第一次在Linux上不用root权限安装软件,查看了很多博客,并实践安装成功。大致总结了一下samtools的安装过程,仅供大家参考,如有不对的地方,欢迎指正~

samtools安装过程中依赖于lzma、htslib两个包,所以在安装samtools之前需要确保安装了lzma、htslib。如果没有安装好,可以按照step1~step6,依次下载安装xz-5.2.3htslib-1.5samtools,最后在验证是否安装成功(先下载好了安装包)。

【step1】:先创建好自己软件需要安装到的目录

mkdir -p ~/mysoft/softname

【step2】:添加环境变量

echo 'export PATH=/home/usrname/mysoft/softname/bin:$PATH'>>~./bashrc

【step3】:激活环境变量

source ~/.bashrc

【step4】:将软件包解压

tar jxvf softname.tar.bz2

【step5】:进入软件目录,配置软件需要安装的路径(敲黑板,画重点)

cd softname

./configure --prefix=/home/usrname/mysoft/softname(一般情况)

./configure --disable-lzma --prefix=/home/usrname/mysoft/softname(configure后,提示需要依赖lzma压缩,此时可以在configure后添加参数设置 --disable-lzma,因为在这里有安装xz-5.2.3来压缩,所以选择不依赖于lzma)

【step6】:编译、安装

make

make install

【step7】:验证samtools是否安装成功

samtools view

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