一篇通俗的文章:eQTL Expression quantitative trait loci (eQTLs) are genomic loci that explain all or a fraction of variation in expression levels of mRNAs. 基因组位点,解释了基因表达的变化. A quantitative trait locus (QTL) is a section of DNA (the locus) which correlates wi…

到底什么是eQTL? eQTL和QTL之间有什么联系?为什么说QTL比eQTL难很多? QTL和GWAS有什么关系? GTEx数据库里的eQTL数据如何利用? 说eQTL之前必须先解释QTL,QTL,一说到中文名就清楚了,数量性状位点,就是一个性状,比如身高,会由成百上千个基因来决定,目的简单明确,那么我们如何找到这些位点呢? Quantitative Trait Locus (QTL) Analysis - 来自nature的介绍 实现层面,其实研究的不是基因,而是染色体上的区段,更明确的说就…

首先,进入NCBI的主页网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/ 进入后,在下图红色框框位置输入目的SNP,比如rs608139 输完后,出现如下结果,箭头指向的是该SNP当前所在基因座的位置,即p21,由于该SNP在2号染色体上,因为我们也写为2p21…

首先QTL是数量性状位点,比如身高是一个数量性状,其对应的控制基因的位点就是一个数量性状位点,而eQTL就是控制数量性状表达位点,即能控制数量性状基因(如身高基因)表达水平高低的那些基因的位点. 数量性状基因座:控制数量性状的基因在基因组中的位置称数量性状基因座.常利用DNA分子标记技术对这些区域进行定位,与连续变化的数量性状表型有密切关系 表达数量性状基因座(expression Quantitative Trait Loci,eQTL)是对上述概念的进一步深化,它指的是染色体上一些能特定调控…

paper:cepip: context-dependent epigenomic weighting for prioritization of regulatory variants and disease-associated genes Genotype-Tissue Expression Project (GTEx) - genome上的eQTL位点及其对特定组织的特定基因表达的影响,同时包含了不同eQTL之间的LD关系.这个整合多个疾病的数据.正如其名,该数据包含了genotype.…

全基因组选择(Genomic selection, GS)是一种利用覆盖全基因组的高密度标记进行选择育种的新方法,可通过早期选择缩短世代间隔,提高育种值(Genomic Estimated Breeding Value, GEBV)估计准确性等加快遗传进展,尤其对低遗传力.难测定的复杂性状具有较好的预测效果,真正实现了基因组技术指导育种实践. 原理 常规育种手段主要利用性状记录值.基于系谱计算的个体间亲缘关系,通过最佳线性无偏估计(best linear unbiased predication…

Targeted learning methods build machine-learning-based estimators of parameters defined as features of the probability distribution of the data, while also providing influence-curve or bootstrap-based confidence internals. The theory offers a general…

MongoDB with D3.js I consider interactive data visualization to be the critical tool for exploration of high-dimensional data. That’s led me to spend a good amount of time in the last few years learning some new skills (D3 and CoffeeScript) and devel…

一个工具的逻辑得足够完善.意义足够重大,才有资格发在NG上. A gene-based association method for mapping traits using reference transcriptome data - PrediXcan To impute the gene expressions of BACE2, BACE1, and APP, we considered 2 tissue models (each with >300 samples): (1) the…

RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? RNA-Seq和基因表达芯片相比,哪种方法更有优势?关键看适用不适用.那么RNA-Seq适用哪些研究方向?是否您的研究?来跟随本文了解一下RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? 无假设的研究设计和更高的发现能力RNA-Seq是一种基于测序的强大方法,让研究人员能够打破传统技术的低效和花费,如实时定量PCR(RT-PCR)和芯片.无论是将RNA-Seq添加到现有的研究方法中,还是从一种方法彻底转换到另一种,RNA-Seq都带来了许多显而易见的优势.这种方法不…

Cognition math based on Factor Space Wang P Z1, Ouyang H2, Zhong Y X3, He H C4 1Intelligence Engineering and Math Institute, Liaoning Technical Univ. Fuxin, Liaoning, 123000, China 2Jie Macroelectronics co. Ltd, Shanghai, 200000, China 3 I & CE Colle…

program à external_declaration | program external_declaration <程序> ->  <外部声明> |  <程序>  <外部声明> external_declaration à function_definition | declaration <外部声明>  ->   <函数定义>  |  <声明> function_definition à type_…

1 阅读并理解提供给大家的C语言文法文件. 2 参考该文件写出一个自己好理解版的现实版的完整版的C语言文法. 3 给出一段C程序,写出用上述文法产生这段C程序的推导过程. program → external_declaration | program external_declaration <源程序>→ <外部声明> | <源程序> <外部声明> external_declaration → function_definition | declarati…

Systematic LncRNA Classification From: http://www.arraystar.com/Services/Services_main.asp?ID=307 Analyzing the genomic context of LncRNAs can help predict their functional role. According to the relationship between LncRNAs and their associated prot…

program à external_declaration | program external_declaration <程序> ->  <外部声明> |  <程序>  <外部声明> external_declaration à function_definition | declaration <外部声明>  ->   <函数定义>  |  <声明> function_definition à type_…

program → external_declaration | program external_declaration <程序>→ <外部声明>|<程序><外部声明> external_declaration → function_definition | declaration <外部声明>→ <函数定义>|<声明> function_definition à type_specifier declarator co…

program → external_declaration | program external_declaration <源程序>→ <外部声明> | <源程序> <外部声明> external_declaration → function_definition | declaration 外部声明>→ <定义函数> |<声明> function_definition → type_specifier declarator…

比如:string str="6>5"; 要的效果是:bool result=6>5 方案一: 命名空间:System.Data: DataTable dt = new DataTable(); bool result= (bool)dt.Compute("","");dt.Compute(str, ""); 方案二: 动态表达式: public class Expression { object instance…

RegExp Regular Expression,正则表达式是一种表达    文本模式(字符串结构)  的式子. 常常用来按照“给定模式”匹配文本.比如,正则表达式给出一个 Email 地址的模式,然后用它来确定一个字符串是否为 Email 地址. JavaScript 的正则表达式体系是参照 Perl 5 建立的 新建正则表达式的两种方式 使用字面量,以斜杠表示开始和结束 在引擎编译代码时,就会新建正则表达式. 所以效率相对较高,而且,前者比较便利和直观,所以实际应用中,基本上都采用字面量定…

  image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a priori defined set of genes shows statistically significant, concordant differences between two biological states (e.g. phenotypes). 用GSEA做富集分析是非常简单的,结…

在Swift中,有四种表达式:前缀表达式,二进制表达式,主表达式和后缀表达式.评估表达式会返回一个值,导致副作用,或两者兼而有之. 前缀和二进制表达式允许您将运算符应用于较小的表达式.主要表达式在概念上是最简单的表达式,它们提供了一种访问值的方法.Postfix表达式(如前缀和二进制表达式)允许您使用后缀(例如函数调用和成员访问)构建更复杂的表达式.每种表达方式将在下面的部分中详细介绍. GRAMMAR OF AN EXPRESSION expression → try-operator opt…

语法: for ( for-range-declaration : expression ) statement 注意一般用auto表达类型.不需要修改时常用引用类型 例子: // range-based-for.cpp // compile by using: cl /EHsc /nologo /W4 #include <iostream> #include <vector> using namespace std; int main() { // Basic 10-elemen…

program à external_declaration | program external_declaration 翻译:<源程序>→ <外部声明> | <源程序> <外部声明> external_declaration à function_definition | declaration 翻译:外部声明>→ <定义函数> |<声明> function_definition à type_specifier decla…

program à external_declaration | program external_declaration <源程序> ->  <外部声明> |  <源程序>  <外部声明> external_declaration à function_definition | declaration <外部声明>  ->   <函数定义>  |  <声明> function_definition à typ…

1.init    初始化Jsp&Servlet方法   destroy 销毁Jsp&Servlet之前的方法   service 对用户请求生成响应的方法2.Jsp文件必须在jsp服务器内运行   Jsp文件必须生成servlet执行   每个jsp页面的第一个访问者速度很慢,因为必须等待jsp编译为servlet   jsp页面的访问者无需安装任何客户端,甚至不需要java的运行环境,因为jsp页面输送到客户端的是标准的html页面3.jsp注释:<%-- 注释内容 --%>…

机器学习中最常用最流行的语言工具现阶段应该是Python, 这篇文章主要介绍一些常用的Python语法知识.本篇博文适合那些有其他语言基础的程序员们,如果一点基础都没有,我建议先跳过.博主以前是做移动端开发的,所以本篇文章主要是为那些准备知识提升或者转行的程序员们准备的,可以让你们以最快的速度进入到Python的开发环境. 好了,首先在正式介绍Python的开发之前,大家都知道需要配置开发环境和IDE. 这里我介绍一下我常用的,叫做Anaconda, 大家可以自行下载,下载过后不用另外配置Pyt…

炎症 (inflammation) 是机体对致炎因子的损伤所发生的一种以防御反应为主的基本病理过程.翻译后修饰(PTMs)在调节多种炎症信号通路中起着重要作用,如磷酸化(phosphorylation,P).泛素化(ubiquitination,Ub)和乙酰化(acetylation,Ac)已报道对病原体识别受体(PRR)依赖性炎症反应有多种影响.已有许多研究探讨了PTMs在先天免疫中的作用,但对其中PTM的动态变化,尤其是不同PTM间的Crosstalk却依然知之甚少. 近日,浙江大学附属第一…

目录 什么是基因组选择? 基因组选择技术的发展 基因组选择的原理和流程 基因组选择的模型 基因组选择的展望 参考资料 什么是基因组选择? 基因组选择(Genomic Selection,简称GS)这一概念由挪威生命科学大学的Theo Meuwissen 教授于2001年提出.它是一种利用覆盖全基因组的高密度分子标记进行选择育种的新方法,可通过构建预测模型,根据基因组估计育种值(Genomic Estimated Breeding Value, GEBV)进行早期个体的预测和选择,从而缩短世代间隔…

文献名:Elevated Hexokinase II Expression Confers Acquired Resistance to 4-Hydroxytamoxifen in Breast Cancer Cells(升高的己糖激酶II表达使得乳腺癌细胞获得对他莫昔芬的抗性) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年9月) IF:4.828 单位: 加州大学河滨分校 研究对象:乳腺癌细胞 技术:靶向蛋白组学   一. 概述: 本文应用了基于并行反应监测(PRM)…

参考:高通量测序相关名词 Isotig 指在转录组de novo测序时,用454平台测序完成后组装出的结果,一个isotig可视为一个转录本. Isogroup 指转录组de novo测序中,用454平台测序完成后组装出的结果获得的可聚类到同一个基因的转录本群. alternative splicing:可变剪切 gene loci:基因座(wiki), 转录表达谱:又叫基因表达谱,翻译表达谱的话,就是蛋白表达谱. 表达谱差异分析(differential expression profilin…