miRNA分析--数据过滤（一）

miRNA分析--比对（二）

根据miRNA Target Prediction in Plants, miRNA并非所有区域都要求严格匹配，其中第1位碱基和第14位以后的碱基是允许错配(以miRNA 5'为始)。

miRNA 文件提交不管是U或者T都是可以的

miRNA 靶基因预测我采用了3个工具

1、psRNATarget: A plant Samll RNA Target Analysis Server

进去以后，提交自己miRNA文件，fasta格式，并且提交cds序列，按照默认参数进行预测即可

2、TAPIR: target prediction for plant microRNAs

同样提交miRNA 文件，以及cds序列，该在线工具序列数必须少于500条，若多余则分批提交

3、psRobot: Plant Small RNA Analysis Toolbox

提交miRNA文件，以及对应的cds序列即可

psRobot除了网页版工具，还可以在http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/downloads.php下载本地版， 使用方法为:

 1 psRobot_tar -s mature.fa -t Araport11_genes.201606.cdna.fasta -o target.gTP

 2 ##参数说明

 3 -s: 待预测的miRNA

 4 -t: 用于搜索的序列

 5 -o: 输出文件

 6 -ts: 输出结果的阈值

 7 -fp: 5'后第几位开始是必要区间(1~2), 默认2

 8 -gl: 5'后第几位开始是必要区间(8~31) 默认是17

 9 -gl: 从第几个碱基后允许出现gap/bulge, 默认17

10 -gn: 允许存在几个gap/bulge, 默认1

关注下方公众号可获得更多精彩

Ref:

1、植物如何进行miRNA靶基因预测

miRNA分析--靶基因预测（三）的更多相关文章

  1. 5、预测和鉴定miRNA的靶基因

    转载:http://www.oebiotech.com/Article/mirnabjyyc.html http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-9/2014925941 ...

  2. HOMER | MEME | 转录因子的靶基因预测

    Finding Enriched Motifs in Genomic Regions (findMotifsGenome.pl) 在指定区域做motif enrichment,大大降低了假阳性. ME ...

  3. 基于PASA进行基因预测

    PASA, acronym for Program to Assemble Spliced Alignments, is a eukaryotic genome annotation tool tha ...

  4. Hadoop学习笔记—20.网站日志分析项目案例（三）统计分析

    网站日志分析项目案例(一)项目介绍:http://www.cnblogs.com/edisonchou/p/4449082.html 网站日志分析项目案例(二)数据清洗:http://www.cnbl ...

  5. 【JUC】JDK1.8源码分析之ArrayBlockingQueue（三）

    一.前言 在完成Map下的并发集合后,现在来分析ArrayBlockingQueue,ArrayBlockingQueue可以用作一个阻塞型队列,支持多任务并发操作,有了之前看源码的积累,再看Arra ...

  6. 【转】python模块分析之typing（三）

    [转]python模块分析之typing(三) 前言:很多人在写完代码一段时间后回过头看代码,很可能忘记了自己写的函数需要传什么参数,返回什么类型的结果,就不得不去阅读代码的具体内容,降低了阅读的速度 ...

  7. python模块分析之typing（三）

    前言:很多人在写完代码一段时间后回过头看代码,很可能忘记了自己写的函数需要传什么参数,返回什么类型的结果,就不得不去阅读代码的具体内容,降低了阅读的速度,加上Python本身就是一门弱类型的语言,这种 ...

  8. JUC源码分析-集合篇（三）ConcurrentLinkedQueue

    JUC源码分析-集合篇(三)ConcurrentLinkedQueue 在并发编程中,有时候需要使用线程安全的队列.如果要实现一个线程安全的队列有两种方式:一种是使用阻塞算法,另一种是使用非阻塞算法. ...

  9. miRNA分析--比对（二）

    miRNA分析--数据过滤(一) 在比对之前为了减少比对时间,将每一个样本中的reads进行合并,得到fasta格式,其命名规则如下: 样本_r数子_x数字 r 中的数字表示reads序号: x 中的 ...

随机推荐

  1. [ NOIP2013 D2-T3 ] 华容道

    NOIP2013 华容道 图论好题. 介于网上全是些令蒟蒻头昏的题解和排版一塌糊涂以及过于详细的题解...蒟蒻记录一下.. 显然需要将白格移动到 \(s\) 相邻格,然后交换 \(s\) 与白格,再将 ...

  2. Linux有什么可取之处竟如此受欢迎

    什么是Linux? Linux是一个操作系统软件.和Windows不同的是,Linux是一套开放源代码程序的.并可以自由传播的类Unix操作系统,它是一个支持多用户.多任务.多线程和多CPU的操作系统 ...

  3. 零基础学习STM32之入门学习路线

    可以说就目前的市场需求来看,stm32在单片机领域已经拥有了绝对的地位,51什么的已经过时了也只能拿来打基础了,最后依然会转到stm32来,也正是因为这样stm32的学习者越来越多,其中不难发现绝大部 ...

  4. 零基础要怎么样学习嵌入式Linux--走进嵌入式

    零基础要怎么样学习嵌入式希望可以通过这一篇帖子让大家走进嵌入式,对嵌入式的学习不再那么陌生. 嵌入式Linux工程师的学习需要具备一定的C语言基础,因此面对许多朋友只是在大一或者大二学习过C(还不一定 ...

  5. 第一个只出现一次字符的位置 牛客网 剑指Offer

    第一个只出现一次字符的位置  牛客网 剑指Offer 题目描述 在一个字符串(0<=字符串长度<=10000,全部由字母组成)中找到第一个只出现一次的字符,并返回它的位置, 如果没有则返回 ...

  6. evaluate-reverse-polist-notation leetcode C++

    Evaluate the value of an arithmetic expression in Reverse Polish Notation. Valid operators are+,-,*, ...

  7. ELK集群之filebeat（6）

    filebeat工作原理 ilebeat是本地文件的日志数据采集器. 作为服务器上的代理安装,Filebeat监视日志目录或特定日志文件,tail file,并将它们转发给Elasticsearch或 ...

  8. 在 macOS 上运行无限许可的 Nessus 10

    请访问原文链接:https://sysin.org/blog/nessus-unlimited-on-macos/,查看最新版.原创作品,转载请保留出处. 作者:gc(at)sysin.org,主页: ...

  9. 7-7 后缀式求值 (25分)的python实现

    exp=input().split() ls=list() def Cal(a,b,i): if i=="+": return a+b elif i=="-": ...

  10. 第六周PTA笔记 括号匹配调整+堆放石子+最大积分+168

    括号匹配调整 如果通过插入" +"和" 1"可以从中得到格式正确的数学表达式,则将带括号的序列称为正确的. 例如,序列 "(())()",& ...