打开Cytoscape软件,根据菜单导入string_interactions.tsv文件

File ----> Import ----> Network from File

会弹出下图对话框,在对话框中设置如下:

选中string_interactions.tsv文件,点击打开,导入文件,结果如下图所示。

点击OK,弹出如下视图,ctrl+A选中所有基因节点

使用NetworkAnalyzer分析调整网络图

Tools ---> NetworkAnalyzer ---> Network Analysis ---> Analyze Network

弹出如下跳选框

选择Treat the network as undirected,点击ok

最终生成下图网络

使用Cytoscape画PPI网络图的更多相关文章

  1. 用 Graphviz画神经网络图

    用 Graphviz . 以下代码提供一个例子, 具体使用时做简单修改即可. digraph G { rankdir=LR splines=line nodesep=.05; node [label= ...

  2. nsfocus-笔试题

    1.描述sendmail原理及通讯机制 sendmail程序接受到待发邮件后,通过关键字@判断邮件的格式是否符合要求,匹配成功后提取邮件后缀域名信息并查询DNS数据库相关MX(邮件专用)记录,若有匹配 ...

  3. 使用 R 语言挖掘 QQ 群聊天记录

    1.获取数据 从 QQ 消息管理器中导出消息记录,保存的文本类型选择 txt 文件.这里获取的是某群从 2016-04-18 到 2016-05-07 期间的聊天记录,记录样本如下所示. 消息记录(此 ...

  4. Spark GraphX 的数据可视化

    概述 Spark GraphX 本身并不提供可视化的支持, 我们通过第三方库 GraphStream 和 Breeze 来实现这一目标 详细 代码下载:http://www.demodashi.com ...

  5. PageRank 算法-Google 如何给网页排名

    公号:码农充电站pro 主页:https://codeshellme.github.io 在互联网早期,随着网络上的网页逐渐增多,如何从海量网页中检索出我们想要的页面,变得非常的重要. 当时著名的雅虎 ...

  6. 用R的igraph包来画蛋白质互作网络图 | PPI | protein protein interaction network | Cytoscape

    igraph语法简单,画图快速. Cytoscape专业,个性定制. 最终效果图: 当然也可以用Cytoscape来画. 参考:Network visualization with R Cytosca ...

  7. 使用R的networkD3包画可交互的网络图

    d3network包code{white-space: pre;} pre:not([class]) { background-color: white; }if (window.hljs & ...

  8. R画网络图

    R  画网络图 目的:用R做生信分析,画基因样本的网络图,从中观察样本的致病性情况. 一.所用到的包 library(tidyr) library(ggplot2) library(reshape2) ...

  9. 利用cytoscape做网络图

    首先做出下面的基因间相互关系图 1.准备sif文件 data.sif 网络数据文件 gene1 pp gene2 gene3 gene4 gene5 gene6 gene7 gene8 gene9 n ...

随机推荐

  1. js实现弹出窗口+遮罩层+tab切换

    [功能1]点击约谈按钮,弹出对话框和遮罩层(自己的叫法 专业叫法没有查) [部分重点代码] [下面的方法] (1)获取系统时间如何实现(2)点击如何实现弹出窗口和遮罩层 $(".date_n ...

  2. FastAdmin 导入 Excel 相关资料收集 (2018-08-14)

    FastAdmin 导入 Excel 相关资料收集 新版本一键CRUD后自带导入功能,但是默认被禁用,如何启动 https://forum.fastadmin.net/thread/540 Excel ...

  3. spring的<array>标签错误

    1,复习了一下spring xml的配置 单个默认命名空间 我们看到,在配置文件中,beans,bean等元素我们是没有使用命名空间前缀的.重复限定一个要在命名空间中使用的元素或属性可能会非常麻烦.这 ...

  4. el表达式的坑

    为了写作业,又用回去了jstl,有几个坑重复坑了 1,导入包 <dependency> <groupId>javax.servlet</groupId> <a ...

  5. sql server中类似oracle中decode功能的函数

    sqlserver 2008 写法 select t.PROJECTNAME, t.BUILDCONTENTSCALE, CASE t.PROJECTLEVEL ' THEN '国家重点' ' THE ...

  6. ubuntu为什么没有/etc/inittab文件? 深究ubuntu的启动流程分析

    Linux 内核启动 init ,init进程ID是1,是所有进程的父进程,所有进程由它控制. Ubuntu 的启动由upstart控制,自9.10后不再使用/etc/event.d目录的配置文件,改 ...

  7. Linux:常用命令讲解(系统、防火墙、提权与文件传输)

    一.系统用户操作指令 一般在 Linux 系统中有多个账号,但一般不推荐使用 root 账号,因为 root 账号的权限太大,如果账号泄露会有安全隐患: 一般配置软件时也不要在 root 账号下进行: ...

  8. java代码关于匿名内部类和接口的方法使用

    总结:主要是多个按钮实现监听时,能够响应不同的事件 以上步骤我们可以用多种方法实现.但人们通常用二种方法.第一种方法是只利用一个监听器以及多个if语句来决定是哪个组件产生的事件:第二种方法是使用多个内 ...

  9. 20181102_WCF简单双工

    使用管理员权限打开VS2017 2. 创建一个空白解决方案: 3. 创建几个基于.net  framework的类库项目和一个基于.net Framework 的控制台项目, 然后将类库项目的clas ...

  10. SQL Server2005中文版x64安装29506错误解决办法

    在使用SQL Server 2005简体中版安装时,使用X86(32位操作系统下)安装没有出现任何问题.可是在X64(64位操作系统下)安装过程没有出现问题,可是安装完成后却没有Microsoft S ...