1、进入网站http://snpeff.sourceforge.net/，下载snpeff:

wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip

2、解压、安装

unzip snpEff_latest_core.zip

解压后出现如下图：

3、注释变异：

/path/to/java -Xmx4g -jar snpEff.jar GRCh37.75 examples/test.chr22.vcf > test.chr22.ann.vcf  #test.chr22.vcf指的是含有variants的input文件，test.chr22.ann.vcf指的是含有variants的注释output文件

　　注：由于snpeff是一个基于java的软件包，需要在有java的环境中运行，因此使用此工具包前先安装好java，如果已经安装过java，则忽略此。

结果文件如下图：

参考链接：http://snpeff.sourceforge.net/

snpeff注释变异（variants）的更多相关文章

  1. snpEff注释结果各区域统计之和大于变异总数？

    目录 问题一:各区域注释之和大于变异总数? 问题二:注释Region出现Gene和transcript等区域? 问题一:各区域注释之和大于变异总数? snpEff的结果很简单,但常常遇到如下问题. 我 ...

  2. 突变注释工具SnpEff,Annovar,VEP,oncotator比较分析--转载

    https://www.jianshu.com/p/6284f57664b9 目前对于variant进行注释的软件主要有4个: Annovar, SnpEff, VEP(variant Effect ...

  3. annovar积累

    20170222 ANNOVAR简介 ANNOVAR是由王凯编写的一个注释软件,可以对SNP和indel进行注释,也可以进行变异的过滤筛选. ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变 ...

  4. SNPEFF snp注释 (添加自己基因组)

    之间介绍过annovar进行对snp注释,今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annota ...

  5. Journal of Proteome Research | SAAVpedia: identification, functional annotation, and retrieval of single amino acid variants for proteogenomic interpretation | SAAV的识别、功能注释和检索 | (解读人：徐洪凯)

    文献名:SAAVpedia: identification, functional annotation, and retrieval of single amino acid variants fo ...

  6. Predicting effects of noncoding variants with deep learning–based sequence model | 基于深度学习的序列模型预测非编码区变异的影响

    Predicting effects of noncoding variants with deep learning–based sequence model PDF Interpreting no ...

  7. 【software】变异注释工具：annovar

    annovar提供三种注释方式 一,基于基因的注释 给定变异,看变异是否影响编码蛋白的改变 支持基因定义系统:RefSeq genes, UCSC genes, ENSEMBL genes, GENC ...

  8. vcf文件（call variants得来的）怎么看变异是纯合还是杂合的

    如下图片所示: 对于位置为48245131的allele来说,REF为A,ALT为C 想确定变异到底是纯合还是杂合,即两条染色体是否同时发生了变异,则看GT,GT对应的数值为0/1,说明该变异为杂合: ...

  9. 变异的功能 | variants function | coding | non-coding

    variant主要分为两类: coding noncoding 这两大类的分析方法截然不同,coding主要直接影响了mRNA和蛋白:而noncoding,主要是影响调控. coding编码区如何分析 ...

随机推荐

  1. 进阶开发——文档，缓存，ip限速

    一.文档自动化管理 1.django rest framework提供了一个接口: 可以将代码中注释转换为文档中内容(list,create等),以及help_text等等,且会生成JavaScrip ...

  2. python3 自动识图

    一.安装依赖库 pip install pytesseract pip install pillow 二.安装识图引擎tesseract-ocr https://pan.baidu.com/s/1Qa ...

  3. Using MongoDB with Web API and ASP.NET Core

    MongoDB is a NoSQL document-oriented database that allows you to define JSON based documents which a ...

  4. luogu P1816 【忠诚】

    话说许多dalao都采取线段树A题可本蒟蒻不会啊, 暴力的我想出了暴力解法(快排) #include<cstdio> #include<algorithm> using nam ...

  5. [IOI2018]高速公路收费——二分查找+bfs

    题目链接: IOI2018highway 题目大意:给出一张$n$个点$m$条边的无向图,并给出一对未知的起点和终点,每条边都有两种边权$A$和$B$(每条边的$A$和$B$都分别相同),每次你可以设 ...

  6. MySql 主从同步 （库名不同）

    主库:192.168.1.250 从库:192.168.1.199 主库  my.ini # For advice on how to change settings please see # htt ...

  7. Hdoj 2454.Degree Sequence of Graph G 题解

    Problem Description Wang Haiyang is a strong and optimistic Chinese youngster. Although born and bro ...

  8. linux下对clamav杀毒软件的安装和配置

    下载安装 首先安装zlib库: # yum install zlib zlib-devel //安装可忽略 下载安装clamav源码包 clamav管网:http://www.clamav.net/d ...

  9. python装饰器中的计时器thd.strat用法

    thd = KThread(target=_new_func, args=(), kwargs=new_kwargs) thd.start() thd.join(seconds) alive = th ...

  10. [JLOI2016/SHOI2016]侦察守卫（树形dp）

    小R和B神正在玩一款游戏.这款游戏的地图由N个点和N-1条无向边组成,每条无向边连接两个点,且地图是连通的.换句话说,游戏的地图是一棵有N个节点的树. 游戏中有一种道具叫做侦查守卫,当一名玩家在一个点 ...