在基因注释时,难免碰到各种GENE在不同数据库之间的ID转换(例如,Ensembl ID 转Entrez ID,或者Entrez ID与GENE Symbol之间的转换)。这里介绍一下常用的三个在线网站, DAVIDbioDBnetEnsembl BiomartDAVID访问太慢,Ensembl Biomart参数配置太麻烦,推荐使用bioDBnet

bioDBnet RESET API

bioDBnet除支持web在线转换外,还提供了RESET API接口,允许程序语言(python、perl、R等)进行访问。

参考资料

DAVID

bioDBnet

Ensembl Biomart

geneid/genesymbol/ensemblid等之间的转换的更多相关文章

  1. org.Hs.eg.db包简介(转换NCBI、ensemble等数据库中基因ID,symbol等之间的转换)

    1)安装载入 ------------------------------------------- if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(install ...

  2. JSON字符串和JS对象之间的转换

    JSON字符串和JS对象之间的转换 1 json字符串转换为js对象 1.1 标准json格式字符串转换为Js对象  JSON字符串 str JSON.parse(str) eval(str) eva ...

  3. C# Stream 和 byte[] 之间的转换

    一. 二进制转换成图片 MemoryStream ms = new MemoryStream(bytes); ms.Position = ; Image img = Image.FromStream( ...

  4. Java基础——基本类型和包装类、基本类型和字符串之间的转换

    基本类型和包装类之间的转换 基本类型和包装类之间经常需要互相转换,以 Integer 为例(其他几个包装类的操作雷同哦): 在 JDK1.5 引入自动装箱和拆箱的机制后,包装类和基本类型之间的转换就更 ...

  5. String类型和基本数据类型之间的转换

    Java 中基本类型和字符串之间的转换 在程序开发中,我们经常需要在基本数据类型和字符串之间进行转换. 其中,基本类型转换为字符串有三种方法: 1. 使用包装类的 toString() 方法 2. 使 ...

  6. Json与javaBean之间的转换工具类

    /**  * Json与javaBean之间的转换工具类  *  * {@code 现使用json-lib组件实现  *    需要  *     json-lib-2.4-jdk15.jar  * ...

  7. Stream 和 byte[] 之间的转换

    Stream 和 byte[] 之间的转换 一. 二进制转换成图片 ? 1 2 3 4 5 MemoryStream ms = new MemoryStream(bytes); ms.Position ...

  8. 百度坐标(BD09)、国测局坐标(火星坐标,GCJ02)、和WGS84坐标系之间的转换(JS版代码)

    /** * Created by Wandergis on 2015/7/8. * 提供了百度坐标(BD09).国测局坐标(火星坐标,GCJ02).和WGS84坐标系之间的转换 */ //定义一些常量 ...

  9. java中的字符,字符串,数字之间的转换

    string 和int之间的转换 string转换成int  :Integer.valueOf("12") int转换成string : String.valueOf(12) ch ...

随机推荐

  1. bootstrap0

    bootstrap模板为使IE6.7.8版本(IE9以下版本)浏览器兼容html5新增的标签,引入下面代码文件即可. <script src="https://oss.maxcdn.c ...

  2. android 真心话大冒险 摇色子

    android 真心话大冒险  摇色子 软件

  3. 命令行 -- 命令"%cd%"

    1. @echo off echo 当前盘符:%~d0 echo 当前盘符和路径:%~dp0 echo 当前批处理全路径:%~f0 echo 当前盘符和路径的短文件名格式:%~sdp0 echo 当前 ...

  4. 英语发音规则---字母组合oo的发音规律

    英语发音规则---字母组合oo的发音规律 一.总结 一句话总结:在英语单词中,字母组合oo多数读长音/u:/,少数读短音/ʊ/.另外,还有极少数的特殊情况读/ʌ/, 在英语单词中,字母组合oo多数读长 ...

  5. tomcat警告:Setting property 'source' to 'org.eclipse.jst.j2ee.server:ServletPro' did not find a matching property

    警告: [SetPropertiesRule]{Server/Service/Engine/Host/Context} Setting property 'source' to 'org.eclips ...

  6. 封装一个简单的Hibernate SessionFactory

    封装Hibernate框架中的session工厂   ,方便很多,免去了很多重复无用的代码 package com.maya.test; import org.hibernate.*; import ...

  7. hadoop_学习_00_资源帖

    一.精品 1.虚无境的博客 随笔分类 - hadoop 二.参考资料 1.大数据学习之路(持续更新中...) 2.Hadoop安装教程_单机/伪分布式配置_CentOS6.4/Hadoop2.6.0 ...

  8. Tomcat启动分析(我们为什么要配置CATALINA_HOME环境变量)

    原文:http://www.cnblogs.com/heshan664754022/archive/2013/03/27/2984357.html Tomcat启动分析(我们为什么要配置CATALIN ...

  9. stl_queue.h

    stl_queue.h // Filename: stl_queue.h // Comment By: 凝霜 // E-mail: mdl2009@vip.qq.com // Blog: http:/ ...

  10. freeMarker(十一)——模板语言之指令

    学习笔记,选自freeMarker中文文档,译自 Email: ddekany at users.sourceforge.net 1.assign 概要 <#assign name1=value ...