tRNAscan-SE 预测tRNA基因
tRNAscan-SE 软件可以根据输入的基因组序列,预测对应的tRNA的基因
在线的tRNAscan-SE的链接如下:http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/
如下图所示,只需要输入fasta 格式的序列,选择对应的物种类型和其他的一些选项,点击运行按钮即可
结果界面如下:
首先是预测的tRNA基因
表头解释如下:
Sequence Name : 输入的用于预测tRNA的序列名称
tRNA # : 预测到的tRNA的个数
Predicted tRNA Structure : 预测到的tRNA二级结构
Similar tRNA in GtRNAdb : 在GtRNAdb 数据库中的相似的tRNA
tRNA Begin : tRNA基因的起始位置
tRNA End : tRNA 基因的终止位置
tRNA Type : tRNA 的类型,该tRNA转运的氨基酸的类型
Anticodon : 反义密码子
Intro Begin : 内含子的起始位置
Intro End : 内含子的终止位置
Infernal Score :
Pseudo:
Isotype Model :
Isotype Score :
tRNA 类型:
tRNAscan-SE 会根据反义密码子和 Isotype Model 两种方法预测tRNA的类型,对于每个tRNA, 分别给出反义密码子和 Isotype Model 预测的结果,以及两种结果预测的一致性,其中isotype model 会对每一种氨基酸进行打分,选得分最高的作为最终的结果
tRNA 二级结构预测的结果:
Str 代表的就是二级结构,其中每个< 和每个 > 是配对的,代表在二级结构中这连个碱基是连在一起的
最后是对应的tRNAscan-SE的命令行程序:
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