GCTA(全基因组复杂性状分析)工具开发目的是针对复杂性状的全基因组关联分析，评估SNP解释的表型方差所占的比例(该网站地址：http://cnsgenomics.com/software/gcta/)。目前GCTA工具可实现以下功能：

1 评估全基因组SNP的亲缘关系（遗传关系）

2 评估全基因组SNP的近交系数

3 评估所有的常染色体SNP对于变异的解释度

4 评估遗传方差与X-染色体的关联

5 检测遗传方差对X-染色体的剂量补偿效应

6 预测单个个体和单个SNP的全基因组加性遗传效应

7 估计包含LD结构的目标SNP

8 根据观察到的基因型数据模拟GWAS数据

9 转化Illumina原始基因型数据为PLINK格式

10 在没有个体层面的基因型数据下，条件与联合分析GWAS的概括统计量

11 使用SNP数据估计两个特性（疾病）的遗传相关性

12 混合线性模型关联分析

Genome-wide Complex Trait Analysis(GCTA)-全基因组复杂性状分析的更多相关文章

  1. 利用GCTA工具计算复杂性状/特征（Complex Trait）的遗传相关性（genetic correlation）

    如文章"Genome-wide Complex Trait Analysis(GCTA)-全基因组复杂性状分析"中介绍的GCTA,是一款基于全基因组关联分析发展的分析工具,除了计算 ...

  2. GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing

    现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp ...

  3. 全基因组测序 Whole Genome Sequencing

    全基因组测序 Whole Genome Sequencing 全基因组测序(Whole Genome Sequencing,WGS)是利用高通量测序平台对一种生物的基因组中的全部基因进行测序,测定其 ...

  4. 全基因组关联分析学习资料（GWAS tutorial）

    前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析(GWAS)原理的书籍或者文章推荐. 其实我个人觉得,做这个分析,先从跑流程开始,再去看原理. 为什么这么说呢,因为对于初学者来说,跑流程就像一个大黑洞,学习 ...

  5. GWAS 全基因组关联分析 | summary statistic 概括统计 | meta-analysis 综合分析

    有很多概念需要明确区分: 人有23对染色体,其中22对常染色体autosome,另外一对为性染色体sex chromosome,XX为女,XY为男. 染色体区带命名:在标示一特定的带时需要包括4项:① ...

  6. PacBio全基因组测序和组装

    PacBio公司的业务范围也就5个(官网): Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencin ...

  7. cfDNA（circulating cell free DNA）全基因组测序

    参考资料: [cfDNA专题]cell-free DNA在非肿瘤疾病中的临床价值(好) ctDNA, cfDNA和CTCs有什么区别吗? cfDNA你懂多少? 新发现 | 基因是否表达,做个cfDNA ...

  8. GWAS: 阿尔兹海默症和代谢指标在大规模全基因组数据的遗传共享研究

    今天要讲的一篇是发表于 Hum Genet 的 "Shared genetic architecture between metabolic traits and Alzheimer's d ...

  9. 如何鉴定全基因组加倍事件（WGD）

    目前鉴定全基因组加倍(whole-genome duplication events)有3种 通过染色体共线性(synteny) 方法是比较两个基因组的序列,并将同源序列的位置绘制成点状图,如果能在点 ...

随机推荐

  1. Android画图Path的使用

    /**       * Paint类介绍       *        * Paint即画笔,在绘图过程中起到了极其重要的作用,画笔主要保存了颜色,       * 样式等绘制信息,指定了如何绘制文本 ...

  2. CentOS 7 httpd服务的安装、配置

    关于linux   httpd的搭建和配置都需要基于yum源 1:安装httpd yum linstall httpd -y 2:进入html文件 cd /var/www/html 讲已经编辑的htm ...

  3. silverlight简单数据绑定1

    数据绑定是用户界面与数据源之间的媒介:通过绑定可以使数据在界面和数据源之间传递交流.数据绑定由System.Windows.Data命名空间的Binding对象完成. 创建绑定的数据对象类. .cs类 ...

  4. asm createdisk时提示没有权限

    [root@linux Packages]# /etc/init.d/oracleasm createdisk asm1 /dev/sdg1Marking disk "asm1" ...

  5. 制作HP MicroServer Gen8可用的ESXi 5.x SD/TF卡启动盘

    前些日子看到HP公司和京东在搞服务器促销活动,于是就入了一个 ProLiant MicroServer Gen8 的低配版 相比上一代产品,新一代 MicroServer系列微型服务器可更换处理器,还 ...

  6. [EventBus源码解析] EventBus.post 方法详述

    前情概要 上一篇blog我们了解了EventBus中register/unregister的过程,对EventBus如何实现观察者模式有了基本的认识.今天我们来看一下它是如何分发一个特定事件的,即po ...

  7. windows 上执行python pywin32.exe

    大家熟知的python脚本可以在linux系统上直接运行,因为linux上会安装python编译器 然而windows不会安装,如果想要别人直接运行你发布的python脚本,一种方法是在他的windo ...

  8. ORA-27092: size of file exceeds file size limit of the process

    停数据库时遇到下述问题: $ ./addbctl.sh stop You are running addbctl.sh version 120.1 Shutting down database UAT ...

  9. Linux： vi 编辑器中文乱码

    [问题] vi编辑器中文乱码 [解决方案] vi /etc/sysconfig/i18n改成如下即可:LANG="en_US.UTF-8"LANGUAGE="zh_CN. ...

  10. javascript在调试bug的奇淫技巧（Chrome, Firebug, Filddle 调试）

    Fiddler Fiddler调式使用知多少(一)深入研究 微信fiddle 微信fiddle Chrome Google Chrome 官方 Chrome - 基础 Chrome - 进阶 Chro ...