1、下载安装bcftools。

2、准备样本ID文件，这里命名为samplelistname.txt，一个样本一行，如下所示：

sample1

sample2

sample3

3、输入命令：

bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.vcf

参考链接：

https://www.biostars.org/p/184950/

https://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html#view

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