使用Cytoscape画PPI网络图
打开Cytoscape软件,根据菜单导入string_interactions.tsv文件
File ----> Import ----> Network from File
会弹出下图对话框,在对话框中设置如下:
选中string_interactions.tsv文件,点击打开,导入文件,结果如下图所示。
点击OK,弹出如下视图,ctrl+A选中所有基因节点
使用NetworkAnalyzer分析调整网络图
Tools ---> NetworkAnalyzer ---> Network Analysis ---> Analyze Network
弹出如下跳选框
选择Treat the network as undirected,点击ok
最终生成下图网络
使用Cytoscape画PPI网络图的更多相关文章
- 用 Graphviz画神经网络图
用 Graphviz . 以下代码提供一个例子, 具体使用时做简单修改即可. digraph G { rankdir=LR splines=line nodesep=.05; node [label= ...
- nsfocus-笔试题
1.描述sendmail原理及通讯机制 sendmail程序接受到待发邮件后,通过关键字@判断邮件的格式是否符合要求,匹配成功后提取邮件后缀域名信息并查询DNS数据库相关MX(邮件专用)记录,若有匹配 ...
- 使用 R 语言挖掘 QQ 群聊天记录
1.获取数据 从 QQ 消息管理器中导出消息记录,保存的文本类型选择 txt 文件.这里获取的是某群从 2016-04-18 到 2016-05-07 期间的聊天记录,记录样本如下所示. 消息记录(此 ...
- Spark GraphX 的数据可视化
概述 Spark GraphX 本身并不提供可视化的支持, 我们通过第三方库 GraphStream 和 Breeze 来实现这一目标 详细 代码下载:http://www.demodashi.com ...
- PageRank 算法-Google 如何给网页排名
公号:码农充电站pro 主页:https://codeshellme.github.io 在互联网早期,随着网络上的网页逐渐增多,如何从海量网页中检索出我们想要的页面,变得非常的重要. 当时著名的雅虎 ...
- 用R的igraph包来画蛋白质互作网络图 | PPI | protein protein interaction network | Cytoscape
igraph语法简单,画图快速. Cytoscape专业,个性定制. 最终效果图: 当然也可以用Cytoscape来画. 参考:Network visualization with R Cytosca ...
- 使用R的networkD3包画可交互的网络图
d3network包code{white-space: pre;} pre:not([class]) { background-color: white; }if (window.hljs & ...
- R画网络图
R 画网络图 目的:用R做生信分析,画基因样本的网络图,从中观察样本的致病性情况. 一.所用到的包 library(tidyr) library(ggplot2) library(reshape2) ...
- 利用cytoscape做网络图
首先做出下面的基因间相互关系图 1.准备sif文件 data.sif 网络数据文件 gene1 pp gene2 gene3 gene4 gene5 gene6 gene7 gene8 gene9 n ...
随机推荐
- bzoj 4806 炮
Written with StackEdit. Description 众所周知,双炮叠叠将是中国象棋中很厉害的一招必杀技.炮吃子时必须隔一个棋子跳吃,即俗称"炮打隔子". 炮跟炮 ...
- LA2797 Monster Trap
题意 PDF 分析 可以考虑建图,跑迷宫. 然后以线段端点,原点,和无穷大点建图,有边的条件是两点连线和墙没有交点. 但是对两个线段的交点处理就会有问题,所以把线段延长.另外还需要判断延长后在墙上,舍 ...
- C#枚举Enum[轉]
枚举是一个指定的常数,其基础类型可以是除 Char 外的任何整型.如果没有显式声明基础类型,则使用 Int32.编程语言通常提供语法来声明由一组已命名的常数和它们的值组成的枚举.定义默认基数从O开始, ...
- Linux环境安装redis
redis官网地址:http://www.redis.io/ 最新版本:2.8.3 在Linux下安装Redis非常简单,具体步骤如下(官网有说明): 1.下载源码,解压缩后编译源码. $ wget ...
- ORACLE 11G负载均衡测试
Oracle 11g R2中,引入了SCAN(Single Client Access Name)的特性.该特性的好处在于,在数据库与客户端之间,添加了一层虚拟的服务层,就是所谓的SCAN IP以及S ...
- 开发沉思录 - 记大数据平台的一次 BUG井喷
研究REST提交重启:终于提交成功了,首先一个错误:地址IP地址的http://hdp0:8080/api/v1/clusters/HDP/requests ,被我错误写成了request,当误了大量 ...
- file_put_contents以及file_get_contents的用法与在使用过程中遇到的问题(PHP学习)
对数据的操作最基本的是增删改查,file_put_contents以及file_get_contents是对文件里的数据进行存入与取出. 先上代码: <?php $str = 'hello wo ...
- Windows10 官方原版镜像下载途径 Label:win10解决方案
https://www.microsoft.com/en-gb/software-download/windows10ISO 设置浏览标签为手机以避免跳转,下载即可 或者手机打开该网址,获取下载链接 ...
- 屏蔽sql server 2008的智能提示
1. 去掉这个勾 2. 如果你安装了Sql complete, 接着下面的
- 免Oracle客户端程序监听程序配置
Oracle默认安装时,监听程序和tnsnames程序中的监听方式都是默认的localhost,但免客户端的程序是连接不上的.这时需要: 1.将listener中的(HOST = localhost) ...