Failed to open .vcf.gz: could not load index
这类报错在我使用bcftools index file.vcf.gz进行index出现的。
解决办法是换用tabix进行index,命令为tabix -p vcf file.vcf.gz。
用tabix就可以成功解决。
Failed to open .vcf.gz: could not load index的更多相关文章
- react-native 运行提示红屏 error: bundling failed: ambiguous resolution: module `/User/xxx/Project/ico/index.js` tries to require `react-native`, but there are several files providing this module. You can de
运行 react-native start 报错 执行这2个进行清除缓存问题 yarn start -- --reset-cache npm start -- --reset-cache
- react中报错Failed to set an indexed property on 'CSSStyleDeclaration': Index property setter is not supported
产生这个报错的原因是我当时将样式写到了less文件,我在div中使用的使用应该是使用className = ,而我误写了一个style = .style里面当然没有自定义的className,所以产生 ...
- jbrowse 的配置与使用gff, vcf, fa, bed, bam
1,jbrowse 是什么东西 ? JBrowse is a genome browser with a fully dynamic AJAX interface, being developed a ...
- bcftools或vcftools提取指定区段的vcf文件（extract specified position ）
下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800 ...
- Jbrowse安装和序列、bam、vcf配置
最近做了一个关于基因开发的项目,要求最终输出的文件可以在专门的基因浏览器上边显示,类似统计图的东西.废话不说上图(表示表达不出来0.0)! 先说下Jbrowse这个东西吧,一句话:一个简单的,便携式依 ...
- pysam - 多种格式基因组数据（sam/bam/vcf/bcf/cram/…）读写与处理模块（python）
在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此 ...
- Fielddata is disabled on text fields by default. Set fielddata=true on [gender] in order to load fielddata in memory by uninverting the inverted index. Note that this can however use significant memor
ES进行如下聚合操作时,会报如题所示错误: ➜ Downloads curl -XPOST 'localhost:9200/bank/_search?pretty' -d ' { "size ...
- 使用bedtools提取vcf多个位置的变异（extract multi-region of genotypes by bedtools）
1.下载安装bedtools: 2.生成bed文件:标准的bed文件格式如下: chr7 127471196 127472363 Pos1 0 + 127471196 127472363 255,0, ...
- bcftools合并vcf文件
见命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 参考链接:http://vcftools.sourceforge.ne ...
随机推荐
- mysql的binlog空间维护
.Binlog空间维护 一,显示当前的logs文件记录 show master logs; 二,清空n天前的日志,减少磁盘空间 PURGE MASTER LOGS BEFORE DATE_SUB(CU ...
- 安卓QQ聊天记录导出、备份完全攻略
发到知乎竟然被删掉,我也不知道我到底违反了哪条.唉,别人的毕竟是别人的.虽然博客园也是别人的 前言 我对聊天记录的备份比较执着,也在这上面折腾过不少.碰到过不少令人头疼的麻烦,在这里分享一下经验. 关 ...
- 图论 - Bellman-Ford算法
Bellman-Ford Dijkstra算法虽好,但是不能解决带有负边权的图. 而利用Bellman-Ford可以完美的解决最短路和负边权的问题 朴素Bellman-Ford算法 w[i] 权值 u ...
- 后端将Long类型数据传输到前端出现精度丢失的问题
当将超过16位的数字传输到前端的时候,就会出现精度丢失的问题,然后我按照网上的几种方法实验的时候,只有一种方法成功了.可能是因为环境等方面的问题. 我这里成功是因为:最后使用的是配置mvc的方式,然后 ...
- 关于Discuz x3.3页面空白解决方法
今天找时间分析了一下,找到了页面空白的原因,可能是因为php版本兼容性的问题所致,所以只是部分用户遇到这种情况,这里分享一下.经过分析发现是sourcefunctionfunction_core.ph ...
- Oracle创建视图 及 授权
创建视图语句: CREATE VIEW GRM_PROFIT_VIEW AS SELECT ID, DEPT_CODE, DEPT_NAME, YMONTH, PROJECT_NAME, PROJEC ...
- Linux安全加固（二）禁止普通用户su到root/设置SSH终端接入白名单/修改history条数
一.禁止普通用户su到root管理员.设置可以su到root的白名单 1.首先看一下正常情况 2.可以看到普通用户使用su root命令,输入密码即可登录到root用户 3.下面开始配置禁止所有普通用 ...
- Java中lambda表达式学习
一.Lambda表达式的基础语法: Java8中引入了一个新的操作符"->"该操作符称为箭头操作符或Lambda操作符,箭头操作符将Lambda表达式拆分为两部分: 左侧:L ...
- luogu P4248 [AHOI2013]差异 SAM
luogu P4248 [AHOI2013]差异 链接 luogu 思路 \(\sum\limits_{1<=i<j<=n}{{len}(T_i)+{len}(T_j)-2*{lcp ...
- js中的逗号运算符
逗号运算符 逗号运算符是二元运算符,它的操作数可以是任意类型.它首先计算左操作数,然后计算右操作数,最后返回右操作数的值,用逗号运算符可以在一条语句中执行多个运算 作用: 1.在一条语句中从左到右执行 ...