Sentieon | 每周文献-Population Sequencing-第一期

群体基因组系列文章-1

标题（英文）：The Impact of ACEs on BMI: An Investigation of the Genotype-Environment Effects of BMI
标题（中文）：ACEs对BMI的影响：探究BMI的基因型-环境效应
发表期刊：Behavior Genetics
作者单位：美国俄勒冈州立大学心理学系
发表年份：2022
文章地址：https://doi.org/10.3389/fgene.2022.816660

本文研究了不良童年经历（Adverse Childhood Experiences or Events，ACEs）与基因型-环境交互作用对体重指数（BMI）的影响。研究者使用了Healthy Nevada Project (HNP)的数据，该项目包括43,000名具有全外显子测序（WES）及匹配的电子健康记录的参与者。其中，17,839名参与者提供了关于ACEs的调查结果。研究发现，ACEs次数与成年肥胖具有很强的关联性，并鉴定了55个具有基因交互作用的常见和罕见变异。

在该项研究中，研究者首先研究了ACEs与BMI之间的关联性；然后使用约500万个常见和罕见变异探索了BMI与ACEs的全基因组-环境交互作用。全基因组-环境交互研究（GWEIS）检查了每个变异的基因型-环境（G×E）效应，使得在ACEs暴露下，不同基因型的参与者在BMI上的差异。

测序数据分析部分，测序reads使用Sentieon进行从fastq到vcf的全流程处理。Sentieon遵循了测序数据相关质控结果统计及GATK最佳实践流程。Sentieon在处理大规模队列样本时，在具有极速分析优势的同时保证了分析结果的可靠性。

总结：该研究使用了包括全外显子测序（Sentieon用于全流程数据分析）、电子健康记录、ACEs调查结果及全基因组-环境交互研究（GWEIS）等方法探索了ACEs、遗传因素和BMI之间的关系。

群体基因组系列文章-2

标题（英文）：Detection of De Novo PAX2 Variants and Phenotypes in Chinese Population: A Single-Center Study
标题（中文）：中国人群中PAX2新生突变的检测及表型分析：一项单中心研究
发表期刊：Genes
作者单位：重庆医科大学附属儿童医院、重庆市儿科重点实验室等
发表年份：2022
文章地址：https://doi.org/10.3389/fgene.2022.799562

本文通过一项单中心回顾性分析研究了中国人群中PAX2新生突变与表型的关系。该研究报告了一些具有独特表现和合并症的患者，并报告了三种以前从未报道过的变异。通过对中国人群PAX2新生突变与表型的分析，研究者建议对有明显肾发育不良和眼部异常证据的患者进行基因检测并尽早开始保护性治疗。

Fig2 对10个患者上检测到的PAX2基因新生突变位置分布进行了表征并展示了10个患者家系的系谱关系，分析了致病性突变的来源。

本文通过单中心10个患者及其父母血液样本进行靶向富集测序，使用Sentieon或GATK分析流程用于变异检测。根据ACMG指南对有害突变进行判定，并使用Sanger测序对二代测序结果中鉴定的致病性新生突变进行验证。

该研究报告了一些具有独特表现和合并症的患者，并报告了三种以前从未报道过的变异。具有PAX2变异的患者主要发生在青春期，且临床表现具有高度异质性。通过对中国人群PAX2新生突变与表型的分析，研究者建议对有明显肾发育不良和眼部异常证据的患者进行基因检测，若含有PAX2基因突变，则应检查PAX2相关器官损伤并密切随访肾脏功能。