区别。

5、不同前体相同序列成熟miRNA

后面添加的阿拉伯数字是指：一些位于基因组不同部位的DNA序列能够转录加工产生同样的成熟体序列的RNA，为了对其进行区别，在后面加上不同的阿拉伯数字。

6、成熟miRNA产生来源

一些pre-miRNA可以产生两个mature RNA，在对应pre-miRNA茎环结构5’和3’序列的mature miRNA名称尾部加上后缀-5p和-3p以示区分，分别表明从前体的5’端臂和3’端臂加工而来的。

7、低表达量miRNA

两个mature miRNA由同一个pre-miRNA产生，且表达量已知，那么将其中表达量低的mature miRNA尾部加上标识：*。

成熟的miRNA（mature RNA）

由较长的初级转录物经过一系列核酸酶的剪切加工而产生的。

初级转录物（pri-miRNA）

长度从几百到几千个碱基不等，带有5’端帽子和3’poly A尾巴，以及一到数个发夹茎环结构。pri-miRNA经剪切产生约70个碱基的miRNA前体，即pre-miRNA。

miRNA前体（pre-miRNA）

经进一步剪切，形成长度约为22个碱基的单链成熟miRNA。

miRNA数据库

miRBase http://www.mirbase.org

miRNA的主要公共数据库，提供miRNA序列，注释查询，定位，发卡序列以及命名服务。

microRNA.org http://www.microrna.org/

miRanda数据库提供了关于人类、果蝇和斑马鱼基因组的microRNA靶目标的预测信息以及miRNA在不同组织的表达谱。

deepBase http://deepbase.sysu.edu.cn/

deepBase从新一代测序技术(深度测序技术，deep-sequencing)数据中注释和鉴定microRNA，piRNA，siRNA基因及长非编码RNA基因及其他们的表达模式。

starBase http://starbase.sysu.edu.cn/

starBase 是一个整合多个数据库的寻找结合位点的网站，提供了各式各样的可视化界面去探讨microRNA的靶标。

targetScan http://www.targetscan.org/vert_70/

TargetScan是比较常用的网站，简单易懂，通过搜索和每条miRNA种子区域匹配的保守的8mer和7mer位点来预测靶基因，预测miRNA靶标假阳性率较低。

TarBase http://www.tarbase.com/

TarBase数据库人工搜集了实验验证过的miRNA的靶基因，包括在人、小鼠、果蝇、蠕虫和斑马鱼中的miRNA的靶基因。

miRanda http://www.microrna.org/microrna/home.do

miRanda是一个miRNA靶基因预测软件，适用范围广泛，不受物种限制，同时提供windows,linux,和macintosh多平台版本，可以下载到本地运行。

RNAhybrid https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/

RNAhybrid是一种用于寻找一条长链RNA和一条短链RNA的最小配对自由能的工具，基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标，主要用作microRNA靶基因预测。

CoGeMiR http://cogemir.tigem.it/

CoGeMiR数据库总结关于在进化过程中MicroRNA 在不同动物中的保守性。该数据库搜集已知的和预测的microRNA关于染色体定位、保守性和表达谱方面的信息。

miRNApath http://lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.php

miRNApath是一个关于miRNA、靶基因以及代谢通路的的数据库。

mirWalk http://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/

查找通路中的miRNA以及其靶基因，并且能够查询疾病相关miRNA。

miR2Disease http://www.mir2disease.org/

一个手工打造的数据库,旨在提供一个全面的microRNA对应各种人类疾病的资源。其中的每个条目包含miRNA-disease关系的详细信息,包括microRNA的ID、疾病名称、miRNA-disease关系的简要描述、microRNA在不同疾病状态的表达模式、microRNA的表达检测方法、通过实验验证microRNA的目标基因和参考文献。

（来自https://www.cnblogs.com/yahengwang/p/10171087.html）

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