基因组里的小写字母的序列就是soft masking,也就是被标记的重复序列. 怎么把重复序列提取出来,保存为bed文件? 参考:Uppercase vs lowercase letters in reference genome…

全基因组测序 Whole Genome Sequencing 全基因组测序(Whole Genome Sequencing,WGS)是利用高通量测序平台对一种生物的基因组中的全部基因进行测序,测定其 DNA 的碱基序列.利用该技术可在全基因组水平上检测单核苷酸变异 (SNV).插入缺失 (InDel).拷贝数变异 (CNV) 和结构变异 (SV) 等多种全面的突变信息. 研究应用 全基因测序广泛应用于临床医药研究.群体遗传学研究.关联分析.进化分析.变异检测.遗传图谱构建.功能基因挖掘和群体进化…

来自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程,能够组合GeneMark,AUGUSTUS和转录组数据. 在使用软件之前,有几点需要注意下 尽量提供高质量的基因组.目前随着三代测序价格下降,这一点问题不大. 基因组命名应该简单,最好就是">contig1"或">tig000001" 基因组需要屏蔽重复序列 默认参数通常表现效果就很好,但是也要根据物种…

生命组学: 泛基因组学:用于描述一个物种基因组,据细菌基因组动力学,因为细菌的基因漂移使得各个细菌之间的基因组差异很大,(单个细菌之间的基因组差异是以基因为单位的gain&loss,而人类基因组,在个体角度两个人之间基因组差异不到1%,主要是SNP,所以CRISPR/Cas9也由细菌得来),所以转而收集同一细菌物种中所有菌株中所有基因的并集. 微生物基因组可塑性是细菌基因突变的基础,可以是环境改变使得基因的得到和丢失,由于寄居在宿主上导致基因丢失,细菌与另外生物的互作导致基因组中基因的增多.最终…

如果进行重复序列的预测,则使用RepeatModeler,可自身比对进行查找 安装 (1)下载地址:http://www.repeatmasker.org/RepeatModeler/ (2)RepeatModeler安装之前需要安装以下软件 perl RECON - De Novo Repeat Finder;  鉴定重复家族 RepeatScout - De Novo Repeat Finder; 从基因组中鉴定重复序家族序列 TRF - Tandem Repeat Finder RMBla…

Peptide Sequence Databases蛋白序列的数据库 nrAll non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + PDB + SwissProt + PIR + PRF所有非冗余的的GenBank CDS区的翻译序列 + 参考序列的蛋白 + PDB数据库 + SwissProt蛋白数据库 + PRF蛋白数据库 refseqRefSeq protein sequences from NCBI’s Referenc…

宏基因组 ( Metagenome)(也称微生物环境基因组 Microbial Environmental Genome, 或元基因组) .是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词, 其定义为"the genomes of the total microbiota found in nature" , 即生境中全部微小生物遗传物质的总和.它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因, 目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和.而所谓宏基因组学 (或元基因组学, meta…

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题? 如何将该问题转化为一个可计算的问题? 如何提出一个解决此问题的算法? 如何实现该算法? 如何评估算法? 生信工具使用者需要解决如下问题: 每个方法解决的是哪个生物学问题? 该方法有哪些基本的假设? 每个参数是什么意思,都是用来干什么的? 准确度评估,sensitivity a…

Network Working Group M. Handley Request for Comments: 2327 V. Jacobson Category: Standards Track ISI/LBNL April 1998 SDP: Session Description Protocol Status of this Memo This document specifies an Internet standards track protocol for the Internet…

获取指定长度得全部序列 通过事件来表述这个序列,即n重伯努利实验(二项分布)的全部可能结果.比如时间a表示为: a = [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9], 假设每次实验为从a中选择一个数字.那么进行n次实验,获得全部可能得序列. 比方,进行两次实验, n=2, 那么可能得结果有100个.这里由于每次实验都是相对独立的,所以每次实验的结果可能出现反复,也就是说在获得全部可能的序列中,能够存在反复得值. 递归实现,DFS(深度优先遍历) def gen_all_seque…