tRNAscan-SE 预测tRNA基因

tRNAscan-SE 软件可以根据输入的基因组序列，预测对应的tRNA的基因

在线的tRNAscan-SE的链接如下：http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/

如下图所示，只需要输入fasta 格式的序列，选择对应的物种类型和其他的一些选项，点击运行按钮即可

结果界面如下：

首先是预测的tRNA基因

表头解释如下：

Sequence Name : 输入的用于预测tRNA的序列名称

tRNA #              : 预测到的tRNA的个数

Predicted tRNA Structure :  预测到的tRNA二级结构

Similar tRNA in GtRNAdb  ： 在GtRNAdb 数据库中的相似的tRNA

tRNA Begin :  tRNA基因的起始位置

tRNA End : tRNA 基因的终止位置

tRNA Type :  tRNA 的类型，该tRNA转运的氨基酸的类型

Anticodon :  反义密码子

Intro Begin : 内含子的起始位置

Intro End : 内含子的终止位置

Infernal Score :

Pseudo:

Isotype Model :

Isotype Score :

tRNA 类型：

tRNAscan-SE 会根据反义密码子和 Isotype Model 两种方法预测tRNA的类型，对于每个tRNA, 分别给出反义密码子和 Isotype Model 预测的结果，以及两种结果预测的一致性，其中isotype model 会对每一种氨基酸进行打分，选得分最高的作为最终的结果

tRNA 二级结构预测的结果：

Str 代表的就是二级结构，其中每个< 和每个 > 是配对的，代表在二级结构中这连个碱基是连在一起的

最后是对应的tRNAscan-SE的命令行程序：