1. etetoolkit : github 官网:https://github.com/etetoolkit/ete 官网:http://etetoolkit.org/ 2. taxonkit github 官网:https://github.com/0820LL/taxonkit 官网:https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/…

https://github.com/0820LL/taxonkit Usage: https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/usage/…

NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCBI资源包括Entrez.Entrez编程组件.MyNCBI.PubMed.PudMed Central.PubReader.Gene.the NCBI Taxonomy Browser.BLAST.Pimer-Blast.COBALT.RefSeq.UniGene.HomoloGene.ProtES…

# 树结构 from pythonds.basic.stack import Stack #pip install pythonds from pythonds.trees.binaryTree import BinaryTree from collections import defaultdict import json #JSON-esque def tree(): return defaultdict(tree) def dicts(t): return {k: dicts(t[k])…

目录 找序列 下序列 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列,如何实施? 找序列 第一步,肯定是找到相关序列. 我从ncbi taxonomy进入,搜索oryza.因为要搜索mRNA核酸序列,从此选择nucleotide,点击Go: 注意,如果你真正想要的是哪些序列.比如,稻属中可能野生稻之类的并非你想要的.这时就要用oryza sativa搜索,或者从oryza中选择合适的. 进一步在左侧栏中选择mRNA,此时出现在Search details中的关键字组合就是我们的过滤筛选条件,注意…

使用 Python 内建的 defaultdict 方法可以轻松定义一个树的数据结构. 简单的说树也可以是一个字典数据结构           Python   1 def tree(): return defaultdict(tree) 这就是全部,就一行代码. 如果你继续下面的代码,需要先引入           Python   1 from collections import defaultdict 实例 JSON-esque 现在我们创建一个 JSON-esque 嵌套字典无需显式的…

1.数据库 orthodb数据: odb10v0_levels.tab.gz: NCBI taxonomy nodes where Ortho DB orthologous groups (OGs) are calculated odb10v0_species.tab.gz: Ortho DB individual organism (aka species) ids based on NCBI taxonomy ids (mostly species level) odb10v0_level2…

FUNGulid = Fungi + Functional + Guild , 是一个真菌的功能注释的数据库,目前数据库中涵盖了超过12000个真菌的功能注释信息: 网址如下: http://www.stbates.org/guilds/app.php 对于数据库而言,最直接的就是看一下数据库中存储的字段信息: 点击下面的链接,可以返回FUNGuild 数据库中所有的记录,返回的文件格式是json, 这种格式是网络中数据传输的标准格式,但是对于我们来讲看起来不够直观,可以通过脚本语言处理,格式化…

by Umer Zeeshan Ijaz The purpose of this tutorial is to introduce students to the frequently used tools for NGS analysis as well as giving experience in writing one-liners. Copy the required files to your current directory, change directory (cd) to t…

文章转载于 Original 2017-06-12 liuhui 生信百科 相似的基因在不同物种中,其功能往往保守的.显然,需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能,否则,不同的实验室对相同的基因的功能的描述不同,将极大限制学术的交流.而 Gene Ontology (GO) 项目正是为了能够使对各种数据库中基因获基因产物功能描述相一致的努力结果. 所谓的 GO,是生物学功能注释的一个标准词汇表术语(GO term),将基因的功能分为三部分: 基因执行的分子功能(Mole…