打开Cytoscape软件，根据菜单导入string_interactions.tsv文件

File ----> Import ----> Network from File

会弹出下图对话框，在对话框中设置如下：

选中string_interactions.tsv文件，点击打开，导入文件，结果如下图所示。

点击OK，弹出如下视图，ctrl+A选中所有基因节点

使用NetworkAnalyzer分析调整网络图

Tools ---> NetworkAnalyzer ---> Network Analysis ---> Analyze Network

弹出如下跳选框

选择Treat the network as undirected，点击ok

最终生成下图网络

使用Cytoscape画PPI网络图的更多相关文章

  1. 用 Graphviz画神经网络图

    用 Graphviz . 以下代码提供一个例子, 具体使用时做简单修改即可. digraph G { rankdir=LR splines=line nodesep=.05; node [label= ...

  2. nsfocus-笔试题

    1.描述sendmail原理及通讯机制 sendmail程序接受到待发邮件后,通过关键字@判断邮件的格式是否符合要求,匹配成功后提取邮件后缀域名信息并查询DNS数据库相关MX(邮件专用)记录,若有匹配 ...

  3. 使用 R 语言挖掘 QQ 群聊天记录

    1.获取数据 从 QQ 消息管理器中导出消息记录,保存的文本类型选择 txt 文件.这里获取的是某群从 2016-04-18 到 2016-05-07 期间的聊天记录,记录样本如下所示. 消息记录(此 ...

  4. Spark GraphX 的数据可视化

    概述 Spark GraphX 本身并不提供可视化的支持, 我们通过第三方库 GraphStream 和 Breeze 来实现这一目标 详细 代码下载:http://www.demodashi.com ...

  5. PageRank 算法-Google 如何给网页排名

    公号:码农充电站pro 主页:https://codeshellme.github.io 在互联网早期,随着网络上的网页逐渐增多,如何从海量网页中检索出我们想要的页面,变得非常的重要. 当时著名的雅虎 ...

  6. 用R的igraph包来画蛋白质互作网络图 | PPI | protein protein interaction network | Cytoscape

    igraph语法简单,画图快速. Cytoscape专业,个性定制. 最终效果图: 当然也可以用Cytoscape来画. 参考:Network visualization with R Cytosca ...

  7. 使用R的networkD3包画可交互的网络图

    d3network包code{white-space: pre;} pre:not([class]) { background-color: white; }if (window.hljs & ...

  8. R画网络图

    R  画网络图 目的:用R做生信分析,画基因样本的网络图,从中观察样本的致病性情况. 一.所用到的包 library(tidyr) library(ggplot2) library(reshape2) ...

  9. 利用cytoscape做网络图

    首先做出下面的基因间相互关系图 1.准备sif文件 data.sif 网络数据文件 gene1 pp gene2 gene3 gene4 gene5 gene6 gene7 gene8 gene9 n ...

随机推荐

  1. leetcode_sql_3，181,182,183

    181. Employees Earning More Than Their Managers The Employee table holds all employees including the ...

  2. Auto Layout简单应用——以编码的方式实现Auto Layout自动布局（二）

    在上一篇文章iOS学习笔记02——以编码的方式实现Auto Layout自动布局(一)中我们简单的介绍了使用Visual Format Language创建布局约束来实现自动布局,这种方法创建的布局约 ...

  3. 剑指offer-第六章面试中的各项能力（不用加减乘除做加法）

    //不用加减乘除四则运算,来做加法 //题目:两个数做加法. //思路:用二进制的位运算的思路.第一步:首先两数相加考虑进位.可以用异或. //第二步:两个数相加只考虑进位,并将最后的结果左移.第三步 ...

  4. openfaas k8s 集成

    备注 k8s 1.6 以下版本与k8s 1.6 以上版本会有一些简单的区别 1. 克隆k8s  部署文档   https://github.com/openfaas/faas-netes   2. 创 ...

  5. LINUX 11G RAC ASM磁盘组在线增加磁盘扩容

    LINUX 11G RAC ASM磁盘组在线增加磁盘扩容 1.操作系统版本 OEL 6.1 [root@cqltjcpt1 ~]# more /etc/redhat-release Red Hat E ...

  6. poj 3046 Ant Counting——多重集合的背包

    题目:http://poj.org/problem?id=3046 多重集合的背包问题. 1.式子:考虑dp[ i ][ j ]能从dp[ i-1 ][ k ](max(0 , j - c[ i ] ...

  7. 关于android api 23 +的权限问题

    Beginning in Android 6.0 (API level 23), users grant permissions to apps while the app is running, n ...

  8. EasyWeChat微信开放平台第三方平台接入

    EasyWeChat微信开放平台第三方平台接入 https://www.cnblogs.com/bainiu/p/8022729.html

  9. java实现一个最简单的tomcat服务

    在了解tomcat的基本原理之前,首先要了解tomcatt最基本的运行原理. 1.如何启动? main方法是程序的入口,tomcat也不例外,查看tomcat源码,发现main是在Bootstrap  ...

  10. GOF23设计模式之建造者模式（builder）

    一.建造者模式概述 建造者模式的本质: 1.分离了对象子组件的单独构造(由Builder负责)和装配(由Director负责).从而可以构造出复杂的对象.这个模式适用于:某个对象的过程复杂的情况下使用 ...