cfDNA(circulating cell free DNA)全基因组测序
参考资料:
【cfDNA专题】cell-free DNA在非肿瘤疾病中的临床价值(好)
新发现 | 基因是否表达,做个cfDNA全基因组测序就可揭晓
Cell-Free DNA (cfDNA) Isolation
游离DNA (circulating cell free DNA,cfDNA),是一种在细胞外呈现游离状态且无细胞状态的的DNA,广泛存在于动植物及人类的血清、血浆、脑脊液、尿液、痰液或粪便当中。过去,有许多文献证实,肿瘤患者的血浆和血清中检测到了癌基因突变,并且与原发肿瘤相一致[1.2.3],因此cfDNA逐渐受到重视。如今,游离在血液中DNA的研究促成了「非侵入性检测」技术的发展。除肿瘤检测(tumor gene screening) 与监控外,还发展其他应用,胎儿产前诊断(prenatal screening)。这些应用,皆可透过次世代定序技术来进行检测,同时为非侵入性,风险低且准确率高。
适用研究目的:1.非侵入性产前染色体检测;2.肿瘤检测监控。
基本分析:Quality trimmed, Mapping to reference genome, SNP/INDEL detection, SNP/INDEL annotation by VEP
cfDNA(circulating cell free DNA)全基因组测序的更多相关文章
- 全基因组测序 Whole Genome Sequencing
全基因组测序 Whole Genome Sequencing 全基因组测序(Whole Genome Sequencing,WGS)是利用高通量测序平台对一种生物的基因组中的全部基因进行测序,测定其 ...
- PacBio全基因组测序和组装
PacBio公司的业务范围也就5个(官网): Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencin ...
- 全基因组测序 从头测序(de novo sequencing) 重测序(re-sequencing)
全基因组测序 全基因组测序分为从头测序(de novo sequencing)和重测序(re-sequencing). 从头测序(de novo)不需要任何参考基因组信息即可对某个物种的基因组进行测序 ...
- WGS 全基因组测序数据分析
1. DNA测序技术 https://www.jianshu.com/p/6122cecec54a 2.FASTA和FASTQ文件格式 https://www.jianshu.com/p/50ff30 ...
- 利用ONT测序检测真核生物全基因组甲基化状态
摘要 甲基化在真核生物基因组序列中广泛存在,其中5mC最为普遍,在真核生物基因组中也有发现6mA.捕获基因组中的甲基化状态的常用技术是全基因组甲基化测序(WGBS)和简化甲基化测序(RRBS),而随着 ...
- 如何鉴定全基因组加倍事件(WGD)
目前鉴定全基因组加倍(whole-genome duplication events)有3种 通过染色体共线性(synteny) 方法是比较两个基因组的序列,并将同源序列的位置绘制成点状图,如果能在点 ...
- GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing
现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp ...
- 柳叶刀重磅出击!全外显子测序在胎儿结构异常的评估Whole-exome sequencing in the evaluation of fetal structural anomalies: a prospective cohort study
柳叶刀发表的文献解读:Whole-exome sequencing in the evaluation of fetal structural anomalies: a prospective coh ...
- 【GWAS文献解读】疟原虫青蒿素抗药性的全基因组关联分析
英文名:Genetic architecture of artemisinin-resistant Plasmodium falciparum 中文名:疟原虫青蒿素抗药性的全基因组关联分析 期刊:Na ...
随机推荐
- linux运维自动化shell脚本小工具
linux运维shell 脚本小工具,如要分享此文章,请注明文章出处,以下脚本仅供参考,若放置在服务器上出错,后果请自负 1.检测cpu剩余百分比 #!/bin/bash #Inspect CPU # ...
- CEGUI0.8.4引入到自己工程中
首先要确定你的CEGUI已经完全编译好,若未进行这一步请参照http://www.cnblogs.com/wenguang1996/p/5027522.html 打开VS2012新建C++工程,然后添 ...
- vs加js引用
今天又有一个同事问我“在VS中如何让一个JS文件智能提示另一个JS文件中的成员”,他说Google了一下,并没有找到答案,然后我把这个小技巧贴出来,希望能被Google到. 有时候会有这种情况:当我的 ...
- Css、javascript、dom(二)
一.css常用标签及页面布局 1.常用标签 position(定位) z-index(定位多层顺序) background(背景) margin(外边距) padding(内边距) font-size ...
- java 建造者模式
package de.bvb.test3; /** * 建造者模式: 假如一个类有4个字段,每个字段或者每几个字段的组合都需要设置为构造函数,构造函数就比较麻烦 * 而且如果再加一个字段进去也不好拓展 ...
- SQL Server 在task manager里面显示CPU 使用率过高
发现一篇好文章 https://mssqlwiki.com/2012/10/04/troubleshooting-sql-server-high-cpu-usage/
- angularjs checkbox 框的操作
前言:今天遇到一个问题,需要对多选按钮进行操作,作为js菜鸟,只能做自己慢慢琢磨了-- <label class="checkbox-inline custom-checkbox no ...
- 我所理解的ECMAScript、DOM、BOM---写给新手们
像很多新手一样,我知道js有三部分组成,即ECMAScript.DOM.BOM三部分组成,ECMAScript是核心解释器.DOM(Document Object Model)是文档对象模型.BOM( ...
- libevent源码分析:event_assign、event_new
在libevent中,获取event类型对象的方法有两种,event_assign.event_new 1.event_assign() /** Prepare a new, already-allo ...
- 渗透杂记-2013-07-13 关于SMB版本的扫描
smb2的溢出,其实在metasploit里面有两个扫描器可以用,效果都差不多,只是一个判断的更加详细,一个只是粗略的判断. Welcome to the Metasploit Web Console ...