plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式

plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式

两个版本用到的命令不一样

对于plink1.9版本，转化为vcf文件的命令行为：

plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf

生成的vcf为4.2版本

对于plink2.0版本，转化为vcf文件的命令行为：

plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf

生成的vcf为4.3版本

参考链接：

http://www.cog-genomics.org/plink/2.0/formats#vcf

http://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#vcf

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