OR Gene Family Phylogeny 1.之前关于ORs基因构建系统生发树的研究中的不足:bootstrap support values在有些family中高,bootstrap support values在有些family中低.而我们现在的这个研究bootstrap support values在大部分物种(48 birds +2 爬行+Niimura 2009b中的物种)中超过80%.树如图:   bootstrap support values:对n个样本进行多次重复实验(…

Olfactory Bulb Ratio, ORs Gene Repertoire, and Olfactory Ability 1.Olfactory Bulb的生物学意义:a.生存 b.嗅觉能力 2.Olfactory Bulb Ratio与嗅觉能力成正比 基于以上table得到线性相关图: a.解释nomoral值: b.解释outlier: 而该统计中的outlier物种则是快速进化的example(因为观察chicken, zebra finch, and budgerigar可知其特…

Enhanced Role of OR Gene Loss (Pseudogenization) in Birds 1.因为文献已经证明(a)基因缺失和得到对于进化有影响,(b)大的基因家族对进化影响更大(because of the broader range of evolutionary pressures that act upon them),所以要研究ORs gene family(big size)对进化的影响: 构建系统生发树:由table4得到鸟类系统生发树: 所以:the o…

使用KOBAS进行KEGG pathway和Gene Ontology分析 Article from Blog of Alfred-Feng http://blog.sina.com.cn/u/1706691033 现在使用在线的通路注释,一般使用DAVID.KOBAS等工具.不同的工具可能需要输入不同的基因名或基因编号.下面举例操作一遍. 1 在gprofiler网站进行基因ID转换. 进入网址“http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gconvert.cgi”,选择g:…

使用tophat和cufflinks计算RNA-seq数据的表达水平时,当一个基因在一个样本中有多个表达水平时需要合并它们的表达水平. This code is a solution to collapsing duplicate FPKMs for a gene. CollapseFPKM This code is a solution to collapsing duplicate FPKMs for a gene Problem/Issue: In the cufflinks output…

做基因组注释 先用augustus训练,然后再用maker做基因注释 augustus提供一些训练好的,如果有和你的物种非常接近的,直接用提供的,没有的话再自己训练. 网址: http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/ 老版本下载: http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/old/ 最后选择下载2.7的 新版本3.2的实在是装不上 太麻烦了!!!!! 下载好后,解压,cd src, sudo ma…

路由类 Gene\Router 介绍 Gene\Router 是gene框架的核心类之一,本框架区别于其他常见框架的最大地方就是独特.强大.简单的路由定义等.路由强大灵活,支持回调.类方法:支持rest.http请求方式(get,post,put,patch,delete,trace,connect,options,head)等: 支持定义全局.局部钩子,每个方法可以定义清理全局钩子等. 实例化 初始化路由,传递缓存key,将会把路由配置缓存起来.Gene\Router如果作为gene_appl…

欢迎使用Gene框架 最新版本:V1.2.2 开源地址:https://github.com/sasou/php-gene 作者:sasou 文档地址:http://php-gene.com/doc 概览 介绍 Gene 是一个灵活.强大.简单.高效的c扩展框架.通过精心的设计与高效的技术实现,配合数据库.缓存等类库,带来新的开发体验. 特点概述 简单 :入门快,配置简单: 灵活 :灵活安全的路由,前置.后置注入等: 强大 :配置进程级缓存,路由配置简单强大.支持函数回调.支持rest风格等.…

 今天用到awk ofs 看到一篇不错文章 awk中RS,ORS,FS,OFS区别与联系 张映 发表于 2010-12-02 分类目录: shell 标签:awk, FS, OFS, ORS, RS, shell 学习awk时,一定要记得动手去实践,只有在实践中才能发现问题,以下就我在学习中和实践中的经验,总结一下RS,ORS,FS,OFS的区别和联系. 一,RS与ORS 1,RS是记录分隔符,默认的分隔符是\n,具体用法看下 [root@krlcgcms01 mytest]# cat test…

  awk之RS.ORS与FS.OFS RS:Record Separator,记录分隔符 ORS:Output Record Separate,输出当前记录分隔符 FS:Field Separator,字段分隔符 OFS:Out of Field Separator,输出字段分隔符 PS:RS.ORS.FS.OFS的英文解释绝不是这样的,这里只是解释清楚.建议去阅读awk的英文读物,其中解释了缩写的含义. 什么是field(字段),什么是record(记录行)? 示例: 1.txt i am…

Human Gene Functions Time Limit: 1000MS Memory Limit: 10000K Total Submissions: 18053 Accepted: 10046 Description It is well known that a human gene can be considered as a sequence, consisting of four nucleotides, which are simply denoted by four let…

题目地址:http://poj.org/problem?id=1080 Description It is well known that a human gene can be considered as a sequence, consisting of four nucleotides, which are simply denoted by four letters, A, C, G, and T. Biologists have been interested in identifyi…

linux awk 中 RS,ORS,FS,OFS 区别与联系 http://blog.csdn.net/jesseen/article/details/7992929…

Human Gene Functions Time Limit: 1000MS   Memory Limit: 10000K Total Submissions: 17206   Accepted: 9568 Description It is well known that a human gene can be considered as a sequence, consisting of four nucleotides, which are simply denoted by four…

Problem Description It is well known that a human gene can be considered as a sequence, consisting of four nucleotides, which are simply denoted by four letters, A, C, G, and T. Biologists have been interested in identifying human genes and  determin…

比如文本如下:123abc合并后的结果是:1 2 3a b c #.txt a b c awk之RS.ORS与FS.OFS 转自http://www.cnblogs.com/fhefh/archive/2011/11/16/2251656.html RS:Record Separator,记录分隔符 ORS:Output Record Separate,输出当前记录分隔符 FS:Field Separator,字段分隔符 OFS:Out of Field Separator,输出字段分隔符 PS…

Description Input Output Sample Input 3A+00A+A+ 00B+D+A- B-C+00C+ Sample Output bounded Hint 题解 //It is made by Awson on 2017.9.19 #include <map> #include <set> #include <cmath> #include <ctime> #include <queue> #include <…

RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧). 普通的转录组套路并不多,差异表达基因.富集分析.WGCNA network以及一些没卵用的花式分析.DEG分析是基础,up and down,做个富集,了解一下处理后到底是什么通路被改变了:WGCNA主要就是根据相关性来找出一些co-express的gene module. 单细胞的转录组的玩法就比较多了,可以理解为超多样本的普通转录组,普通转录…

gene ontology为了查找某个研究领域的相关信息,生物学家往往要花费大量的时间,更糟糕的是,不同的生物学数据库可能会使用不同的术语,好比是一些方言一样,这让信息查找更加麻烦,尤其是使得机器查找无章可循.Gene Ontology就是为了解决这种问题而发起的一个项目.    Gene Ontology中最基本的概念是term.GO里面的每一个entry都有一个唯一的数字标记,形如GO:nnnnnnn,还有一个term名,比如"cell", "fibroblast gro…

在做单细胞的时候,有很多基因属于noise,就是变化没有规律,或者无显著变化的基因.在后续分析之前,我们需要把它们去掉. 以下是一种找出highly variable gene的方法: The feature selection procedure is based on the largest difference between the observed coefficient of variation (CV) and the predicted CV (estimated by a no…

1.基因系列中的data索引 2.基因ID之间的转换 对于生信,依托于别人的工具不如自己动手,由于研究发表的滞后性,往往很多工具提供的转换并不是最新的,况且开发者水平也参差不齐,理解原理才能让你来去自如. 今天主要记录几个ID转换的方式: 以果蝇为例 详细的了解阅读下面:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/README 1.从NCBI下载基因ID信息:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/GENE_INFO/Inverte…

题目描述 As a gene engineer of a gene engineering project, Enigma encountered a puzzle about gene recombination. It is well known that a gene can be considered as a sequence, consisting of four nucleotides, which are simply denoted by four letters, A, C,…

在自己的研究工作中,经常会遇到一些需要对Gene ID进行转换的情况.目前存在着大量的生物信息数据库,每个数据库都有自己定义的ID命名规则,转换起来实在是一个很大的工作.举个例子,之前构建的Human PPI network, 共选用相关数据库有6个,其中对于蛋白的命名相关的形式多达近10中,耗费了一个多月的时间才完成此ID归一化的过程.当然这个过程中是借助相关的Gene ID Coversion Tools.下面就对生物信息中用到的IDs Conversion的相关工具进行列举:1. DAVI…

参考:高通量测序相关名词 Isotig 指在转录组de novo测序时,用454平台测序完成后组装出的结果,一个isotig可视为一个转录本. Isogroup 指转录组de novo测序中,用454平台测序完成后组装出的结果获得的可聚类到同一个基因的转录本群. alternative splicing:可变剪切 gene loci:基因座(wiki), 转录表达谱:又叫基因表达谱,翻译表达谱的话,就是蛋白表达谱. 表达谱差异分析(differential expression profilin…

Human Gene Functions Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 65536/32768 K (Java/Others) Total Submission(s): 3103    Accepted Submission(s): 1761 Problem Description It is well known that a human gene can be considered as a sequence,…

1.          Summary The document is about the general idea of the architecture design of the Bitizens game, the detail logic is more complicated than what is documented here, and the actual logic will be somewhat different from what is documented her…

在linux 中,总是会忘记FS\OFS\RS\ORS的使用 下面一张图非常明晰的显示…

MicroRNA in Control of Gene Expression:An Overview of Nuclear Functions微RNA控制基因表达:核功能概述 抽象:小的非编码RNA(ncRNA)能够以序列特异性方式控制基因表达的发现对生物学产生了巨大影响.最近的改进很高吞吐量排序和计算预测方法已经允许发现和几种类型的ncRNA的分类.基于它们的前体结构,生物发生途径和作用模式,ncRNA被分类为小干扰RNA(siRNAs),microRNAs(miRNA),PIWI相互作用的R…

无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biological replicates BMC Bioinformatics 的一篇文章中提出了一种新的差异基因分析方法. 这篇文章提出了CORNAS(COverage-dependent RNA-Seq) 方法,利用贝叶斯方法来推断真实基因表达数的  后验分布. 其创新型之一该方法包括了由RNA样品浓度决定的…

Linux中awk后面的RS, ORS, FS, OFS 含义 一.RS 与 ORS 差在哪   我们经常会说,awk是基于行列操作文本的,但如何定义“行”呢?这就是RS的作用.  默认情况下,RS的值是\n.下面通过实例来理解下RS. echo '1a2a3a4a5' | awk '{print $1}' 1a2a3a4a5 echo '1a2a3a4a5' | awk 'BEGIN{RS="a"}{print $1}' 1 2 3 4 5我们可以看到,在更改了RS的值后,awk定义…