1)背景 伴随着大规模的基因分型及测序工程的产生(例如1000 Genomes Project),之前的信息贮存格式例如gff文件它记录了每一个基因的详细信息,其中许多基因信息在基因组之间是共享的,而我们需要记录的仅仅是不同基因组之间变异的地方,因此这些格式会显得格外冗余.这就迫切需要一种新的格式来记录高效的记录这些变异信息.VCF(Variant Call Format)就是这样一种用来贮存基因序列变异信息的文本文件(通常是压缩格式). 2)VCF格式简介 VCF 格式文件包含有2部分:1)…

Variant Call Format(VCF)是一个用于存储基因序列突变信息的文本格式.表示单碱基突变, 插入/缺失, 拷贝数变异和结构变异等.BCF格式文件是VCF格式的二进制文件. CHROM [chromosome]: 染色体名称. POS [position]: 参考基因组突变碱基位置,如果是INDEL(插入缺失),位置是INDEL的第一个碱基位置. ID [identifier]: 突变的名称.若没有,则用'.'表示其为一个新变种. REF [reference base(s)]:…

Android sdk 支持vcf处理的(忘记最低哪个版本开始支持的了,可以查一查) 备注:此代码来自Stack Overflow(原地址找不到了,o(╥﹏╥)o) 1. 导出联系人为vcf格式 Contact provider中有ContactsContract.Contacts.CONTENT_VCARD_URI的定义,说明他是支持vCard规范的 package com.mygmer.contactstest; import java.io.File; import java.io.Fil…

[1] JSON简介    > JSON全称 JavaScript Object Notation    > 类似于JS中对象的创建的方法    > JSON和XML一样,都是一种表示数据的格式    > 但是JSON比XML的存储和解析性能要高的多,JSON要比XML高个30%左右.    <user>        <name>sunwukong</name>        <age>18</age>        &…

最近在整理文件,准备把vcf文件转化为Excel格式,或者CSV格式,网上搜了一堆资料,还真有人专门开发出转化格式的工具:叫vcf2csv(下载地址http://vcf2csv.sourceforge.net/#links),赶紧下载安装,开始转化,结果弹出行列不一致的错误,遂放弃. 尝试了一堆无用的工具以后,想着能不能用R的write.csv来实现转化,结果顺利解决.现将示例代码演示一下: data<-read.table("/path/data.vcf",header=F)…

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_7110867f0101njf5.html http://www.cnblogs.com/liuhui0622/p/6246111.html http://vcftools.sourceforge.net/specs.html http://en.wikipedia.org/wiki/Variant_Call_Format http://blog.sina.com.cn/s/blog_74cbb8e80101f8ic.html…

IFC是一个数据交换标准, 用于不同系统交换和共享数据.当需要多个软件协同完成任务时, 不同系统之间就会出现数据交换和共享的需求.这时, 工程人员都希望能将工作成果(这里就是工程数据), 从一个软件完整地导入到另外一个软件. 如果能有一个标准.公开的数据表达和存储方法, 每个软件都能导入.导出这种格式的工数据, 问题将大大简化, 而IFC就是这种标准.公开的数据表达和存储方法. 目前国内这方面的资料不是很多,最近找到几篇有关IFC的文章觉得很好,分享给大家. http://blog.163.co…

一.JSON:JavaScript Object Notation的简写,是一种轻量级数据交换格式. 二.数据类型:标量.序列(数组).映射(key-value) 三.JSON的四个原则 1 .并列数据之间用逗号隔开 2. 映射用冒号:来表示 3 .并列数据的集合用中括号[]来表示 4. 映射的集合用大括号{}来表示 举例: [ {"城市":"北京","面积":"16800"}, {"城市":"上…

Resource Interchange File Format(简称RIFF),资源交换文件格式,是一种按照标记区块存储数据(tagged chunks)的通用文件存储格式,多用于存储音频.视频等多媒体数据.Microsoft在windows下的AVI.ANI .WAV等都是基于RIFF实现的. RIFF是由Microsoft和IBM于1991年,在windows 3.1中引入的,作为windows 3.1默认的多媒体文件格式.RIFF是参考Interchange File Format来的,…

对于训练或预测,XGBoost采用如下格式的实例文件: train.txt 1 101:1.2 102:0.03 0 1:2.1 10001:300 10002:400 0 0:1.3 1:0.3 1 0:0.01 1:0.3 0 0:0.2 1:0.3 每行代表一个实例,第一行'1'是实例标签,'101'和'102'是特征索引,'1.2'和'0.03'是特征值.在二进制分类情况中,'1'用于指示阳性样本,'0'用于指示阴性样本.我们还支持[0,1]中的概率值作为标签,以指示实例为正的概率.…

HTTP(HyperTextTransferProtocol)是超文本传输协议的缩写,它用于传送 WWW 方式的数据,关于 HTTP 协议的详细内容请参考 RFC2616.HTTP 协议采用了请求/响应模型.客户端向服务器发送一个请求,请求头包含请求的方法.URI.协议版本.以及包含请求修饰符.客户信息和内容的类似于 MIME 的消息结构.服务器以一个状态行作为响应,相应的内容包括消息协议的版本,成功或者错误编码加上包含服务器信息.实体元信息以及可能的实体内容. HTTP 协议也是与 TCP/U…

编码一直是让新手头疼的问题,特别是 GBK.GB2312.UTF-8 这三个比较常见的网页编码的区别,更是让许多新手晕头转向,怎么解释也解释不清楚.但是编码又是那么重要,特别在网页这一块.如果你打出来的不是乱码,而网页中出现了乱码,绝大部分原因就出在了编码上了.此外除了乱码之外,还会出现一些其他问题(例如:IE6 的 CSS 加载问题)等等.我写本文的目的,就是要彻底解释清楚这个编码问题!如果你遇到了类似的问题,那就要仔细的看看这篇文章. ANSI.GBK.GB2312.UTF-8.GB1803…

利用bcftools软件将vcf格式生成gz格式和index格式,需要用到“-Oz”和“index”命令,具体如下: /bcftools-1.8/bin/bcftools view ExAC.vcf -Oz -o ExAC.vcf.gz /bcftools-1.8/bin/bcftools index ExAC.vcf.gz…

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Atitit.常见软件 数据 交换格式 标准 1. 常见的数据格式txt ,doc ,pic,music ,vodio1 2. 通用格式json yaml phpstr1 3. 专用格式1 4. 用户信息vcf 通讯录导出的一种格式1 5. News  ,rss vs atom2 6. 商品信息excel2 1. 常见的数据格式txt ,doc ,pic,music ,vodio 2. 通用格式json yaml phpstr 3. 专用格式 作者::  ★(attilax)>>>   …

最近一直在写图像处理的作业,好多啊 bmp格式简介 a.格式组成 1:位图头文件数据结构,它包含BMP图像文件的类型.显示内容等信息: 2:位图信息数据结构,它包含有BMP图像的宽.高.压缩方法,以及定义 颜色等信息: 3:调色板,这个部分是可选的,有些位图需要调色板,有些位图,比如真 彩色图(24位的BMP)就不需要调色板: 4:位图数据,这部分的内容根据BMP位图使用的位数不同而不同,在24位 图中直接使用RGB,而其他的小于24位的使用调色板中颜色索引值. b.对应数据结构 BMP文件头(…

ez-vcard https://github.com/mangstadt/ez-vcard 目前最新的版本已经更新到0.9.8 起初使用该jar包的时候,是0.9.3,当时遇到一个很尴尬的问题, 就是在将联系人转化为vcf卡片文件之后, 用Android手机原生的vcf导入联系人的功能进行导入, 结果是不支持头像的解析. 高兴的是,目前0.9.8版本,已经修复了这方面的问题. 通过VCF格式传输完整的联系人信息,再也不是梦了 感谢这个开源项目的作者,希望该项目越来越完善. 关于这个jar包的如…

PS:尽量不要用什么豌豆荚啊.微信啊.QQ啊之类的通讯录备份,那就等于把自己的通讯录免费送给腾讯他们了....还是自己手动的好一些,但是小白用户或者经常丢手机的卖就卖吧,总比联系人都丢了要好~~~ 默认的 什么诺基亚PC套件啊,什么windows通讯录啊,豌豆荚啊 之类的到处的VCF格式的文件编码都不一样,所以再导入到手机的时候中文部分就会出现乱码. 先说下把多个VCF文件合并成一个. 导出的vcf联系人是一个人一个VCF文件,一个一个导入太慢了.现有如下方法合并VCF文件:1.C盘根目录下建c…

首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,见如下命令: java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T VariantsToBinaryPed -R GRCh37.fa -V file.vcf --metaData sampleID.fam -mgq 0 -bed…

本文为作者原创,转载请注明出处:https://www.cnblogs.com/leisure_chn/p/10506636.html FFmpeg封装格式处理相关内容分为如下几篇文章: [1]. FFmpeg封装格式处理-简介 [2]. FFmpeg封装格式处理-解复用例程 [3]. FFmpeg封装格式处理-复用例程 [4]. FFmpeg封装格式处理-转封装例程 这几篇文章内容联系紧密,但放在一篇文章里内容太长,遂作拆分.章节号不作调整.基于FFmpeg 4.1版本. 1. 概述 1.1…

图像YUV格式介绍   1 YUV格式简介 YUV格式,与我们熟知的RGB类似,YUV也是一种颜色编码方法,主要用于电视系统以及模拟视频领域,它将亮度信息(Y)与色彩信息(UV)分离,没有UV信息一样可以显示完整的图像,只不过是黑白的,这样的设计很好地解决了彩色电视机与黑白电视的兼容问题.并且,YUV不像RGB那样要求三个独立的视频信号同时传输,所以用YUV方式传送占用极少的频宽. YUV格式有两大类:planar和packed.对于planar的YUV格式,先连续存储所有像素点的Y,紧接着存储…

问题描述:当登录icloud.com,进入通讯录的时候,导入VCF格式的联系人的时候会报错.如图: 1.从outlook的联系人中选一个联系人,导出联系人卡片-vCard文件 (如果是塞班手机,可以用export tool工具导出vcf格式文件,export tools支持如下版本和手机 Required : Symbian s60v3 & Sybmian s60v5 Compatible Devices : Symbian s60v3 & Sybmian s60v5 Phone: Nok…

vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很重要的文件,所以怎么处理它也显得十分重要.它的文件信息如下: 文件的开头是一堆以“##”开始的注释行,包含了文件的基本信息.然后是以“#”开头的一行,共9+n个部分,前九部分标注的是后面行每部分代表的信息,相当于表头.后面部分是样本名称,可以有多个.注释行结束后是具体的突变信息,每一行分为9+n个部…

参考资料 通讯录导入导出vcf格式文件方法可参考: https://qiaodahai.com/android-iphone-mobile-phones-contacts-import-and-export.htmlvCard维基百科:https://en.wikipedia.org/wiki/VCardvCard Format Specification:https://www.rfc-editor.org/rfc/pdfrfc/rfc6350.txt.pdf 手动导出实例 Android(A…

1 图像png格式简介 PNG是20世纪90年代中期开始开发的图像文件存储格式,其目的是企图替代GIF和TIFF文件格式,同时增加一些GIF文件格式所不具备的特性.流式网络图形格式(PortableNetwork Graphic Format,PNG)名称来源于非官方的“PNG’s NotGIF”,是一种位图文件(bitmapfile)存储格式,读成“ping”.PNG用来存储灰度图像时,灰度图像的深度可多到16位,存储彩色图像时,彩色图像的深度可多到48位,并且还可存储多到16位的α通道数据.…

前提:宿主机需要支持虚拟化,如果未打开,则需要重启机器,在bois中打开该项: Ubuntu 及 KVM 相关主要参考官方 https://wiki.ubuntu.com/kvm 另外也可参考该页面:http://wiki.ubuntu.com.cn/Kvm%E6%95%99%E7%A8%8B  一.官方提供的办法: 1.首先检查机器是否支持虚拟化: haochuang@Server-CI:~$ grep vmx /proc/cpuinfo…

(1)alsa pcm (2)g711 (3)aac (4) --------------author:pkf -------------------time:2-4 ---------------------------qq:1327706646 (1)alsa pcm (2)g711 G.711   G.711   也称为PCM(脉冲编码调制),是国际电信联盟订定出来的一套语音压缩标准,主要用于电话.它主要用脉冲编码调制对音频采样,采样率为8k每秒.它利用一个 64Kbps 未压缩通道传输语…

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6721167201018jik.html Change Logs: 13/01/12: 增加了一篇文献,外加一些无聊的修改.12/08/20: 修正了一个代码错误:增加了对-rf(Read filters)参数的说明.12/08/14: 补充了2.x版本有改动的一些地方.12/08/10: 更正一个错误.12/11/06:因为后面一直都没什么时间,同时也觉得没有什么好讲的了就一直搁置了,在这边再补充说明一下,其实GATK毕竟只…

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6721167201018fyw.html GATK (全称The Genome Analysis Toolkit)是Broad Institute开发的用于二代重测序数据分析的一款软件,里面包含了很多有用的工具. 网址:http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php/Home_Page 前段时间刚发布了2.x版本的,最近几天都在不断更新,网址也搬迁到 http://www.br…

vcf格式示例 ##fileformat=VCFv4.1 ##FILTER=<ID=LowQual,Description=”Low quality”> ##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description=”Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed”> ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Descripti…