水熊虫 - Nature Communication

想发好文章？先看好文献！

生物信息分析类的文章都有着比较明显的套路，如果你深刻的掌握了这些套路，相信有一天你也能发Nature(子刊)。

Extremotolerant tardigrade genome and improved radiotolerance of human cultured cells by tardigrade-unique protein

先了解基本背景：

水熊虫是一个非常值得研究的物种，虽然它不像主流作物的研究那么实用，但其近乎变态的耐受性确是人类梦寐以求的功能。

前人发现水熊虫特有的一种蛋白质，可保护人类DNA免受X射线损伤。

遗传学：基因组测序揭示水熊虫对极端环境的适应

基因组测序阐明不死水熊虫之谜    Nature全文

基本名词：

Tardigrades：水熊虫

putative foreign genes：假定外源基因

horizontal gene transfer (HGT)：水平基因转移

摘要：

Tardigrades俗称水熊虫，是一种小型水生动物，可以容忍极端脱水。结果显示，只有1.2%的假定外源基因，gene通路的丢失促进了胁迫损伤，改善损伤的gene家族的扩张，进化中全新的水熊虫专属蛋白的高表达。脱水和复水后微小的基因表达谱的变化表明了耐受相关基因的表达出现了差异。

使用人类培养细胞实验，我们证明了水熊虫特有的DNA结合蛋白抑制了 X-ray 导致的DNA损伤，提高了防射耐受性。这些发现揭示了耐受性相关的tardigrade-unique蛋白质和水熊虫的关系，可以成为丰富来源的新基因和保护机制。

文章思路：

基因组测序组装 - 基因表达谱分析 - 实验验证，很合理的一套分析思路，一个较为完整的故事。

结果：

（下面每个部分相互独立，由浅到深，提出假设，用生信分析和实验的手段加以论证）

1.高质量的基因组组装

2.没有大量的HGT（推翻前人错误的结论）

3.胁迫相关基因的扩张

4.过氧化物酶病氧化代谢途径的选择性缺失

5.胁迫应答途径的选择性缺失

6.tardigrade-unique genes的丰富表达

7.鉴定出了一个tardigrade-unique DNA-associated protein

8.Dsup protein 抑制 DNA damage in human cultured cells

9.Dsup 提高了 irradiated human cultured cells 的生存能力

---

1.高质量的基因组组装

2.没有大量的HGT（推翻前人错误的结论）

3.胁迫相关基因的扩张

4.过氧化物酶病氧化代谢途径的选择性缺失

5.胁迫应答途径的选择性缺失

6.tardigrade-unique genes的丰富表达

7.鉴定出了一个tardigrade-unique DNA-associated protein

8.Dsup protein 抑制 DNA damage in human cultured cells

9.Dsup 提高了 irradiated human cultured cells 的生存能力