使用Cytoscape画PPI网络图
打开Cytoscape软件,根据菜单导入string_interactions.tsv文件
File ----> Import ----> Network from File
会弹出下图对话框,在对话框中设置如下:
选中string_interactions.tsv文件,点击打开,导入文件,结果如下图所示。
点击OK,弹出如下视图,ctrl+A选中所有基因节点
使用NetworkAnalyzer分析调整网络图
Tools ---> NetworkAnalyzer ---> Network Analysis ---> Analyze Network
弹出如下跳选框
选择Treat the network as undirected,点击ok
最终生成下图网络
使用Cytoscape画PPI网络图的更多相关文章
- 用 Graphviz画神经网络图
用 Graphviz . 以下代码提供一个例子, 具体使用时做简单修改即可. digraph G { rankdir=LR splines=line nodesep=.05; node [label= ...
- nsfocus-笔试题
1.描述sendmail原理及通讯机制 sendmail程序接受到待发邮件后,通过关键字@判断邮件的格式是否符合要求,匹配成功后提取邮件后缀域名信息并查询DNS数据库相关MX(邮件专用)记录,若有匹配 ...
- 使用 R 语言挖掘 QQ 群聊天记录
1.获取数据 从 QQ 消息管理器中导出消息记录,保存的文本类型选择 txt 文件.这里获取的是某群从 2016-04-18 到 2016-05-07 期间的聊天记录,记录样本如下所示. 消息记录(此 ...
- Spark GraphX 的数据可视化
概述 Spark GraphX 本身并不提供可视化的支持, 我们通过第三方库 GraphStream 和 Breeze 来实现这一目标 详细 代码下载:http://www.demodashi.com ...
- PageRank 算法-Google 如何给网页排名
公号:码农充电站pro 主页:https://codeshellme.github.io 在互联网早期,随着网络上的网页逐渐增多,如何从海量网页中检索出我们想要的页面,变得非常的重要. 当时著名的雅虎 ...
- 用R的igraph包来画蛋白质互作网络图 | PPI | protein protein interaction network | Cytoscape
igraph语法简单,画图快速. Cytoscape专业,个性定制. 最终效果图: 当然也可以用Cytoscape来画. 参考:Network visualization with R Cytosca ...
- 使用R的networkD3包画可交互的网络图
d3network包code{white-space: pre;} pre:not([class]) { background-color: white; }if (window.hljs & ...
- R画网络图
R 画网络图 目的:用R做生信分析,画基因样本的网络图,从中观察样本的致病性情况. 一.所用到的包 library(tidyr) library(ggplot2) library(reshape2) ...
- 利用cytoscape做网络图
首先做出下面的基因间相互关系图 1.准备sif文件 data.sif 网络数据文件 gene1 pp gene2 gene3 gene4 gene5 gene6 gene7 gene8 gene9 n ...
随机推荐
- LeetCode Design TinyURL
原题链接在这里:https://leetcode.com/problems/design-tinyurl/description/ 题目: How would you design a URL sho ...
- openfaas 了解
1. 官方介绍 OpenFaaS (Functions as a Service) is a framework for building serverless functions with Dock ...
- SpringMVC集成rabbitMQ
Maven引入相关jar <dependency> <groupId>com.rabbitmq</groupId> <artifactId>amqp-c ...
- hdu 4609 3-idiots——FFT
题目:http://acm.hdu.edu.cn/showproblem.php?pid=4609 答案就是随便选三条边的方案 - 不合法的方案. 不合法的方案就是算出 x+y = k 的方案数 g[ ...
- sql for 存储过程格式
sql DELIMITER && CREATE PROCEDURE test2() BEGIN DECLARE i INT; ; DO ')); ; END WHILE; END; & ...
- FTP for win7
In Windows 7, you can share files on home network easily using Home Group but creating an FTP server ...
- .net中webconfig自定义配置
在configuration节点,也就是文件的根节点下,增加如下节点 <appSettings> <!--<add key="propPath" value ...
- ES之一:Elasticsearch6.4 windows安装 head插件ik分词插件安装
准备安装目标:1.Elasticsearch6.42.head插件3.ik分词插件 第一步:安装Elasticsearch6.4 下载方式:1.官网下载 https://www.elastic.co/ ...
- Jquery改变td内容为1的颜色
Jquery改变td内容为1的颜色<table id="tb" > <tr> <td val="1">1</td> ...
- Hibernate XXX.hbm.xml 里的class标签的 schema 属性解释
转自:https://blog.csdn.net/mym43210/article/details/30230173 1 <?xml version="1.0" encodi ...