28、cd-hit去除冗余序列

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101nidy.html 网址:http://cd-hit.org :http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ : 下载:http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ CD-HIT 去冗余,也可以叫做相似序列的聚类. 简介:CD-HIT stands for Cluster Database at High Identity with Toler…

cd-hit 去除冗余序列

最近一篇NG中使用到的软件,用来去除冗余的contigs,现简单记录. CD-HIT早先是一个蛋白聚类的软件,其主要的特定就是快!(ps:不是所有快的都是好的) 其去除冗余序列的大概思路就是: 首先对所有序列长度进行排序,从最长的开始,形成一个序列类,然后依次对序列进行处理,如果下一条序列和代表的序列相似性在cutoff,则将其加入同一类,否则得到新的类. 所以快主要是两个方面的原因:一个是使用了word过滤方法,即如果两条序列之间的相似性在80%(假设序列长度为100),那么它们至少有60个相…

word表格转html后去除冗余代码

word可以另存为html文件,通过这个功能,可以快速实现网页展示word内容,特别是表格的编辑,它包含tr.td.th.rowspan.colspan等内容,直接写比较繁琐. 但word转换过来的html默认是带有很多格式代码,那么如何去除这些冗余代码,只保留主内容呢? 本来是打算从网上找工具的,但发现没有现成的,一般都是推荐用工具的文本替换来去除,这样不能复用.因此,本人采用nodejs写了一小段代码,来去除冗余代码. 主要思路是: nodejs读取html文件的文本内容用substrin…

cd hit使用

~~和唐老师一个实验室的人开发的~~ CD-HIT is a very widely used program for clustering and comparing protein or nucleotide sequences. CD-HIT was originally developed by Dr. Weizhong Liat Dr. Adam Godzik's Lab at the Burnham Institute (now Sanford-Burnham Medical Res…

去除冗余 – 精简您的CSS样式代码

讲讲常见的一些没有必要使用CSS代码情况,而这些不起作用可以去掉的CSS代码可能是我们经常忽视的.越是对CSS理解不够,越容易出现这些问题. 二.一些常见不必要CSS样式 1.与默认CSS样式一致我们有时候写的CSS样式会与浏览器默认的CSS样式一致,有时候您自己都可能没有意识到. 常见的例子有: ① div{width:auto; height:auto;} 对于一些刚使用CSS的童鞋,有时候,其为了表达这段div高度是自动适应于内部元素的,会情不自禁的加上height:auto;的样式.很…

(14/24) css进阶：（入门）去除冗余的css

在平时的项目开发中,我们会引入一些框架,比如:Bootstrap,但是在项目中通常我们只使用它的一小部分,还有部分是冗余的.更有甚有时候需求更改,带来DOM结构的更改,这时候我们可能无暇关注CSS样式,会造成很多冗余的CSS.我们得想办法消除冗余的CSS,如果靠人工去剔除,吃力又容易出错,因此,此节我们来学习一下用webpack如何消除未使用的CSS. PurifyCSS 使用PurifyCSS可以大大减少CSS冗余,消除框架中未使用的CSS,初步达到按需引入的效果. 1.如何在webpack中…

使用gulp-uncss精简css,去除冗余代码

写html页面的时候,多修改几次就会出现很多无用的css代码,下面使用gulp-uncss来精简css文件,去掉没用的css代码 1.首先找个目录创建一个gulp项目在命令行输入:npm init 然后一路回车创建一个项目 2.安装gulp和gulp-uncss --save -dev 在命令行输入: npm install gulp npm install gulp-uncss --save -dev 3.安装完成后在目录里创建一个文件 gulpfile.js(文件名不要改,改了会报错),然…

【动态规划去除冗余】NOIP2010-乌龟棋

[题目大意] [思路] 最简单的思路是五维数组,但是当前走到的步数由已经取到的卡片决定,所以只需要四维.本来想要改一个滚动数组的,但是好像没有滚起来,算了(ノ｀Д)ノ. 在学校要晚自习到21:15,回到家大概就22:00了,本来每天晚上想要切题的但是想到第二天五点多又要起床了,算了orz在努力问老师讨机房钥匙,虽然并没有成功. #include<iostream> #include<cstdio> #include<cstdlib> #include<cmath&…

38、EST序列拼接流程

转载:http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/18699154201241014835362/ http://blog.sina.com.cn/s/blog_4476400f0100iq0x.html EST----对EST序列进行冗余查找,利用CD_HIT软件聚类,快速批量去除冗余序列 est-trimer(去掉帽子和尾巴,去掉太短而不可信的) RepeatMaster(去掉转座子等重复) seqclean(去除载体,线粒体叶绿体等序列) CAP…

36、EST-SSR标记开发

转载:http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/1869915420124131096557/ MISA工具提供批量识别和定位简单重复序列(SSR),EST序列或是基因组序列都可以.另外,还提供一个与批量设计引物Primer3的接口工具,通过这个工具,可以把MISA识别出来的SSR,转为Primer3需要的格式,从而方便批量设计引物. 网址:http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/ 下面分别介绍一下几个工具(.pl是per…

miRNA预测工具miRDeep-P2

之前讲过预测植物miRNA的一款软件miR-PREFER, 今天在介绍一款软件miRDeep-p2, 也叫miRDP2 安装在此之前,应安装一下软件 Bowite, Bowtie2, Vienna (RNA二级结构预测软件大礼包) 安装以上软件以后,在mirdp2下载最新版的miRDP2,以及ncRNA_rfam.tar.g 1 tar -xf miRDP2-v1.1.4.tar 2mv 1.1.4 miRDP2-v1.1.4 在TestData下载测试数据集--TestData.tar.gz…

vsearch 去除重复序列和singleton 序列

在16S数据分析中,为了减少聚类的时间,提高准确度,需要去除重复序列,而singleton序列因为没有其他的序列作为验证,可信度不是很高,也需要去除,通常情况下使用usearch 完成这2项任务,但是usearch 64位是收费的,而32为的usearch 在64位的red hat 上测试时,去除重复序列时报错了,libgomp: Thread creation failed: Resource temporarily unavailable 百度之后了解到是由于进程数达到上限,修改了上限后还是…

扩增子分析解读4去嵌合体非细菌序列生成代表性序列和OTU表

本节课程,需要先完成扩增子分析解读1质控实验设计双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分切除扩增引物 3格式转换去冗余聚类先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们制作了Usearch要求格式的Fasta文件,对所有序列进行去冗余和低丰度过滤,并聚类生成了OTU. 接下来我们对OTU进一步去除嵌合体,并生成代表性序列和OTU表. 什么是chimeras(嵌合体)? 嵌合体序列…

CentOS6.3编译安装Nginx1.4.7 + MySQL5.5.25a + PHP5.3.28

[准备工作] #在编译安装lnmp之前,首先先卸载已存在的rpm包. rpm -e httpd rpm -e mysql rpm -e php yum -y remove httpd yum -y remove mysql-server mysql yum -y remove php yum -y remove php-mysql #禁用SeLinux,Selinux可能会致使编译安装失败,我们先禁用它. #sed -i 's/SELINUX=enforcing/SELINUX=disabled…

源代码安装 MySQL 5.6.28

本文内容创建 MySQL 用户和组解压 MySQL 源代码包生成配置安装文件编译和安装 MySQL 配置文件创建 MySQL 授权表 MySQL 目录授权启动 MySQL 验证 MySQL 安装设置 MySQL 访问权限 MySQL 开机自动启动设置环境变量参考资料最近做项目,之前我是用 Oracle 的,如果在 Windows 环境,无论是安装,还是配置,都很容易:Linux 环境没试过,刚毕业时的那个公司,是 Linux 环境.一般等到开发的时候,数据库早按完了,这活轮不…

mothur trim.seqs 去除PCR引物

trim.seqs 有以下几个主要应用: 1)根据barcode 拆分序列: 2)去除PCR引物 3) 去除低质量序列 trim.seqs 在使用时必须输入一个fasta 格式的序列,然后在加至少一个的选项:其选项有很多,下面一一介绍: 1)oligos: 从字面意义看是寡聚核苷酸, 这里是指barcode 和 PCR 引物的序列,这个选项对应的是一个文件,文件内容如下: forward CATGCTGCCTCCCGTAGGAGT #reverse TCAGAGTTTGATCCTGGCTCAG…

Linux实战教学笔记28：企业级LNMP环境应用实践

一,LNMP应用环境 1.1 LNMP介绍大约在2010年以前,互联网公司最常用的经典Web服务环境组合就是LAMP(即Linux,Apache,MySQL,PHP),近几年随着Nginx Web服务的逐渐流行,又出现了新的Web服务环境组合--LNMP或LEMP,其中LNMP为Linux,Nginx,MySQL,PHP等首字母的缩写,而LEMP中的E则表示Nginx,它取自Nginx名字的发音(engine x).现在,LNMP已经逐渐成为国内大中型互联网公司网站的主流组合环境,因此,我们必…

24、嵌合体序列Chimeras

转载:http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/6497465.html 嵌合体序列:由来自两条或者多条模板链的序列组成,示意图如下: 在PCR反应中,在延伸阶段,由于不完全延伸,就会导致嵌合体序列的出现,以上图为例, 在扩增序列X的过程中,在序列延伸阶段,只产生了部分X序列延伸阶段就结束了,在下一轮的PCR反应中,这部分序列作为其相似序列Y的引物接着延伸,扩增就会形成X和Y的嵌合体序列: 在放一张具体一点的示意图,不完全延伸产生的序列作为下一轮PCR反应的产物,…

FASTA/Q序列处理神器---seqkit

该软件对于处理FASTA/Q十分方便,省去自己编写脚本安装 1 conda install seqkit 使用序列操作(seq) 1 ## 取方向序列 2 seqkit seq test.fa -r > test_re.fa 3 4 ## 取互补序列 5 seqkit seq test.fa -p > test_com.fa 6 7 ## 取方向互补序列 8 seqkit seq test.fa -r -p > test_re_com.fa 9 10 ## RNA---> DN…

UML基础与Rose建模实训教程

目录第1章初识UML. 1 1.1 初识UML用例图... 1 1.2 初识UML类图... 3 第2章 Rational Rose工具... 6 2.1 安装与配置Rational Rose. 6 2.2 使用Rational Rose建模... 15 第3章用例模型... 20 3.1 参与者... 20 3.2 用例... 28 3.3用例模型中的关系... 37 第4章静态模型... 49 4.1 类图中的事物... 49 4.2 类图中的关系... 66 第5章 …

浅谈关于特征选择算法与Relief的实现

一. 背景 1) 问题在机器学习的实际应用中,特征数量可能较多,其中可能存在不相关的特征,特征之间也可能存在相关性,容易导致如下的后果: 1. 特征个数越多,分析特征.训练模型所需的时间就越长,模型也会越复杂. 2. 特征个数越多,容易引起“维度灾难”,其推广能力会下降. 3. 特征个数越多,容易导致机器学习中经常出现的特征稀疏的问题,导致模型效果下降. 4. 对于模型来说,可能会导致不适定的情况,即是解出的参数会因为样本的微小变化而出现大的波动. 特征选择,能…

PHPUnit 手册

PHPUnit 手册 Sebastian Bergmann 版权 © 2005, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015 Sebastian Bergmann 本作品依据 Creative Commons Attribution 3.0 Unported 许可协议进行授权. 此版本对应于 PHPUnit 6.1.最后更新于 2017-04-25. 1. 安装 PHPUnit 需求 PHP 档案包 (PHAR) Wind…