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bowtie:短序列比对的新工具(转) (2014-11-17 22:15:24) 转载▼ 标签: 转载   原文地址:bowtie:短序列比对的新工具(转)作者:玉琪星兆 Bowtie是一个超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具.它在拼接35碱基长度的序列时,可以达到每小时2.5亿次的拼接速度. Bowtie并不是一个简单的拼接工具,它不同于Blast等.它适合的工作是将小序列比对至大基因组上去.它最长能读取1024个碱基的片段.换言之,bowtie非常适合下一代测序技术. 在…

[Introduction] make 是程序员很好用的工具,如果存在makefile存在,每次更新代码,执行shell命令 shell 就可以执行所有需要编译的文件,make是根据你编写的Makefile文件和源程序的最后的修改时间来决定哪些文件需要更新重编的. [Introduction to Makefiles] 问题的关键是如何编写一个Makefile文件,我们都是通过Makefile 来告诉make工具怎么去做.一个简单的makefile的规则如下: target ... : prer…

https://www.kernel.org/doc/Documentation/kbuild/kconfig-language.txt Introduction ------------ The configuration database is a collection of configuration options organized in a tree structure: +- Code maturity level options | +- Prompt for developme…

Introduction to OOC Programming Language 文/akisann @ cnblogs.com / zhaihj @ github.com 本文同时发布在github上:https://github.com/zhaihj/intro-ooc 本文遵循CC-BY-NC. 我想试一门新语言……但: 我希望这门语言能简洁易懂 —— 排除了Perl/Rust... 我不想自己管理内存 —— 排除了C/C++/Object Pascal... 最好它能跟C差不多快 ——…

注:本文参照博客:https://blog.csdn.net/initphp/article/details/7692923 1. 概述2. 示例说明2.1 无makefile编译2.2 有makefile编译3.Makefile详解3.1 Makefile的文件名称3.2 目标可执行文件3.3 中间目标文件3.4 生成目标文件的命令3.5 换行符\3.6 clean清除操作4. 执行流程5. 变量使用6. make的自动推导功能7. include引用其他文件 1. 概述 Makefile是一…

[中英对照]Introduction to DPDK: Architecture and Principles | DPDK概论: 体系结构与实现原理   Introduction to DPDK: Architecture and Principles | DPDK概论:体系结构与实现原理 Linux network stack performance has become increasingly relevant over the past few years. This is perfe…

一.Introduction(入门) 1.Application Fundamentals(应用程序基础) Android apps are written in the Java programming language. The Android SDK tools compile your code-along with any data and resource files-into an APK: an Android package, which is an archive file…

Introduction P4 is a declarative language for expressing how packets are processed by the pipeline of a network forwarding element such as a switch, NIC, router or network function appliance. It is based upon an abstract forwarding model consisting o…

http://www.grymoire.com/unix/sed.html Quick Links - NEW Sed Commands : label # comment {....} Block =- print line number a \- Append b label- Branch c \ - change dand D- Delete gand G- Get hand H- Hold i \- Insert l- Look nand N- Next pand P- Print q…

16.1 Introduction Chapter15讲的是同一个machine之间不同进程的通信,这一章内容是不同machine之间通过network通信,切入点是socket. 16.2 Socket Descriptors socket抽象上是一个communication endpoint,具体就是一个int型变量.生成socket的函数如下: int socket(int domain, int type, int protocol) 函数有点儿类似open,即打开一个socket d…

问题描述 利用toolchian.cmake设置好编译器后,利用make指令生成静态库,出现以下问题 Error running link command: No such file or directory 出错原因,toolchain.cmake文件内没有声明静态库生成器AR:解决方式,在toolchian.cmake文件内添加下面的声明 SET(CMAKE_AR $(TOOLCHAIN_DIR)/bin/arm-linux-gnueabihf-ar CACHE FILEPATH "Arch…

原文:WPF 动态添加控件以及样式字典的引用(Style introduction) 我们想要达到的结果是,绑定多个Checkbox然后我们还可以获取它是否被选中,其实很简单,我们只要找到那几个关键的对象就可以了. 下面是Ui,其中定义了一个WrapPanel来存放CheckBox,还有两个按钮,用于测试相关功能. <Window x:Class="WpfApplication1.MainWindow" xmlns="http://schemas.microsoft.c…

掐指一算,留学生们最近应该马上遇到Presentation作业.一般来说,这类的任务会占最终成绩的20-30%,对于期末成绩有一定的影响,如果想拿高分,就需要好好的准备.所以本文算是系列里的第一篇(扫盲贴+highlight),教如何在Presentation拿高分. 那,怎么样是一个合格的甚至是优秀的presentation呢?明确问题+解决问题(头脑风暴)+勤加练习(口语表达&时间控制). 01明确问题 首先,明确下老师的要求是什么? 如: Task:Describe and critiqu…

掐指一算,留学生们最近应该马上遇到Presentation任务.一般来说,这类的任务会占最终成绩的20-30%,对于期末成绩有一定的影响,如果想拿高分,就需要好好的准备. 所以本文算是系列里的第一篇(扫盲贴+highlight),教如何在Presentation拿高分. 那,怎么样是一个合格的甚至是优秀的presentation呢?明确问题+解决问题(头脑风暴)+勤加练习(口语表达&时间控制). 01明确问题 首先,明确下老师的要求是什么? 如: Task:Describe and critiq…

本博客是针对李宏毅教授在Youtube上上传的课程视频<ML Lecture 0-1: Introduction of Machine Learning>的学习笔记.在Github上也po了这个系列学习笔记(MachineLearningCourseNote),觉得写的不错的小伙伴欢迎来给项目点个赞哦~~ Lecture 0-1: Introduction of Machine Learning Lecture 0-1: Introduction of Machine Learning Wha…

说说Makefile那些事儿 |扬说|透过现象看本质 工作至今,一直对Makefile半知半解.突然某天幡然醒悟,觉得此举极为不妥,只得洗心革面从头学来,以前许多不明觉厉之处顿时茅塞顿开,想想好记性不如烂笔头,便来说说Makefile那些事儿. Makefile到底是个啥玩意儿 Makefile就是一文本文件. ----------------------------------------------- $ file Makefile Makefile: ASCII make commands…

1.1在这之前,我们需要了解程序的编译过程 a.预处理:检查语法错误,展开宏,包含头文件等 b.编译:*.c-->*.S c.汇编:*.S-->*.o d.链接:.o +库文件=*.exe 1.2体验在VC下程序的编译 a.先编译,在链接 b.修改了哪个文件,就单独编译此文件,在链接 c.修改了哪个头文件,就单独编译使用该头文件的源文件,在链接 1.3在linux下实现上述要求 2.编写一个测试的Makefile 2.1直接编译链接 gcc -o test a.c b.c 缺点:改变其中一个文…

makefile中的编写内容如下: www:hello.c x.h gcc hello.c -o hello clean: rm hello www:hello.c  x.h 表示生成www这个文件需要hello.c 和 x.h这两个文件 rm hello 表示在shell中执行make clean 时会执行rm  hello 即删除hello这个文件…

相信很多朋友都有过这样的经历,看着开源项目中好几页的makefile文件,不知所云.在日常学习和工作中,也有意无意的去回避makefile,能改就不写,能用ide就用ide.其实makefile并没有想象的那么难写,只要你明白了其中的原理,自己实践几次.你也可以自己写makefile,让别人对你头来羡慕的目光. 下面本人介绍一下自己的学习成果,初学阶段,欢迎大家多多指正.简单的说,makefile定义了一系列的规则来指定,哪些文件需要先编译,哪些文件需要后编译,哪些文件需要重新编译,甚至可以在m…

本文教你如何使用autoconf.automake等来制作一个以源代码形式(.tar.gz)发布的软件.并可在执行configure时使用自定义参数. 一.概述和基础知识 在Linux下得到一个以源代码形式发布的包(一般为.tar.gz或.tar.bz2格式),我们可以用 ./confiugure.make.make install来编译安装,其中在运行./configure的时候还可以根据自己的需要加入不同的参数(可用./configure --help来查看参数表). 先说说执行./conf…

Hi,大家好!我是CrazyCatJack.最近在学习Linux内核的配置.编译及Makefile文件.今天总结一下学习成果,分享给大家^_^ 1.解压缩打补丁 首先是解压缩你获取到的Linux内核.这里我用到的是linux.2.22.6版本的内核.在Linux下命令行通过tar xjf linux.2.22.6.tar.bz2解压内核.然后,如果你需要对这个内核打补丁的话,用patch命令:patch -px <../linux.2.22.6.patch.这里的px指的是忽略掉补丁文件中描述的…

项目组用到了 Node.js,发现下面这篇文章不错.转发一下.原文地址:<原文>. ------------------------------------------- A chatroom for all! Part 1 - Introduction to Node.js Rami Sayar 4 Sep 2014 11:00 AM 7 This node.js tutorial series will help you build a node.js powered real-time…

默认的情况下,make会在工作目录(执行make的目录)下按照文件名顺序寻找makefile文件读取并执行,查找的文件名顺序为:“GNUmakefile”.“makefile”.“Makefile”.通 常应该使用“makefile”或者“Makefile”作为一个makefile的文件名(我们推荐使用“Makefile”,首字母大写而比较显著, 一般在一个目录中和当前目录的一些重要文件(README,Chagelist等)靠近,在寻找时会比较容易的发现它).而“GNUmakefile”是 我们…

实例1:Makefile编译链接简单.c函数 example.c Makefile exe: example.c gcc example.c -o exe clean: rm exe 执行效果: 实例2: CC = arm-linux-gcc LD = arm-linux-ld OBJCOPY = arm-linux-objcopy OBJDUMP = arm-linux-objdump AR = arm-linux-ar INCDIR := $(shell pwd) # C预处理器的flag,…

gcc基本语法格式:gcc [-选项] 源文件 [-选项] 目标文件,GCC编译C程序的过程: 预处理:gcc -E hello.c hello.i.-E指定执行到预处理结束,下面类似. 编译:gcc -S hello.i -o hello.S. 汇编:gcc -c hello.S -o hello.o. 链接:gcc hello.o -o hello.链接阶段就需要涉及到函数库了,举例说明:要执行printf函数,我们都会#include <stdio.h>,但是预处理只能包含进stdio.…

Source: Connected Brain Figure above: Bullmore E, Sporns O. Complex brain networks: graph theoretical analysis of structural and functional systems.[J]. Nature Reviews Neuroscience, 2009, 10(3):186-198. Graph measures A graph G consisting of a set of…

1. make工具 利用make工具可以自动完成编译工作,这些工作包括: 如果修改了某几个源文件,则只重新编译这几个源文件 如果某个头文件被修改了,则重新编译所有包含该头文件的源文件 利用这种自动编译可以大大简化开发工作,避免不必要的重新编译.make工具通过一个称为Makefile的文件来完成并自动维护编译工作,Makefile文件描述了整个工程的编译.连接规则. 2. Makefile文件 Makefile描述了整个工程的编译连接规则.Makefile的基本规则为: TARGET...: D…

-------------------paper--------------------- 一种基于GPU并行计算的MD5密码解密方法 0.abstract1.md5算法概述2.md5安全性分析3.基于GPU的爆破3.1GPGPU3.2CUDA3.3implementation4性能对比 -----------------presentation------------------ [Code] Section 0:Introduction of MD5, and its application…

CFLAGS 表示用于 C 编译器的选项,CXXFLAGS 表示用于 C++ 编译器的选项.这两个变量实际上涵盖了编译和汇编两个步骤. CFLAGS/CPPFLAGS: 指定头文件(.h文件)的路径,如:CFLAGS=-I/usr/include -I/path/include.同样地,安装一个包时会在安装路径下建立一个include目录,当安装过程中出现问题时,试着把以前安装的包的include目录加入到该变量中来. LDFLAGS:gcc 等编译器会用到的一些优化参数,也可以在里面指定库文件…