bioawk
https://github.com/lh3/bioawk
1、基本思想
使用:
usage: bioawk [-F fs] [-v var=value] [-c fmt] [-tH] [-f progfile | 'prog'] [file ...]
bioawk基本思想是把组成不同类型的文件(sam、bam、fasta、fastq、vcf)的基本元素封装成变量,直接调用即可。
上面出现的名称即可引用其变量。
2、实际例子
打印fasta序列ID、序列、长度、GC含量:
bioawk -c fastx '{print "ID: "$name"\tlength: "length($seq)"\tGC: "gc($seq)"\t"$seq}' demo.fa
引用:https://blog.csdn.net/qq_42491125/article/details/92849378
bioawk的更多相关文章
- 使用bioawk对基因组fasta序列ID(染色体/scaffold名称)排序?
目录 需求 实现 需求 已知某基因组序列,染色体或scaffold ID顺序不定,想要对其按数字排序. 原顺序: 想要的排序结果: 实现 使用bioawk,没有的话conda直接安装. bioawk ...
- Linux command line exercises for NGS data processing
by Umer Zeeshan Ijaz The purpose of this tutorial is to introduce students to the frequently used to ...
随机推荐
- 【ECNU77】位与数对个数(数位DP)
点此看题面 大致题意: 求\(\sum_{x=0}^{a-1}\sum_{y=0}^{b-1}[(x\&y)<k]\). 数位\(DP\) 显然数位\(DP\)吧. 我们设\(f_{n, ...
- 由浅入深,讲解 spring 实战详细使用——spring 源码篇
首先,这篇文章不会详细的深入底层源码,只是基于注解和配置来说说我们的 spring 的使用,别小看基础,保证有你没用过的注解和配置,走起. 我们先来建立一个 maven 项目,引入 spring 文件 ...
- Jenkins 插件 升级站点 镜像 好用的 2019年11月
这两天开始学Jenkins 用docker下载了一个镜像运行 , 版本太老了.初始化插件各种报错:版本低/ 更新失败等. dockerhub里面的版本才 2.60 然后又从Jenkins.io 官网上 ...
- windows 10使用vscode进行远程代码开发 | tutorial to use vscode for remote development using ssh on windows
本文首发于个人博客https://kezunlin.me/post/c93b6ba6/,欢迎阅读最新内容! tutorial to use vscode for remote development ...
- git 创建分支 提交到远程分支
git 创建分支 并 提交到远程分支 git branch 0.可以通过git branch -r 命令查看远端库的分支情况 1,从已有的分支创建新的分支(如从master分支),创建一个dev分支 ...
- 谷歌验证器的原理及JS实现
阅读本篇文章你可以了解到谷歌验证器的实现原理,并且可以自己使用node.js实现支持谷歌验证器的两步验证. 这两年发现身边的很多应用和网站纷纷支持两步验证,并且呼吁用户使用两步验证. 并且发现,除了A ...
- 2、Hibernate持久化编写
一.对于hibernate中的PO编写规则: 1. 必须提供一个无参数的public构造方法 2. 所有属性要private ,对外提供public 的get/set方法 3. 在PO类必须提 ...
- Docker第二弹之常用命令
Docker的常用命令 底层原理 Docker是如何工作的 Docker是一个Client-Server结构的系统,Docker守护进程运行在主机上, 然后通过Socket连接从客户端访问,守护进程从 ...
- 17个常见的Python运行时错误
对于刚入门的Pythoner在学习过程中运行代码是或多或少会遇到一些错误,刚开始可能看起来比较费劲.随着代码量的积累,熟能生巧当遇到一些运行时错误时能够很快的定位问题原题.下面整理了常见的17个错误, ...
- JS基础语法---do-while循环 + 总结while循环和do-while循环
1. 总结:while循环和do-while循环 while循环特点:先判断,后循环,有可能一次循环体都不执行 do-while循环特点:先循环,后判断,至少执行一次循环体 对比体会: 1. ...