distmat 可用于计算遗传距离，得到距离矩阵

1 在线运算

可通过在线进行遗传距离的计算，网址：http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/emboss/distmat

输入的文件为比对文件，可以在上述网站看示例即可。



选择模型后，进行运算

而后得到如下的距离矩阵

可以看到，相同样本间距离为0，数字越大，表示距离越远

2、命令模式

安装

conda  install -c bioconda emboss=6.6.0

还是以上述的示例文件为例,进行运行

distmat -sequence alignment   -protmethod 1 -outfile test

## 参数

-sequence： 比对文件

-protmethod： 蛋白替换矫正方法 0: Uncorrected， 1: Jukes-Cantor，2:Kimura Protein

-nucmethod：核酸替换矫正方法 0: Uncorrected， 1: Jukes-Cantor，2:Kimura Protein

结果也是如同上述一样

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