Failed to open .vcf.gz: could not load index
这类报错在我使用bcftools index file.vcf.gz进行index出现的。
解决办法是换用tabix进行index,命令为tabix -p vcf file.vcf.gz。
用tabix就可以成功解决。
Failed to open .vcf.gz: could not load index的更多相关文章
- react-native 运行提示红屏 error: bundling failed: ambiguous resolution: module `/User/xxx/Project/ico/index.js` tries to require `react-native`, but there are several files providing this module. You can de
运行 react-native start 报错 执行这2个进行清除缓存问题 yarn start -- --reset-cache npm start -- --reset-cache
- react中报错Failed to set an indexed property on 'CSSStyleDeclaration': Index property setter is not supported
产生这个报错的原因是我当时将样式写到了less文件,我在div中使用的使用应该是使用className = ,而我误写了一个style = .style里面当然没有自定义的className,所以产生 ...
- jbrowse 的配置与使用gff, vcf, fa, bed, bam
1,jbrowse 是什么东西 ? JBrowse is a genome browser with a fully dynamic AJAX interface, being developed a ...
- bcftools或vcftools提取指定区段的vcf文件(extract specified position )
下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800 ...
- Jbrowse安装和序列、bam、vcf配置
最近做了一个关于基因开发的项目,要求最终输出的文件可以在专门的基因浏览器上边显示,类似统计图的东西.废话不说上图(表示表达不出来0.0)! 先说下Jbrowse这个东西吧,一句话:一个简单的,便携式依 ...
- pysam - 多种格式基因组数据(sam/bam/vcf/bcf/cram/…)读写与处理模块(python)
在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此 ...
- Fielddata is disabled on text fields by default. Set fielddata=true on [gender] in order to load fielddata in memory by uninverting the inverted index. Note that this can however use significant memor
ES进行如下聚合操作时,会报如题所示错误: ➜ Downloads curl -XPOST 'localhost:9200/bank/_search?pretty' -d ' { "size ...
- 使用bedtools提取vcf多个位置的变异(extract multi-region of genotypes by bedtools)
1.下载安装bedtools: 2.生成bed文件:标准的bed文件格式如下: chr7 127471196 127472363 Pos1 0 + 127471196 127472363 255,0, ...
- bcftools合并vcf文件
见命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 参考链接:http://vcftools.sourceforge.ne ...
随机推荐
- python应用-输出验证码
from random import randint def generate_code (code_len): """ 生成确定位数的验证码 :param code_l ...
- 日志分析查看——grep,sed,sort,awk运用
概述 我们日常应用中都离不开日志.可以说日志是我们在排查问题的一个重要依据.但是日志并不是写了就好了,当你想查看日志的时候,你会发现线上日志堆积的长度已经超越了你一行行浏览的耐性的极限了.于是,很有必 ...
- hive中的日期转换函数
1.unix时间戳转时间函数 语法: from_unixtime(bigintunixtime[, string format]) 返回值: string 说明: 转化UNIX时间戳(从197 ...
- swift语法之常量 变量 类型
常量和变量: 在swift中声明变量或者声明常量的时候可以不用写变量或者常量类型 因为系统会自动推导出对应的类型. 变量:可以更改值 swift中每句代码后面不需要加 ; 号 var num = 5 ...
- HDU 6091 - Rikka with Match
思路 树形dp,设计状态如下: 设 $dp_u_i_0$表示 以点 u 为根的子树 最大匹配数模 m 为 i 时,且 u 点没有匹配的方案数 DP[u][i][1] 表示 以点 u 为根的子树 最大匹 ...
- artillery 学习一 简单使用
artillery 是一个不错的负载测试套件,功能很强大,支持多协议 安装 npm install -g artillery --unsafe-perm 运行一个简单的快速测试 artillery q ...
- Filters in ASP.NET Core
Filters in ASP.NET Core allow code to be run before or after specific stages in the request processi ...
- 单片机模块化程序: 单片机AT指令配置模块程序模板(非阻塞版)
拷贝这两个文件到自己的工程 测试1://单片机发送AT+RST\r\n 如果单片机串口接收到OK 或者ready 执行下一条 测试视频: https://qqqqqbucket.oss-cn-bei ...
- SDOI2019快速查询
链接 vijos 思路 虽然询问1e7,但他询问很有意思,所以最多修改1e5个. 先把他们修改的点缩小到1e5之内并没有什么影响. 然后维护mul和add.不修改很好弄,修改的点可以弄点式子加加减减弄 ...
- gcc 编译c++文件
#include <stdio.h> //将类定义在命名空间中 namespace Diy{ class Student{ public: char *name; int age; flo ...