distmat 计算遗传距离
distmat 可用于计算遗传距离,得到距离矩阵
1 在线运算
可通过在线进行遗传距离的计算,网址:http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/emboss/distmat
输入的文件为比对文件,可以在上述网站看示例即可。
选择模型后,进行运算
而后得到如下的距离矩阵
可以看到,相同样本间距离为0,数字越大,表示距离越远
2、命令模式
安装
conda install -c bioconda emboss=6.6.0
还是以上述的示例文件为例,进行运行
distmat -sequence alignment -protmethod 1 -outfile test
## 参数
-sequence: 比对文件
-protmethod: 蛋白替换矫正方法 0: Uncorrected, 1: Jukes-Cantor,2:Kimura Protein
-nucmethod:核酸替换矫正方法 0: Uncorrected, 1: Jukes-Cantor,2:Kimura Protein
结果也是如同上述一样
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