进行Blast比对,用参数-m 6 可以以列表的方式输出结果,结果中从左到右每一列的意义分别是: [00] Query id [01] Subject id [02] % identity [03] alignment length [04] mismatches [05] gap openings [06] q. start [07] q. end [08] s. start [09] s. end [10] e-value [11] bit score…

转载]Blast本地化:使用Blastall进行数据库比对 (2012-02-13 21:25:31)   用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常强大,其下面有非常多的参数,但是一般使用的参数如:-p.-i.-d.-o.-e等几个. -p: 执行的程序名称 -d: 搜索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名(Query File) -e:(数学)期望值(Expectation value),E值是个统计阈值,缺省值10, 意指比对结果中由于随…

格式化数据库: makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname 参数说明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:数据库类型,prot或nucl -out:数据库名 蛋白序列比对蛋白数据库(blastp): blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_thre…

我生信入门,老师就要求我学好blast比对,说得也确实是很有道理,是个人都知道比对是最基本的东西,现在再想想那老师的建议,也只能呵呵一笑. 北大生物信息公开课有一章专门讲得序列数据库搜索,可以好好看看,快速入门. 序列数据库搜索 BLAST算法 Basic Local Alignment Search Tool BLAST使用…

Blast,全称Basic Local Alignment Search Tool,即"基于局部比对算法的搜索工具",由Altschul等人于1990年发布.Blast能够实现比较两端核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能,它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低. Blast的运行方式是先用目标序列建数据库(这种数据库称为database,里面的每一条序列称为subject),然后用待查序列(query)在database中搜索,每一条query与da…

JAVA 急速WEB框架Blast --对JavaWeb的学习性框架,参考了spring的实现 --阅读Blast源码可以快速掌握JavaWeb常用技术和方法论,并付诸实践 Blast 是基于 Java 语言的极速 WEB 框架,其核心设计目标是开发迅速.代码量少.学习简单.功能强大.轻量级.在拥有Java语言所有优势的同时再拥有ruby.python等动态语言的开发效率!为您节约更多时间,去陪恋人.家人和朋友 ;) 实现功能 IOC 依赖注入 AOP 面向切面 注解支持 样例 启动Blast容…

建库 减压后,改名为blast,并在blas目录在建立db文件1,建立数据库makeblastdb -in db.fasta -dbtype nucl(prot) -parse_seqids -hash_index -out dbname 还有formatdb    http://boyun.sh.cn/bio/?p=1483 建立核算库:  formatdb -i  fa -p F -o T 2.比对 blastn为例:blastn -query tese.fa -db dbname -out…

最近要做一个跟生物有关的项目,隔行如隔山呀,好多工具以前都没听过,blast分到我头上啦,查查,查查 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具.BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较.BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明. 这个链接下有很多加入了blast功能的生物网站:https://www.plob.org/article/6674.html, blast官网: ht…

NCBI 教程:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279681/ 本地使用 blast 的步骤 1. 构建本地数据库索引 $makeblastdb -in hs_chr.fasta -dbtype nucl -out hs_chr 2. 进行比对…

之前的文章:构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 本地运行blast时,需要指定out format. 常见的网页版blast结果可以参照:Blast结果的详细解析 *** Formatting options -outfmt <String> alignment view options: 0 = Pairwise, 1 = Query-anchored showing identit…

用bioperl 解析blast的默认输出结果, 整理成-m8格式的输出 #!/usr/bin/perl use Bio::SearchIO; my ($blast) = @ARGV; my $searchio = new Bio::SearchIO(-format => "blast", -file => "test.bls"); while (my $result = $searchio->next_result) { while (my $h…

Peptide Sequence Databases蛋白序列的数据库 nrAll non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + PDB + SwissProt + PIR + PRF所有非冗余的的GenBank CDS区的翻译序列 + 参考序列的蛋白 + PDB数据库 + SwissProt蛋白数据库 + PRF蛋白数据库 refseqRefSeq protein sequences from NCBI’s Referenc…

参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast…

详细可参考https://www.jianshu.com/p/2f125cdf8262:https://blog.csdn.net/qq_34296043/article/details/54427786两篇文章 1)下载网址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 2)解压到文件夹.此处为E:\software\blast_2.8.0_alpha\.会自动出现一个bin文件夹(放置程序,如下图),一个doc文件夹(放置文件).然后…

1)blast产生背景 双序列比对可以采用是基于动态规划算法的Needleman-Wunsch(NW)和Smith-Waterman algorithm(SW)算法,虽然精度高,但计算消耗大.当与数据库比对的时候,该算法就显得不切实际.因此TASTA,blast采用启发式算法使得通过大幅度丢失灵敏度来减少运行时间.与FASTA软件相比,blast通过把搜索限制在狭隘的矩阵对角线条带上,来改进FASTA进行数据库搜索的速度. 2)blast的大致原理 blast 程序首先查询query序列的所有子…

1)wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.8.0alpha/ncbi-blast-2.8.0-alpha+-x64-linux.tar.gz 2)tar -zxvf ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz 3)mv  ncbi-blast-2.8.0+/ blast 4)echo 'PATH=/home/jxdong/biosoft/blast/bin:$PATH' >> ~/.ba…

JAVA 急速WEB框架Blast ——对JavaWeb的学习性框架,参考了spring的实现 ——阅读Blast源码可以快速掌握JavaWeb常用技术和方法论,并付诸实践 Blast 是基于 Java 语言的极速 WEB 框架,其核心设计目标是开发迅速.代码量少.学习简单.功能强大.轻量级.在拥有Java语言所有优势的同时再拥有ruby.python等动态语言的开发效率!为您节约更多时间,去陪恋人.家人和朋友 ;) 实现功能 IOC 依赖注入 AOP 面向切面 注解支持 样例 启动Blast容…

D - Blast the Enemy! Time Limit:3000MS     Memory Limit:0KB     64bit IO Format:%lld & %llu Submit Status Practice UVALive 4426 Description A new computer game has just arrived and as an active and always-in-the-scene player, you should finish it bef…

1 下载程序 在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下载 ncbi-blast-2.2.25+-x64-linux.tar.gz 2 解压 如解压到用户的主目录(/home/***)下,把解压后的文件夹重新命名为blast,则BLAST+的所有程序在目录/home/***/blast/bin下. 3 添加环境变量 打开终端(Terminal),切换为root用户,执行vim /etc/profile 在最末尾添加e…

1.把BLAST的压缩文件解压,然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下:2.制作软链接,将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下,eg:ln -s /home/username/blast/bin:3.在当前用户目录下,编辑bashrc文件,在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;4.在当前目录下,将数据文件格式化,$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T 5.将待进行blas…

Ubuntu安装BLAST 2014-02-09 10:45:03|  分类: Linux/Ubuntu|举报|字号 订阅     下载LOFTER我的照片书  |     very easy! sudo apt-get install blast2 将自动安装以下程序: bl2seq blast2 blastall blastall_old blastcl3 blastclust blastpgp 具体程序参数请在终端输入程序名查看 转自:http://azaleasays.com/2008/…

blast+有三大工具类型: 功能 search database filter 命令 blastn, blastp, blastx, tblastx, tblastn, psiblast, rpsblast, and rpstblastn makeblastdb, blastdb_aliastool, makeprofiledb, and blastdbcmd segmasker, dustmasker, and windowmasker.                         1.…

from: https://secure.clcbio.com/helpspot/index.php?pg=kb.page&id=113 Can I run a local BLAST search again multiple blast databases simultaneously? (blast, blastn, blastp, blastx, serveral databases)By default, you will be offered single BLAST databas…

转载:http://www.bio1000.com/experiment/fenzi/237846.html 标签: NCBI Blast LASTP 摘要 : NCBI BLAST比对结果报告分析:BLAST是NCBI开发的一款序列相似搜索程,常用在线的BLAST比对工具进行序列比对分析和引物设计.   ncbi blast比对结果报告分析:BLAST是NCBI开发的一款序列相似搜索程,常用在线的BLAST比对工具进行序列比对分析和引物设计. 写在解读报告之前的,首先就使用Blast最终的目的…

1.formatdb -i /share/nas1/huangt/project/IsoSeq/BMK170104-E545-03-a/Analysis_T01/MoveRebundant/T01/combined/all_sizes.quivered_hq.fasta -p F -o T -n T01_db 2.blastall -p blastn -d T01_db -i T01.fasta -o T01_out & blastall -p blastn -d T01 -i query.fa…

下载数据 #此处下载对应物种的数据库ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/,下载fna格式的即可   wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Arabidopsis_thaliana/CHR_I/NC_003070.fna #将数据改名为Arabidopsis_thaliana.fna mv NC_003070.fna Arabidopsis_thaliana.fna #我下载的是拟兰介的1号染色体,取其前100000行作为我的测试数据 h…

简介 NCBI除了提供在线的Web BLAST序列比对服务外,还提供FTP方式下载序列比对工具.这允许在本地平台上针对从NCBI下载或本地创建的数据库执行BLAST搜索.这些实用程序没有图形用户界面,通过类似DOS的命令窗口运行,并通过基于文本的命令行开关接受输入. 以下内容介绍了在运行Windows 7操作系统的PC上安装BLAST+和示例NCBI数据库所需的步骤. 下载 BLAST+软件包ncbi-blast-#.#.#+-win64.exe,适用于运行64位Windows操作系统的PC上.…

以前有的是非完整时间写的博客,抽时间需要统一整理一下. 今天在重新装repeatmasker. 整个过程是这样的,有关联的事情有两个. 1. 装repeatmasker需要各种Prerequisites,其中就可能用到了blast,而之前一直找这个版本的blast,在ncbi硬是没有找到: For RMBlast ( NCBI Blast modified for use with RepeatMasker/RepeatModeler ) please go to our download pa…

链接:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=830496&do=blog&quickforward=1&id=640600 Linux下BLAST+的本地化(NCBI-BLAST 2.2.29+): 1.  下载软件BLAST: 在以下网址  ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 下载:   ncbi-blast-2.2.29+-x6…

1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库(F - nucleotide)/蛋白质序列数据库(T – protein),default = T -a 输入数据库的格式是否为ASN.1/FASTA [T/F],default = F -o 解析选项:解析序列标识并且建立目录[T/F],default = F -l 自定义log文件命令defa…