• 输入文件： fastq格式
  • 输出结果： kmer的频数和对应的kmer类型
  • 系统环境Ubuntu单机版17.01
  • spark版本2.7
    此次测试主要用到了RDD的函数foreach和zipWithIndex，zipWithIndex这个函数是可以直接对gz文件进行操作的
  • python的主要通过lambda函数来进行操作
  • 测试代码如下
fastq='/home/yueyao/Spark/00.data/reads.left.fq.gz'

fq_rdd = sc.textFile(fastq)

fq=fq_rdd.zipWithIndex()

def printa(a):

    print a

fq.foreach(lambda line:printa(line))
 
 
 
 

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