tRNAscan-SE 软件可以根据输入的基因组序列，预测对应的tRNA的基因

在线的tRNAscan-SE的链接如下：http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/

如下图所示，只需要输入fasta 格式的序列，选择对应的物种类型和其他的一些选项，点击运行按钮即可

结果界面如下：

首先是预测的tRNA基因

表头解释如下：

Sequence Name : 输入的用于预测tRNA的序列名称

tRNA #              : 预测到的tRNA的个数

Predicted tRNA Structure :  预测到的tRNA二级结构

Similar tRNA in GtRNAdb  ： 在GtRNAdb 数据库中的相似的tRNA

tRNA Begin :  tRNA基因的起始位置

tRNA End : tRNA 基因的终止位置

tRNA Type :  tRNA 的类型，该tRNA转运的氨基酸的类型

Anticodon :  反义密码子

Intro Begin : 内含子的起始位置

Intro End : 内含子的终止位置

Infernal Score :

Pseudo:

Isotype Model :

Isotype Score :

tRNA 类型：

tRNAscan-SE 会根据反义密码子和 Isotype Model 两种方法预测tRNA的类型，对于每个tRNA, 分别给出反义密码子和 Isotype Model 预测的结果，以及两种结果预测的一致性，其中isotype model 会对每一种氨基酸进行打分，选得分最高的作为最终的结果

tRNA 二级结构预测的结果：

Str 代表的就是二级结构，其中每个< 和每个 > 是配对的，代表在二级结构中这连个碱基是连在一起的

最后是对应的tRNAscan-SE的命令行程序：

tRNAscan-SE 预测tRNA基因的更多相关文章

  1. 5、预测和鉴定miRNA的靶基因

    转载:http://www.oebiotech.com/Article/mirnabjyyc.html http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-9/2014925941 ...

  2. 【基因组预测】braker2基因结构注释要点记录

    目录 流程使用 问题 记录下braker2的使用要点,以备忘记. 流程使用 braker2有很多流程,根据你的数据:组装的基因组.转录组.蛋白(同源,包括近缘或远缘)选择不同流程,官网有说明: htt ...

  3. 【GS文献】植物育种中基因组选择的方法、模型及展望

    目录 1. GS/GP在植物育种中的角色 2. GP模型应用 3. GP模型的准确性 4. 植物育种的GS展望 5. 小结 Genomic SelectioninPlant Breeding: Met ...

  4. 使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析易如反掌

    使用limma.Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析易如反掌 Charity Law1, Monther Alhamdoosh2, Shian Su3, Xueyi Dong3, Luyi ...

  5. miRNA

    MicroRNA (miRNA)  是一类内生的.长度约为20-24个核苷酸的小 RNA,其在细胞内具有多种重要的调节作用.每个 miRNA 可以有多个靶基因的表达,而几个 miRNA 也可以调节同一 ...

  6. Nature Methods | 新软件SAVER-X可对单细胞转录组学数据进行有效降噪

                                                                          图片来源(Nature Methods)   摘要 单细胞转 ...

  7. miRNA 基本知识

    miRNA MicroRNA (miRNA)  是一类内生的.长度约为20-24个核苷酸的小 RNA,其在细胞内具有多种重要的调节作用.每个 miRNA 可以有多个靶基因的表达,而几个 miRNA 也 ...

  8. 项目二：使用机器学习（SVM）进行基因预测

    SVM软件包 LIBSVM -- A Library for Support Vector Machines(本项目所用到的SVM包)(目前最新版:libsvm-3.21,2016年7月8日) C-S ...

  9. HOMER | MEME | 转录因子的靶基因预测

    Finding Enriched Motifs in Genomic Regions (findMotifsGenome.pl) 在指定区域做motif enrichment,大大降低了假阳性. ME ...

随机推荐

  1. 多媒体文件格式之MKV

    [时间:2016-07] [状态:Open] MKV是一种开源的多媒体封装格式,是Matroska中应用比较多的格式之一.常见的后缀格式是.mkv(视频,包括音频和字幕)..mka(纯音频)..mks ...

  2. ubuntu桌面使用总结

    一.ubuntu12.04 修改系统字体:sudo apt-get install gnome-tweak-tool 关于ubuntu字体,个人习惯记录一下:默认字体:文泉驿微米黑  10桌面字体:文 ...

  3. Oracle 大小写转换函数

    Oracle 大小写转换函数 转大写UPPER 转小写LOWER 测试: select UPPER('Test') as u from dual; select LOWER('Test') as l ...

  4. 【转】asp.net中@page指令的属性Inherits、Src、CodeBehind区别

    Inherits.Src.CodeBehind 在 ASP.NET 中使用代码隐藏方法来设计Web 窗体,可使页代码能够更清晰地从 HTML 内容中分离到完全单独的文件中. 通常一个 @page 指令 ...

  5. pandas的连接函数concat()函数

        pd.concat(objs, axis=0, join='outer', join_axes=None, ignore_index=False,   keys=None, levels=No ...

  6. Android studio动态调试

    Reference:  http://cstsinghua.github.io/2016/06/13/Android%20studio%E5%8A%A8%E6%80%81%E8%B0%83%E8%AF ...

  7. C#学习笔记（7）——委托

    说明(2017-5-29 22:22:50): 1. 语法:public delegate void mydel();这一句在类外面,命名空间里面. 2. 专门新建一个方法,参数是委托: public ...

  8. Qwe中的数值结算

    可以利用t-esc标签进行计算,如: 需要注意的是t-esc标签的计算值并不会显示货币符号,如果需要使用货币符号,仍然需要使用t-field标签进行计算后显示.

  9. opencv 中affine函数实现旋转和平移

    图像旋转和平移是图像处理中常用的一种操作,opencv2和opencv3中对图像的旋转和平移都是通过仿射变换函数cv::warpAffine()来实现的. 1.图像的旋转 图像的旋转具体实现分为两步: ...

  10. Android开发，使用背景图（xml drawable）为view 设置边框

    Android 开发中,遇到需要设置边框的情景,使用背景图来实现,代码如下: <layer-list xmlns:android="http://schemas.android.com ...